看到朝庭兵马来到，乱民胆气尽丧，在轻骑的追逐下竞相逃命，刘敬宣斩获千余人。
刘裕一人驱逐数千人的战绩很快在北府军中传扬开来，一战成名。
刘牢之与刘敬宣父子夹击虎疁，虎疁守军大败；紧接着刘牢之兵陈吴郡，与陆瓌交战，陆镶兵败后逃往会稽。
十二月十六日，谢琰攻陷吴兴郡治乌程，刘牢之亦率得胜之师自吴郡南下。
谢琰坐镇乌程，派府司马高素率军与刘牢之在钱塘江北岸会合，准备渡江攻打会稽城。
建康，司马元显收到刘牢之攻陷吴郡的消息，张法顺建言不宜追究刘牢之擅自出兵之责，索性诏令刘牢之都督吴郡军事，并将其辅国将军提升为二品的前将军。
刘牢之尝到了拥兵自主的甜头，朝庭对手握兵权的将领实际上已经没有能力约束，只有通过朝庭的名义在官职上加以约束。
会稽城，孙恩得知朝庭兵马集结在钱塘江之北，安慰麾下道：“我等只要保住浙江，不失为越王勾(句)践。”
十二月二十六日，刘牢之率北府军渡过钱塘江，直逼会稽城。
孙恩闻讯，道：“胜败兵家常事，逃走算不上羞耻。”
在大军到来之前，孙恩率领二十余万乱民，带着大量的财物向东撤走。
高素率军追至山阴，斩孙恩所委吴郡太守陆环、吴兴太守丘汪、余姚县令沈穆夫等人，首级送往建康示众。。
为避免北府军趁机追杀，孙恩下令将收集的珍宝沿途丢弃，并将战力不足的儿童、女人驱逐出队伍。
面对“粲丽盈目”的宝物，北府军将士疯狂争抢，孙恩率部由曹娥江口逃归海岛。
谢氏族人为了报仇，大规模搜索孙恩余党，追讨、手刃冯嗣之等人。官军到处，军纪荡然无存，刘牢之等人放纵军兵烧杀抢掠，士民无不失望，残余的百姓纷纷避入山中。三吴郡县，一片荒凉，百里不见人踪。
孙恩败退，司马元显以徐州刺史谢琰为会稽内史，督五郡军事，率徐州文武官员，分北府军万人，坐镇会稽，刘牢之部将桓宝被留在三吴。
刘牢之领剩下的北府军回归京口，刘敬宣向其父表刘裕之功。刘牢之向朝庭请功，刘裕升为四品广武将军，在北府军中统领两千兵马。
…………
皇甫敷兵败盘龙山，带着残兵败将退守襄阳城，清点残军不足二千人。
接到皇甫敷的急报后桓玄大惊失色，不过此时他亦无法抽调大量兵马剿灭盘龙山，因为接收荆州并不顺利。
桓玄兵临江陵城，殷仲堪和家人仓惶出逃，荆州文武唯有罗企生一人相随。罗企生之母，胡藩之姑也。
冯该抓住殷仲堪，罗企生亦在其中。罗企生在荆州颇有清名，桓玄与他交好，于是派使者劝说其认罪，可免一死。
罗企生不肯屈服，桓玄大怒，斩杀罗企生。临刑前罗企生道：“文帝写嵇康，其子嵇绍为晋之忠臣。愚请桓公留愚弟奉养老母。”
桓玄感叹，依言饶恕了其弟罗遵生。桓玄曾送给罗企生之母胡氏一领皮袍，胡氏在豫章闻子被害，当即将皮袍烧了。
桓玄原本以为父兄经营荆州四十余载，自己重获荆州大权，士民定然欢欣鼓舞，夹道来迎。
哪料占据江陵后，士族虽然前来拜见，但并未像桓玄想像中的那样热情。
长史卞范之见桓玄一脸郁闷，劝说道：“殷仲堪在荆州善取人情，邀买人心。此次主公虽然趁天灾取荆州，殷仲堪因为赈灾而无粮，所以荆州人才会对主公不满。”
罗企生被杀之后，荆州士族“众咸悼焉”，兔死狐悲，物伤其类。
这让桓玄整顿荆州变得越发艰难，只得将兵马分散镇守各郡，以防动乱。
桓玄向朝庭请任荆、江两州刺史事被驳回，紧接着三吴动乱。桓玄笑看战乱，准备等朝局不可收拾时挥军东向，主政朝堂。
朝庭并没有调动豫州兵马平叛，而是让北府军南下，三吴局势急转直下，司马尚之屯兵历阳威胁浔阳，桓玄只得派冯该率军驻守。
这样一来，桓玄虽然有三万多兵马却被分散于各处，只能勉强抽调出二千人派往襄阳，这点人手已无力攻打驻守南阳宛城的杨思平，雍州暂时变得风平浪静起来。
注(1)：李渊父讳李虎，虎疁乃改为浒疁；五代十国时避钱镠讳，又改名为浒墅，明明宣德四年户部设钞关于此，即浒墅关镇的由来。
(2)《资治通鉴》：刘牢之击孙恩，引裕参军事，使将数十人觇贼。遇贼数千人，即迎击之，从者皆死，裕坠岸下。贼临岸欲下，裕奋长刀仰斫杀数人，乃得登岸，仍大呼逐之，贼皆走，裕所杀伤甚众。刘敬宣怪裕久不返，引兵寻之，见裕独驱数千人，咸共叹息。因进击贼，大破之，斩获千余人。
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