九月，过汉阳，凉州士民多自从之。
同月，破马腾。
十月，降韩遂，令出玉门，经营西域。凉、臧十二州遂平。继伐汉中。
十一月，天子出奔，自清明门东行，太尉刘虞在门前止之，伏地请归，尽言不可行，不听，再止，乃令矢之，中，然后匆匆之去。三日，虞遗子和曰：“吾闻前卢子干死是谓子曰：‘勿以恶小而为之，勿以善小而不为’，深然之，吾今亦有言欲以遗子，曰：‘勿以时穷而忘节，勿以势起而乱性’，小子识之！”是夕疮发，薨，妾梅氏亦作炭殉矣。天下议之，咸曰天子失德。
十二月，天子既走南阳，关中动荡，士民皆望太祖归。更有奏者，劝太祖进燕王位以安心。太祖以汉高祖皇帝白马事，固辞之。
同月，汉中太守张鲁孤身出斜道，降之。乃令赵云进驻汉中，都督汉中、武都二郡，又发杨秋引千骑为辅，然使鲁为汉中太守。汉中遂定。
同月，太祖归长安，先为虞发葬。
汉建安六年，元月，又令曹操、刘备及刘表请天子归长安详此事。不应，反罪太祖。
同月，百官再三请进燕公位，凡三辞，乃受，以燕公位代太子位行民主责，督十一州军政务。并请于天子，且复请归。
太祖既称公，乃尊母为燕国太后，敕封其妻为燕国后，其余诸位夫人皆称嫔。拜汝南吕范为首相，魏郡审配为左相，南阳娄圭为右相，此三相下，又为四相，分为钜鹿田丰，北海王修，辽西韩当，颍川戏忠。
设三省，一设中书省，掌机要，发政令，为首相领；再设尚书省，掌机要，统揽各部、台、曹、阁所入文书，批陈阅览，为左相领；后设门下省，掌机要，专司监察、批驳政令，为右相领。三省之下，复设六部，曰礼部、吏部、工部、兵部、刑部、户部，每部皆有尚书一人，左右侍郎二人，直对各州郡县乡亭；又设十二寺，依旧属三省，曰太常寺、鸿胪寺、宗正寺、大理寺、少府寺、太仆寺、司农寺、将作寺、黄阁寺、版印寺、钦天寺、卫尉寺。再设四台，曰御史台、财政台、枢密台、靖安台，御史台掌监察，为钜鹿田丰领，财政台掌财政，为北海王修所领，枢密台掌兵马调度，为辽西韩当所领，靖安台权责不明，但以颍川戏忠所领，郭嘉为副。又曰，凡三省三相，与四台首脑，并于邺下铜雀台设坐，并称台僚，遇非常事，七座并论，可决国事！
三月，令蒋干使蜀，乃于彼见白罴，白罴者，祥瑞也。
四月，后汉名臣赵歧夜观紫薇，谓左右曰：“苍天已死，昊天未立，岁在丙子，天下大吉！”
同月，操有战书予邺下，自称治军七十万，欲与太祖猎于白马。太祖观之，复曰：“以吾之众旅，投鞭于河，足断其流。”
五月，端午日，阅兵铜雀台，军容雄壮，咸曰万胜。
同月，立射科取士策，即科举制也。
同月，令徐晃、张颌奔袭白马，一战下之。旋提邺下步骑一万，亲至白马。
同月，操至平丘，相与之持。
太祖自统御海内，芟夷髃丑，其行军用师，大较依孙、吴之法，而因事设奇，谲敌制胜，变化如神。临事又手为节度，从令者克捷，违教者负败。与虏对陈，意思安闲，如不欲战，然及至决机乘胜，气势盈溢，故每战必克，军无幸胜。一生用武，殊无敌手，唯曹操稍可相对也。
六月，破酸枣，获夏侯渊、丁婓首。
同月，太祖直趣官渡，操屯于濮南，乃并兵西下援护，先遣曹纯引虎豹骑万众持节先行。太祖窥其衅，即破之。适操至，再攻，亦大破之。是役，获曹纯、曹休、许褚、史涣首。
八月，关羽下徐州，徐庶斩周瑜。
九月初，太祖数挑战，操固不出，因使人集巾帼妇人之饰数十，以炮车发操营讽之，操乃战。
至九月中，战愈酣，首相吕范长子扶死于战中，太祖闻之不言。翌日，时仁皇帝未加冠，与诸近侍皆劳动于白马，一时皆充入官渡，左右皆震怖。
至九月末，太祖以骑兵数万设伏于乌巢泽，操亦尽兵卒，大破之，操仅以身免。获徐盛、夏侯尚、周泰、毛阶首，杜袭降。
同月，孙策欲袭邺下，时程昱守内黄。
十月，阻而败之，获孙策、曹洪、乐进、李进、高干、张超、董袭首，降黄忠。
同月，太祖下操营。操奔宛，时吕布在宛，操以同事天子，求入，布不纳。适追骑及之，操笑谓始者曰：“小子，与尔开国侯！”乃自刺死。中原遂平。
汉建安七年，春，太祖进两淮。发镇西将军公孙越、益州牧田丰、冠军将军赵云、汉中太守郭嘉伐蜀。
五月，越、丰顿剑阁，徐庶蒙嘉之请，负剑入蜀，谋刺国策，事竟成，太祖闻，赞曰：“不意别剑可屠龙！”蜀遂平。
九月，贾诩问答太祖于铜雀台，七问七答，尽抒太祖志意，并行文天下，由是人心益附，天下渐安，太祖之天命，亦由此发！
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