秋七月初九，立昭仪冯氏为皇后。二十九日，皇帝在清徽堂亲自为群臣讲《丧服》一篇篇义。八月初一，下令内外戒严。初七，封皇子愉为京兆王，怿为清河王，怀为广平王。十九日，在华林园讲习武艺。二十六日，皇帝南征。
九月十二日，下令司州洛阳人年龄七十以上没有子孙的，六十岁以上没有期服以内近亲的，因贫困难以生存的，给予衣服和食物。虽然不满六十岁但患有残废或顽疾难以根治的，没有大功服的亲戚，贫困而没有办法自己求医治疗的，都在另外的地方，派医生救护，派给四名太医，先请他们用药物治疗。十七日，皇帝留下众将攻打赭阳，自己领军队南征。二十三日，车驾从南阳出发，留下太尉咸阳王禧、前将军元英攻城。二十五日，车驾到达新野。
冬十月初三，虽四面进攻仍未能攻破该城，命令左右部队修建长围准备长期围困。二十一日，追贬已废的贞皇后林氏为庶人。
十一月十四日，在沔水北面大破齐军。于是民众都恢复家业。九十岁以上的，给予郡守封号，六十五岁以上，给予县令封号。
十二月十四日，下令凡流刑和徒刑的罪犯，都不要判决和派遣，攻城的时候，让他们充当先锋以示自愿报效国家。二十五日，回到新野。二十六日，亲自到各营垒中巡视，安抚六军。以齐郡王的儿子琛做为河间王若的后嗣。高昌国派使者朝贡。
二十二年(498)春正月初一，在新野行宫中宴请群臣。初五，攻克新野，在宛城斩了太守刘忌。二月十八日，到达新野。十九日，下诏说，穰人首先来归顺并且始终如一的，免除三十年的赋税徭役，将他们居住的地方称为归义乡。稍后投降的，免除十五年。
三月初一，在邓城大败齐将崔慧景、萧衍的军队。初九，巡行至樊城，在襄沔检阅军队，炫耀军威之后才回。特赦二荆和鲁阳的罪犯。三十日，巡行到达悬瓠。
夏四月，赵郡王干去世。
秋七月初三，下诏皇后的私人资产减半，六宫妃嫔、五服以内的皇家男女正常的供给和抚恤也减半；在军队的皇室亲属，减少三分之一，以供奖赏使用。当月，齐明帝死去。八月初一，皇太子从京城前来朝见。十三日，高丽国派使者前来朝贡。九月二十一日，皇帝因为按礼不攻打发生丧事的国家，下令回军。二十八日，车驾从悬瓠出发。
冬十月初一，特赦豫州死刑以下罪人，免除民众田租一年。十一月初四，到达邺城。
二十三年(499)春正月初一，在邺城大宴群臣。起先，皇帝身体不佳，到这时有所好转。初三，群臣为皇帝祝寿，在澄鸾殿欢宴。初五，到西门豹祠，进而经漳水而回。二十一日，车驾从邺城归来。二十六日，在宗庙欢宴群臣，论功行赏。二十七日，大赦天下。太保、齐郡王简去世。二月初五，任命长兼太尉、咸阳王禧为太尉。十一日，任命中军大将军、彭城王勰为司徒。恢复乐陵王思誉本来的封号。二十七日，齐国将领陈显达攻占了马圈戍。
三月初四，车驾南征。初七，到达梁城。初十，皇帝不适。二十一日，车驾到达马圈。二十二日，反复进攻之后攻破了马圈。二十三日，收缴了敌方各种物资数以十万计。众将追赶到汉水，敌军被斩首、俘虏和跳水淹死的十分之八九。二十四日，皇帝病危，车驾北进至谷塘原。二十八日，下诏赐皇后冯氏死。令司徒勰到鲁阳召回太子继位。任命北海王详为司空，王肃为尚书令，广阳王嘉为左仆射，尚书宋弁为吏部尚书，跟长兼太尉咸阳王禧、右仆射任城王澄等六人辅佐朝政。
夏四月初一，孝文帝死于谷塘原的行宫，享年三十三岁。保守秘密直到鲁阳才发丧。回到京城后，上谥号为孝文皇帝，庙号称高祖。五月二十一日，埋葬于长陵。
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