服药之后孝宗的病一直没有好转，因此掌太医院事、右通政施钦、院判方叔和，医士徐昊等人又先后为皇帝开药。但是由于有刘文泰的药方在先，其本人又深得皇后张氏的信任，后面几位太医都不敢推翻刘文泰最初的判断。结果仅仅八天之后皇帝便不幸驾崩，这个锅应该由谁来背？
按理来说，刘文泰作为主编《本草品汇精要》这本书，绝不会是一个简单的”庸医“。他在误诊宪宗之后被降职，但居然一直还混在太医院，甚至还得到了皇后和掌权太监，乃至于内阁大学士的信任。朱见深、朱佑樘父子之死，都与太医有关。甚至在孝宗驾崩后舆论汹汹，两位大学士依然要拼了命保下刘文泰。再联系到日后武宗皇帝、熹宗皇帝的蹊跷死因，实在是让人不寒而栗。
对于目前只有五品虚职的左春坊大学士章子俊来说，深宫内的这些弯弯绕远离为好，自己比古人只不过懂一些医学常识，对于一些常见病情想要医治，还的靠现今的郎中开具药方才行，只不过对一些常见病更能理解起因罢了。
不出所料成化二十三年八月二十二日，朱见深年四十一而卒。整个京城，钟鸣响起，从早到晚，要敲钟三万响，皇帝驾崩，自有一套礼仪流程，新皇帝登基有一个很复杂的程序，要分三个步骤，并不是坐上龙椅就算登基。很多人认为，先帝驾崩，新皇帝立刻产生，就应该算是先登基后守孝。其实不然，严格来讲，应该是先守孝后登基。
国不可一日无主，尤其先皇驾崩之际，正是政治敏感期，新皇及时登基，是政治稳定的必要条件。先帝的守孝期太长，按照礼法，要经历27个月（即民间所谓的三年），为了照顾皇帝这个职业的特殊性，发明了“以日易月”，以27天代替27个月，也就是说，皇帝的守孝期为27天。
即便如此，皇位空悬27天，有可能带来极大的政治风险。大明以孝治国，不尽孝道会被视为皇位不合法。比如朱棣攻入南京，第一件事赶紧先去击败孝陵，然后即位。朝堂上下在内阁的带领下，孝道要尽，皇位不能空，怎么办？于是有了第一道程序——灵前即位。按照先皇的遗诏（或者以先皇名义颁布的遗诏），新皇帝在大行皇帝灵前即位，完成权力交接，履行皇帝职责。灵前即位的时间节点没有规定，一般是大行皇帝驾崩当日，或者两三天内。
新皇灵前即位的程序比较简单，由先皇指定的大臣宣读遗诏后，新皇就算顺利接管了皇权。在场的所有大臣、侍卫、亲属，都要对新皇行君臣大礼。
不日后大典，古人认为，皇帝是天子，代天牧民，所以新皇登基，祭拜天地是必不可少的程序。同时江山社稷承之于祖宗，所以还得祭拜宗庙。当然，新皇登基也必须昭告天下，让天下的臣民都知道并拥戴新皇。在这一通繁复的流程下来，到了九月上尊谥纯皇帝，庙号宪宪。
孔子云：“父在观其志；父没观其行。三年无改于父之道，可谓孝矣。”儒家思想认为，为了表达孝道，在守丧的三年内，儿子不能随意更改父亲生前立下的规矩，否则就是孝道亏损。当然，这其中也包括更改年号，按照儒家孝道，新皇登基的当年，不得更改年号，表示遵从先皇的意志。第二年改元，才是新皇登基元年。也就是说，从政治意义上讲，先帝驾崩后的第一个春节，才是新皇帝的登基的起始日期。
九月初六日皇太子朱佑樘即皇帝位，大赦天下，以次年为弘治元年。
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