王重荣认为自己对收复京城有功，却被田令孜排斥，数次上表，说田令孜离间君臣，并列数田令孜十大罪状，田令孜勾结邠宁节度使朱玫、凤翔节度使李昌符一起抗拒王重荣。王重荣向李克用求救，李克用与朱温有矛盾，而朝廷不辨是非，总是从中调和，因此李克用对朝廷也不满意。此时，李克用正在招兵买马，联合其他少数民族，准备进攻汴州，所以对王重荣说：“等我先消灭了朱温，回来再收拾田令孜等鼠辈，就会象秋风扫荡叶那样简单了！”王重荣说：“等你消灭朱温回来时，恐怕我已经是阶下囚了。”
当时，朱玫、李昌符也在暗中勾结朱温，朱玫想激起朝廷与李克用的矛盾，促使朝廷派兵讨伐李克用，多次派人潜入京师，烧毁仓库，刺杀近卫军士，却冒充是李克用派人干的，闹得京师日夜不宁，人心惶惶。田令孜派遣朱玫、李昌符帅本镇军及神策军、鄜、延、灵、夏等诸镇军队，屯集沙苑，讨伐王重荣。李克用帅军与王重荣合，上表唐僖宗请诛死田令孜、朱玫、李昌符。双方会战，朱玫、李昌符败归本镇，溃败散兵到处焚烧房屋，抢掠财物，李克用率军进逼长安，田令孜与唐僖宗等夜里出开远门逃往凤翔。
诸道兵进入长安后，大肆焚挠抢掠，长安城里的官室以及民居被烧毁十分之六七，长安城在黄巢焚烧后，又一次遭到了严重的破坏。李克用打败朱玫、李昌符后回到河中，与王重荣又一次上表请求唐僖宗回官，并指陈田令玫的罪状，要求诛死田令玫。唐僖宗更新起用杨复恭为枢密使。田令孜已失去唐僖宗的信任，不再受宠。
田令孜想继续控制唐僖宗，作为保护自己的屏障，因此要僖宗逃往兴元，唐僖宗不再听从田令孜，拒绝到兴元。夜里，田令孜率兵冲人行宫，劫持唐僖宗逃往宝鸡，朱玫、李昌符见田令孜已势穷，又害怕李克用、王重荣，因此改附李克用。
大部分朝官憎恨田令孜，不愿去宝鸡，要夺唐僖宗回城。朱玫、李昌符率兵进攻宝鸡，田令孜又带着唐僖宗逃往汉中，朱玫、李昌符和朝官立襄王李煴为帝。此时，田令孜已失势穷困，知道自己已不为天下所容，只好让位给宦官杨复恭，自任为西川监军使，到成都投靠陈敬瑄，其党羽被杨复恭斥逐。
唐僖宗死，杨复恭立寿王李晔为帝，即唐昭宗。杨复恭代替了田令孜担任观军容使，把田令孜的干儿子王建调出为壁州刺史。王建夺取了利州，任命自己为防御使，于是攻占了阆、邛、蜀、黎、雅等州，诏令在这些地方设置永平军，任命王建为节度使。田令孜计划和王建联合抵御朝廷，写信召他来，王建很乐意，可是将要去的时候，田令孜又拒绝了他。王建对此颇为愤怒，进而包围了成都，田令孜登上城墙向王建道歉，并问他为什么把城围困住。
王建说只要田令孜改变计划，不与朝廷对抗，那么父子之间仍然可以像当初一样相处，田令孜又要求和王建当面商谈，王建也答应了。当天晚上，田令孜背着印信符节给了王建，王建入成都，把田令孜关禁在碧鸡坊。过了两年，田令孜和陈敬瑄在同一天里都死了，临刑的时候，田令孜把丝绢撕成条，结成粗的绳，交给行刑的人说：“我曾经担任十军的观军容使，杀我也罢，得有一定的规矩。”于是，教他们用绳勒死人的方法。
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