相比起澹路、阿波两国的迅速沦陷，留守赞岐的十河存保并没有逞能，他深知留守讃岐的三好军与上杉军进行正面交锋是绝无胜利的可能，就算自己集中兵力在赞岐、阿波两国的境目地带布置防御也无法抵达上杉军凌厉的攻势。
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故而，十河存保就只好将防线进一步收缩，以现有的兵力固守讃岐一国的几处重镇要地。另一方面，他还赶紧派同族家臣三好隼人左前去摄津报信求援。
但上杉军却并没有给十河存保足够的时间来设置防线。
大西赖武、森村春等人为先导役，引上杉军的宇都宫定纲、斋藤朝信、直江景纲、色部胜长等部两万余军势从西阿波白地城北上；葛西义定、高梨政赖、里见义弘、太田资正等将率三万军势从东阿波胜瑞城出阵，攻向东赞岐重镇要地之一的引田城；宇左美定胜、本庄繁长、岩城政藤等将率两万余军势从澹路渡海向赞岐雨泷城发起攻击；甘糟景持、上野家成等将率三千军势联合长宗我部家对本山家发起南北夹击；加地春纲、千坂景亲等将率三千余军势联合长宗我部家东西夹击安艺家；四条虎定、今川氏定等将负责留守澹路一国······
在面对上杉军的三路大军，十河存保左支右绌，留守赞岐的三好军很快就全线崩溃。
宇都宫定纲、斋藤朝信、直江景纲、色部胜长等将在率两万余军势攻入西讃岐后，一路接连攻落本筱城、藤目城、大平城、高丸城、九十九山城、麻城、西长尾城、天雾城等地，并讨取细川氏赖（讃岐细川家家督）、香川景全、财田常久、长尾高胜、奈良元信等诸多讃岐有力国人领主，上杉军很快就压制了讃岐半国。
与此同时，葛西义定、高梨政赖、里见义弘、太田资正等将所率的三万军势在进入东讃岐后，还没对引田城发起攻击，引田城城主四宫光武就主动开城投降了，并引导上杉军对虎丸城、雨泷城、志度城、池户城、十河城等地发起攻击。
宇左美定胜、本庄繁长、岩城政藤等将在与葛西义定、高梨政赖、里见义弘、太田资正等将南北夹击后，就讨取雨泷城守将安西忠澄，之后更是兵锋直指十河城。
十河存保在得知讃岐一国绝大部分地区沦陷后感到惊惧不已，甚至打算弃城逃往尹予来躲避上杉军的兵锋。
最后，在前田宗清（讃岐弓之名人）、吉成信长、加地盛时等多名十河城守将的劝说下，十河存保才暂时打消弃城而逃的想法。
但十河存保因此也错失了最佳逃亡的时机。
而这时的三好三人众、三好长治、筱原长房等人还在继续勐攻着本国寺。
天色微明，细雪渐止，本国寺内外烈焰熊熊。
“明智十兵卫······你还是快些逃离此地吧······余恐怕是看不到泰平盛世到来了······”足利义昭有气无力的说着。
如今的足利义昭正躺在血泊之中，身上的白衣已被鲜血完全染透，而明智光秀则是右手紧握太刀，缓缓扶起足利义昭，打算带着他一同离开本国寺。
“公方殿，只要臣一息尚存，就绝不会将您抛弃的！”明智光秀目光非常坚毅，虽然他身上还中了两箭，但他依然忍着疼痛准备随时投入战斗。
“带着余，你是无法离开此地的······三好军的目标是余······十兵卫，你已经为余做得够多了······余已经很满足了······”足利义昭虽然双眼涣散，但还是强行挤出一丝笑容。
“公方殿······”
“摄州、雍州诸将距离此地近在迟尺······但出兵来援者寥寥无几······看来，余与兄长皆不得人心啊······十兵卫，你有王左之才，还是前去出仕山内内府吧······能静谧天下的就只有他了······”足利义昭的话还没说完，已经瞑目而终，脸上还带着一丝微弱的笑容。
“公方殿！”明智光秀见足利义昭咽气后不禁痛哭失声。
“明智十兵卫大人，突入寺中的三好军越来越多了，我等还是尽快突围吧！”先前还在与三好军进行混战的和田惟政说完就将手中已经断成两截的长枪丢弃，开始收拢残军准备撤离本国寺。
“罢了，公方殿，臣在有生之年一定会为您复仇的！”明智光秀万般无奈之下只好与和田惟政、细川藤孝、山冈景友、三渊藤英等剩余奉公众一同向河内方向突围而去。
而三好义继、尹丹亲兴、细川藤贤、森弥五八郎、坂井与右卫门等人则是在本国寺外围与三好军混战之中先后力战而亡。
尽管三好三人众、三好长治、筱原长房等人成功将本国寺攻落，并将足利义昭杀害。但周边形势对于三好家来说却并没有丝毫好转，三好军在攻打本国寺的过程中也损失惨重，根本无力继续向山城腹地进发，只能退入摄津越水城、富松城等地进行休整，并等待来自四国的补给。
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