武则天见是一位身穿从六品朝服的小官敢反驳她下的敕令，而且还当着文武百官的面暗喻她不按《永昌赦令》出尔反尔，便一脸怒气地问：“照你说，那什么叫魁首？”徐有功沉着地答：“魁是大帅，首是原谋。”武则天又怒着问：“颜余庆难道不是魁首？”徐有功又答：“若是魁首，他早应在李冲被杀时就该伏法了，赦后才发觉，可见只是个支党而矣。”武则天的嗓子越来越粗：“他为李冲征私债、买弓箭还不是魁首是什么？”徐有功又答：“征债是事实，但买弓箭与颜余庆也无关。”武则天怒着又问：“二月征债，八月通书，还能不是同谋？”徐有功心平气和地道：“所通书信未见查获，只据口供，而口供也只承认与李冲礼节上寒暄，而且征债、通书也只能归属于支党行为，与同谋魁首怎么也划不上等号呀！”这场朝堂的辩驳，把在场的文武大臣二三百人都吓得脸色刷青，正直的官员都为徐有功的前程和生命安全担忧，而徐有功却是“心正不怕天，有理说得过皇帝”。他神情自若，对答如流，没有一点胆怯和惧怕，而武则天开始时怒不可遏，后来她渐渐觉得这位人称“徐无杖”的司刑丞，倒有一般官员所没有的勇气和见识。从她执政以来，还是第一次见到敢于与她争辩论理的官员，特别是谋反案件，她批准杀就杀，从无人与她争辩过。其实武则天很有政治头脑也很爱惜人才，其怒气也慢慢地息了下来，对徐有功道：“颜余庆是支党不是支党，卿再去仔细勘问，奏上来。”
这场朝堂君臣论理答辩，在堂的几百名文武官员似看了一场惊心动魄的刀剑争斗，然而使他们意料不到的是，最后武则天竟自己找了个台阶走了下来，叫徐有功再审颜余庆是否支党。可见徐有功已强谏获准，他们长长地为徐有功松了一口气，回朝后徐有功便再审颜余庆，以“支党”罪上奏武则天，最后获得武则天的批准。颜余庆在徐有功冒死与武后激烈的争辩中，终于从死神那里夺回了他生的希望，免去死罪，改为远流，他的家人也得免为官奴。这是徐有功为维护法律尊严与公正，制止权大于法的冤假错案的第一战，当然也是旗开得胜的第一战。
徐有功在司刑寺任职三年，在这三年间他纠正了数百件冤假错案，救活人命数千。三年任满后，被调至秋官，任秋官员外郎，后又升为秋官郎中，负责复核司刑寺的判决，并能参与大案的审理。徐有功到秋官不久，一天他的顶头上司周兴交给他一份案卷说：“此宗案是原道州刺史旧唐宗室李仁褒兄弟的谋反案，司刑寺已判为谋反罪，你拿去看一看……”徐有功接过案卷细细地看。他看后就对周兴说：“兄弟俩练武比箭怎能定为叛逆谋反，这不是太冤枉人了，应该马上纠正！”周兴却冷冷地一笑：“李仁褒兄弟都是旧唐李氏宗室的人，你知道圣神皇帝最可恨的是谁？管他们练武也罢、比箭也罢，他们今天动刀动枪比武，明天就会带兵谋反，定他们谋反罪有什么错？不杀他们杀谁？”徐有功嚷着道：“难道练武比箭能推论定谋反罪？天理何存，国法何在，难道皇帝就可不凭事实说话？！”两人便争执起来。
其实，周兴与来俊臣等人不同，他原是秀才出身，读过不少法律书，是一个善于锻炼构陷大狱的人，他以秋官侍郎的身份压制徐有功，并写成一状尽述徐有功的诬告之词，上奏武则天。说徐有功有某种政治动机，“故出反囚李仁褒兄弟，罪当不赦。”并说：“汉法，附下罔上者斩，面欺者亦斩。古经上有言：析言破律者杀。徐有功有意袒护谋反之贼，正合死罪，请陛下将徐有功下狱查审。”
武则天对徐有功有欣赏的一面——他忠心守法护法而且很有才干；但她又有讨厌他的一面——他常出来与她争辩，阻碍她除尽敌对势力的目的。她对徐有功的态度处在这二者的交叉之间，听周兴说要杀他，但她目前还没有这个打算，于是便下诏：“禁止逮捕审讯徐有功，罢免他的官职，削职为民。”徐有功这次与武则天连当面争辩的机会都没有，在家中接旨以后，便被除去了乌纱帽。
不过，武则天对徐有功还是另眼相看的，如果落到周兴手里，不判死罪也将被打个半死，周兴对徐有功削职为民并未到此休止。他派出了许多眼睛暗中监视徐有功的一举一动，特别是注意是否有唐的李氏宗室和旧臣来往，如果徐有功一旦有所不慎，也将被诬告谋反同党而处死罪。从上一例，可知徐有功护法守法的艰难，上有武后作威、蓄意威吓，下有酷吏网罗诬告，在这时要执法守正维护法律的公正严肃是何等之难呀！
徐有功被罢官后不到半年，以构狱他人邀功升迁的周兴，也被人指控谋反下狱，审理他的便是来俊臣，来俊臣以“请君入瓮”威吓周兴承认谋反罪名，周兴受苦不过也只得认罪，倒是武则天不同意为她尽忠多年的周兴处以斩首，而将他改为流放，不过他在流放途中也被仇人杀了，周兴的死，倒解脱了监视徐有功的一双双眼睛，武则天又重新起用徐有功，任命他为左肃政台侍御史。
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