前秦以推崇儒学、礼制的方式，从思想、文化上促进北方各族融合，但这不是短期内就能达成的。相对应的，见效快的手段就是将大型的胡人部落散为小部，重新划定区域管理。
苻生在位时，因内部权力争夺，将苻健临终前所选的八位辅政大臣先后杀掉。太师鱼遵是冯翊人，丞相雷弱儿是南安羌豪酋，尚书令梁楞、左仆射梁安是安定郡人，吏部尚书辛牢是北地郡人，司空王堕、右仆射段纯都是京兆人，司空毛贵是武都氐酋，这几人或是当地望族，或是豪酋世家，他们的死导致各族离心、地方动荡。
苻坚政变登位后，为这些人昭雪、追尊，以礼改葬，还将各家幸存的子孙量才任用。以分设护军的方式，将不稳的胡人部落抽丁拆分，安置到长安周边，划归郡县管辖。
比如在扶风设有安夷护军、抚夷护军，在冯翊设有和戎护军、宁戎护军，其上又设冯翊护军，归于右护军之下。
从安、抚、和、宁这类称呼中，不难看出苻坚对待异族的统治方式，是以怀柔、抚慰为主。而在前凉，哪怕是在张氏内争，国势渐衰的情形下，官称上依旧硬撑气势，针对前秦所设的不是平虏护军，就是讨虏护军。
右护军统和戎、宁戎、鄜城、洛川、定阳五部护军，其下有匈奴屠各，上郡肤施黑羌、白羌，凉州诸郡塞北内附的西羌、卢水胡、鲜卑、月氏、粟特、苦水胡，为方便管理打散在各郡的部族，还兼治冯翊郡的夏阳县。
其中听从命令的酋大有十二家，但其实远远不止，如氐羌杨氏、李氏、雷氏，西羌钳耳氏、夫蒙氏、儁蒙氏、瓽氏、荔非氏、骑氏、同蹄氏，卢水胡盖氏，龟兹帛氏，匈奴王氏、张氏、董氏、曹氏、郝氏，鲜卑干氏，其他还有爪氏、揭氏、讳氏、斡氏等等，甚至是来自大秦（罗马）因而改姓的秦氏。
所辖范围自渭河向北，涉及京兆、冯翊、扶风、安定郡、北地郡、上郡，甚至是黄河对岸的西河郡、平阳郡、河东郡，然后又归于司隶校尉部。比如右护军下的蒲子北掘令、阳河蕇督，所治之地就在河东蒲子县附近，前赵刘渊曾短暂迁都于此。
活跃在金城到安定一带的鲜卑破多罗氏，其首领没奕干率部众数万降附前秦，被苻坚安置到塞南，授安定北部都尉，以羁縻的方式进行管理。差不多同时降附的铁弗部刘卫辰也是一样，他请求入塞耕种，却是春来秋走，与云中护军贾雍生出龃龉，在前秦、代国之间两边倒。
直到五公之乱结束，有趁机叛乱被讨平的，如平羌护军高离之乱、屠各张罔之乱、右贤王曹毂与左贤王刘卫辰之乱。有才具有限被迁转贬谪的，如平叛不利的后将军杨成世、左将军毛嵩，因定界不明、处事失察致辖下部大从叛的右护军郑宏道、扶风太守苻飞。
苻坚也趁势对长安京畿的中军和外地的镇兵进行整编，安插嫡系、提拔有功之臣，将苻健、苻生这一脉在中军内的遗留势力以较温和的方式清除。
中军除了原有的左、右卫将军，领军、护军，其下的骁骑、游击、中垒、武卫、积弩、射声等营，又置前、后、左、右四禁将军，统京师驻兵，亦率军外出征讨。并在前、后、左、右将军的基础上，以中、镇、抚、冠为四军将军。
以苟辅为冯翊护军，辖和戎、宁戎、铜官、土门四部护军，郑宏道降为冯翊护军司马，王统任扶风太守，广武将军苻飞龙为抚夷护军，苻飞转任征西大将军、左司马，给调去管行政、后勤了。
苻飞与苻生要好，有关羽、张飞之勇，被封为新兴王，曾任左卫将军、前将军，因谏阻苻生杀国舅强平被贬为扶风太守，云龙门之变、五公之乱他都没有异动。
灭前燕后，以苻雅为秦州牧，又复置雍州，以苻丕为刺史镇守蒲阪，再次划分界域。大量鲜卑人被迁徙到关中，重新分派、编户、任官，建立戍垒定居，部大皆有官职，以流官从属逐步取代世袭依附。
前秦各族杂居，出于利益诉求的不同，吏民思想难以统一。作为对应的举措，则是崇儒尚礼、推广佛教、摒弃玄风、禁绝图谶、抑制豪商。王猛在世时认为左道惑众，劝说禁止谶纬，苻坚为此曾杀太史令王雕。王猛死后，苻坚特诏崇儒，禁老、庄、图谶之学，又下令杀了执意不听，依旧在三阁读谶的尚书郎王佩。
吕隆在太学附近槐市结识的赁书老者，就是曾依附于佛图澄为其助力，如今隐居在倒兽山的王嘉，他十七、八岁时就与初至洛阳年近八十的佛图澄结交。后赵大乱时，王嘉来到关中隐居于终南山，太行山东阳谷的徒子徒孙找来后，又迁至京兆渭南县倒兽山，因为王猛、释道安的推荐，苻坚数次征召，他都没有答应出仕。
王嘉除了编写小说，还能预言未发生的事。佛图澄病重将死前，所掌握的势力由于归属问题，外人难以接触，王嘉曾化名麻襦与其相见，说石虎当终一柱殿下，后来慕容儁掘石虎墓并鞭尸，最后投入漳水，尸体漂流到桥柱边不走，因而应验，直至前秦灭前燕后，才被王猛派人收殓。
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