然而，后金反应迅速，努尔哈赤立即派二贝勒阿敏、四贝勒皇太极率领三千精锐反扑。
毛文龙因兵力薄弱，无法抵挡后金主力，于七月二十七日被迫率部转进朝鲜，移驻朝鲜宣川郡林畔驿馆。
后金军队随后抵达镇江，对响应毛文龙的民众展开报复，“掳走曾响应毛文龙的一万二千人，并杀了不少人”，剩余三万余名难民渡江逃往朝鲜。
明廷初闻镇江大捷时极为喜悦，下令登莱、天津水师二万人策应毛文龙。
命王化贞督率广宁兵四万人进据三岔河，联合蒙古部落乘机进取辽东，并任命登莱水师将领王绍勋为镇江副总兵，升毛文龙为参将，命其驻守镇江或朝鲜义州，作为收复辽东的根据地。
但辽东经略熊廷弼（此时已复任）却对镇江大捷持否定态度。
认为毛文龙在“尚未联络朝鲜并准备好军马”的情况下轻举妄动，打草惊蛇，导致后金屠杀南四卫军民，破坏了他的“三方布置”战略，指责此次胜利是“奇祸”而非“奇捷”。
兵科给事中李遇知、登莱巡抚陶朗先等官员附和熊廷弼的观点，弹劾毛文龙“擅启边衅”。
一时间，毛文龙不仅未获封赏，反而陷入“被逮捕治罪”的危险境地。幸得内阁首辅叶向高上疏力辩，称毛文龙“深入敌后，孤军破敌，虽有过失却功大于过”。
直至十月十三日，天启帝才下旨认可毛文龙无罪，暂时化解危机。
与此同时，毛文龙向朝鲜国王李珲提出进驻义州、请求粮草兵马接济的要求，却遭到朝鲜婉拒。
朝鲜担心接纳毛文龙会“启我国不测之祸”，仅允许其驻留在宣川、铁山一带，未提供任何实质援助。
在内有朝臣弹劾、外无朝鲜支持、后金持续施压的情况下，明军水陆并进收复辽东的计划被迫搁置，毛文龙的敌后抗金陷入孤立无援的困境。
天启元年十月，天启帝正式授毛文龙为“平辽副总兵”，承认其敌后抗金的合法性，王化贞也派六艘船只运载粮草接济毛文龙，缓解其物资短缺问题。
十月下旬，毛文龙率部偷袭长奠、永奠、大奠、宽奠、叆阳、凤凰城等后金据点，上报斩杀后金兵四千余人（另有记载称两三千人），虽未收复城池，却有效袭扰了后金后方。
努尔哈赤为消除西征广宁的后顾之忧，于十一月十八日派阿敏率领五千精锐，前往朝鲜进攻毛文龙。
十二月十五日，阿敏在朝鲜人的引导下，渡过结冰的鸭绿江，突袭毛文龙驻守的林畔驿馆。
此时毛文龙未得到王绍勋水师的策应，孤军奋战，形势危急。
所幸林畔有大小二馆，相隔二十里，后金情报有误，误以为毛文龙驻守大馆，遂以主力围攻，而毛文龙实际驻于小馆。
激战中，毛文龙的中军丁文礼、降将陈良策以下一千五百余人战死，毛文龙则乔装成普通士兵，在七次击退后金骑兵追击后，仅率二十名残兵突围至朝鲜定州。
定州守将担心引火烧身，拒绝接纳毛文龙，毛文龙只得出城与后续赶来的残兵会合，退回弥串堡。
此次林畔之战成为毛文龙抗金生涯中的一次重大挫折。
天启二年正月，努尔哈赤乘胜攻陷辽西广宁，王化贞出逃。
广宁右屯卫陷落，毛文龙在此避难的三百余名亲属及家丁再次惨遭杀害，家族两次遭遇灭顶之灾，更坚定了他抗金到底的决心。
尽管屡遭挫败，毛文龙的抗金行动仍得到明廷认可。
同年夏，他上疏请求“兵五万，期捣奴巢”，后又调整为“必得兵四万而后可以有为”。
但明廷因财政拮据、兵力匮乏，仅陆续调集闽兵三千、淮兵八千、浙兵三千一百补充其兵力，且其中五千淮兵在渡海时遭遇风暴，漂至各岛未能抵达，实际兵力补充有限。
天启二年六月初四日，天启帝擢升毛文龙为“平辽总兵官，署左军都督府都督佥事”，使其成为独掌一方兵权的高级将领。
御史崔呈秀奏请赐毛文龙尚方宝剑，天启帝本有意应允，后经叶向高劝止而作罢，但毛文龙的地位已显着提升。
此时，朝鲜因持续受到后金“捉拿毛文龙”的压力，一方面拒绝后金要求，另一方面多次劝说毛文龙“避入海岛”，利用海洋屏障自保。
毛文龙也意识到，后金骑兵虽强却不习水战，海岛是理想的抗金根据地，此前在出兵镇江时，广鹿岛渔民李景先曾向他建议以朝鲜铁山附近的皮岛为基地，这一建议此时被毛文龙采纳。
天启二年十一月初，毛文龙率部正式入驻皮岛。
皮岛位于鸭绿江口之东，与朝鲜半岛隔海相望，地理位置险要，既可监视后金动向，又能联络朝鲜与登莱水师，且易守难攻。
因皮岛及周边岛屿位于辽东半岛以东，故被泛称为“东江”。
毛文龙所领军镇也因此俗称“东江镇”，明末东江抗金根据地正式建立。
入驻皮岛后，毛文龙并非仅专注军事，而是推行“练兵、兴学、通商、屯田”并举的治理策略：
小主，这个章节后面还有哦，请点击下一页继续阅读，后面更精彩！