史书在这里的记载显然是前后矛盾，等了五十年，到了出山的时候了，却仍然没有出仕。虽然后面说他是为了炼一种叫太一神精丹的金丹，才离开长安去了峨眉山隐居的，看来终身不仕，这才是问题的关键，是他最终的坚持。
孙思邈是位道士，也是位仁医，多年来一直坚持亲自采药制药，治病救人，搜集民间验方、秘方，总结临床经验和唐以前的医学理论，所以成就才极高，而在那些专业技术人的眼中，搞研究远比处理人际关系更有兴趣。官场虽然能收获名利，但也是需要付出精力的，没有一个醉心于专业研究的人会喜欢那些营营苟苟的事。
前面也提到过，李世民晚年也没有能看透权力和生死，求佛信道，开始服食金丹，一生戎马、操劳政务，精气神过度透支，身体早就不好了，所以多次召见孙思邈，也希望这位药王能出手让自己多活个万八千年。民间传说孙思邈表示无能为力，实际上这也不是空穴来风，首先李世民很固执，这是一个长期站在权力顶峰的、多年征伐、意志坚毅的大人物特有的性格，来自一种极度的自信。当你的建议，比如要注意养生、注意休息、少近女色、保持平常心等等，他会接受吗？第二点就是对长生的极度渴望，如果你劝他别吃金丹了，那么他会认为你是有什么想法，想阻挡我长生不老之路，这就危险了。所以孙思邈也治不了该死的人，就算他是几千年才出一个的神医也不行。
当然了，李世民只有一个，也不是人人都是皇帝，所以其他人还是可以救的。但凡名医，古今中外都是极受各阶层人士重视尊敬的，所以当时不乏名士高官主动交好他。有一次，卢照邻得了重病，请了好多名医也没治好，正好遇上孙思邈，就问他“名医愈疾，其道何如？”
《旧唐书》记载了孙思邈的回答，洋洋洒洒三百多字，就不再摘录了，里面涉及了医学的基本理论，好多咱们这些外行人也听不懂，但是他的回答里面却反映出他的天人合一的思想。当然了，天人合一的问题，在西汉时就已经成熟了，董仲舒还重新解读了一番，孙思邈把这种思想应用到了自己的医学领域，把人体视为天地自然中的一部分，还把儒学的中庸思想也应用到养生、用药里面。可能卢照邻也被药王的风采迷倒了，所以传说也成了他的弟子。
另外，对于形神的关系，孙思邈在道家的形神理论上加上了自己的见解，而且是从医学养生的角度来解释二者的关系，比如他认为“神气若存，身康力健，神气若散，身乃谢焉。”他认为是先有气而后有神，形神是一体的，当然他有这些理论也能说明他完全称得上是一个合格的道士了。
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