穆宗依靠宪宗平定藩镇叛贼的余威，在继位初期，两河安定，四方无扰壤。萧俛和段文昌屡次进献太平之策，他们认为天下安宁，不宜穷兵黩武。二人上奏请求穆宗发布密令给天下军镇，每年在一百个人当中，限定八人以“逃亡、死去”的名义减员，称作“消兵”。穆宗沉湎酒色，不能长远地看待问题，下诏实施萧俛的计划。一时间，有大量的士兵被裁减。这些被裁减的士兵无以为生，又无处可去，只能全部隐藏在山林间为强盗。不久，朱克融、王廷凑反叛朝廷，将这些士兵重新召回来。朝廷向藩镇征兵，但藩镇的兵员不充裕，只能另行招募士兵。虽然临时召集了十五万士兵，但新招募的士兵没有战争经验，被一万叛军击败。因此，唐朝朝廷失去了对“河朔三镇”的控制权。萧俛上表请求分司东都，不被准许，改任太子少保。后来，萧俛和段文昌一起在穆宗面前奏事，段文昌阿谀奉承穆宗，萧俛拂衣谢病去，除同州刺史。
唐穆宗驾崩，唐敬宗即位，敬宗让萧俛以太子少保的身份分司东都。唐敬宗被宦官刘克明所弑，唐文宗即位，文宗以萧俛为检校左仆射、守太子少师，萧俛以疾病推辞，乞求罢免所授予的官职。文宗让萧俛以银青光禄大夫、守尚书左仆射致仕。
萧俛的母亲韦夫人贤明知礼，管理家庭非常严厉，萧俛虽然官居宰相，但他侍奉母亲时和普通百姓没有任何区别。母亲去世后，萧俛为母服丧，哀毁过礼，服丧完毕，文宗征召，萧俛仍然以疾病推辞。后来，萧俛为了躲避朋友宾客的拜访谒见，居住在济源别墅里，从此逍遥山林，以吟咏穷年。
文宗册封鲁王李永为皇太子，准备挑选一位德高望重的老臣担任太子老师，文宗看中了萧俛，征召他回京城担任太子少师。萧俛称病谢绝，他让幼弟萧杰至京城将诏书退还，但文宗还是让萧俛以太子太傅的身份致仕。萧俛仲弟萧俶被授予楚州刺史的官职，萧俶向文宗辞行时，文宗对他说：“萧俛是前朝名相，身体精力都没有衰退，可以回到京城，朕赏赐给他的布帛和诏书，你就将它们带到济源以诉说我的心意。”但萧俛仍然不愿意出山为官，以太子太傅致仕，去世，追赠太尉，其墓志由萧邺撰。
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