在一阵天旋地转，小智等人宛如被吐出去一般的掉落出去。在重力的作用下，越落越快。就在小智等人以为自己要被摔死时，一道粉影接住了他们。
抬头看去，正是最先被传送过来的3D龙。小霞感谢向3D龙表示了感谢。3D龙眼睛眯了起来，似乎很开心。
3D龙驮着小智他们缓慢飞着，在他们四周有着闪烁着漂亮光彩的道路。那些路就是网络高速公路，也就是传送着精灵球的东西。
小智等人找准了一条传送精灵球的路，打算跟着那条路去寻找火箭队他们。
3D龙顺着小智他们所说的那条路赶去，不意外的看到了悠闲吃饭的火箭队三人。在他们身旁堆积着数不清的精灵球。
小智对于火箭队他们总是惹出的这些事事非非很是厌烦，而火箭队呢，对于总是来搅乱他们好事的小智一行人很是不满。两句话没说上，火箭队就直接派出了双弹瓦斯和阿伯怪。
双弹瓦斯使用烟幕，打算让阿伯怪偷袭小智他们。3D龙略眯了一下眼，锁定双蛋瓦斯，使用了换装。在无视了烟幕对它的干扰后，直接使用了冲撞。
双弹瓦斯被撞飞，直接撞在了等待攻击的阿伯怪的身上。阿伯怪向后倒去，将身后不远处的武藏和小次郎撞倒在地。
就在小智等人好奇到底发生了什么的时候，3D龙身上突然冒出一个显示屏，秋叶原博士为他们介绍道“3D龙刚刚使用的是叫变性的绝招。3D龙可以复制其他小精灵的属性，贴在自己的表面。”
喵喵听到秋叶原博士的花后，气愤的喊道“既然这样的话，我们也用3D龙战斗吧。”
武藏迷迷糊糊的抬起手，丢出一个精灵球喊道“3D零号机，去吧。”
小智他们快速的从3D龙的身上下来，3D龙初号机和3D龙零号机在电脑世界打了起来。一个变成矛的话，另外一个便变成盾。二者相持不下，这样下去根本就分不出胜负。
秋叶原见小智他们忘记该干什么了，赶紧提醒小智他们，趁机会去把拦住精灵球的栅栏清理了。
小智这才想起来他们来是为了处理精灵球消失的问题。小茂尴尬的摸了下鼻子，虽然他记得他们来是干嘛的，但这么好的一个收集数据的机会，就这样错过了。略有些不甘心啊。
小智四人快速的撤着栅栏，火箭队见精灵球都开始四散飞去，急忙跑过来补救。皮卡丘和伊布见此，连忙使用电击和高速星星来阻止他们。
利欧路见守护没自己的事，便主动去帮小智他们搬栅栏。火箭队是又被电又被打，好不容易缓过来，3D零号机也被3D初号机撞落下来，落在他们身上。顺势将他们打飞出去。
在小智等人获胜后，秋叶原博士像是发现了什么一般的离开了。給人的感觉很是慌张。在搞清是神奇宝贝中心那边的问题后，秋叶原博士立刻打电话给乔伊，询问对方对自己的传送程序做了什么。在听到乔伊说，小精灵中心派人来安疫苗系统，进行强力杀毒，秋叶原博士不由惊呼，他们好不容易将火箭队打跑，马上就要将道路清理干净的时候，居然来了一个强效杀毒软件！
意识到事情要遭殃的秋叶原博士快速的去通知小智他们。小智等人还来不及惊慌，就听到原本安静的电脑世界突然响起了警笛。
只见那个疑似救护车的疫苗程序，在发现他们的瞬间，便让程序瞄准了他们。准备清理，小智急忙让3D龙过来，然后乘坐上去。
3D龙飞起后，刚好看到了往这边赶的火箭队一行人。武藏还不知道发生了什么事，依旧在哪里叫嚣着，要和小智他们进行决斗。
小智大声的喊道“你们还不快点逃走的话，就会永远都回不去现实世界了哦！”
武藏等人还在迷茫着，小智已经被利欧路拽了回来。利欧路答应小茂，要照顾好小智的。
疫苗软件将火箭队立着的大的停止盘炸废后，精灵球开始进行固定的传送。被积压的大量的精灵球四散开来。火箭队被精灵球推了出去。而在火箭队的前方，疫苗软件正稳定的驶来。
就在武藏和小次郎以为自己即将要死在电脑世界里时，喵喵乘坐在3D龙身上，大声的问道“你们在胡说什么啊，再不快点上来，我就要逃走了。”
武藏和小次郎这才想起来，他们有3D龙。急忙爬了上去，然后全速开逃。
在小智和火箭队身后，疫苗系统见病毒如此顽强，开始了变形。更具有攻击性的外形，让小智他们不得不催促着3D龙加速逃跑。然而疫苗系统怎么会让作为病毒存在的小智等人如此轻易逃脱？释放出的追踪导弹直接导致小智他们翻船，从3D龙的身上掉了下去。
利欧路作为格斗系的小精灵，拿这种完全失重的环境根本没有办法。好在3D龙很快的恢复了神智，及时的冲了下来，接住了他们。
于此同时，秋叶原博士也为他们指明了离开电脑世界的出口。眼看出口近在眼前，小智为3D龙打气道“很好，快点，3D龙。”
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