元代全真道士彭志祖在《通真观碑》中写道：“窃尝谓全真之教，自开辟两仪，此理已具……汉魏唐宋以来，张道陵、冠谦之、杜光庭、陈图南辈，迭起而弘畅之……”由此可见，全真教是在继承了杜光庭的性命双修、陈抟的“逆以成仙”和钟吕内丹道的基础上发展起来的，这是研究整理全真教教义的重要方向之一。
王重阳本是学儒出身，前半生或者说是大半生都是深处传统儒学思想影响的，入道以后，他认为道、释、儒的经理最深，所以坚持“三教搜来作一家”的思想，既然“儒门释户道相通，三教从来一祖风”，那么三教互融才是至理。这又是研究全真教教义的另一个重要方向。
据《全真教祖碑》记载，全真教是以“三教圆融”、“识心见性”和“独全其真”为宗旨。基于三教互融的这一思想，王重阳亲自制定门规，全真教小学初级班必修课本包括《道德经》《清静经》《般若心经》、《孝经》四部，认为这是可以代表三教思想精华的四门功课，不背熟掌握，就不能升到中级班，也就意味着不能升职加薪。这四部经书中，《道德经》不必多说，那是道教公认的经典中的经典，甚至可以说是祖经。《清静经》则主要是让道士们明心悟空，时时诵读，杂念不生。《般若心经》简称《心经》，是用的玄奘的二百六十字版本，就是开头“观自在菩萨，行深般若波罗蜜多时”那篇，讲五蕴、三科、四谛等，讲自性本空的佛理，相信没听过的人很少了。王重阳极为看重《心经》，他告诉弟子们，《道德经》和《心经》的根本是一致的，掌握了精髓，都可以成就长生之道，所谓“五千言，二百字，两般经秘，隐神仙好事”，千万不要轻视初级教材啊。至于《孝经》，则是儒家的经典了，王重阳为什么选了这部儒经路人皆知，全真教虽然讲究抛妻弃子出家修道，但却主张要在父母膝前尽孝，所以刘处玄才会中途跑回老家去奉养老母亲。
前面讲过很多了，三教合一一直有人在呼吁，也做过一些努力，但是三教之争却从来没有停止过，究其原因，根本上还不是一个虚名。谁都不承认自己应该排在后面，谁都认为自己才是那个第一，曾经有后辈问王重阳，儒释道三教都要学，那谁是第一，谁是第二？
王重阳斜眼看看这个小辈：“你以我为喊出“三教平等”这个口号是假的啊，没有谁比谁更重要，大家都一样，并列第一。”心里却给这个小辈一个不可教的评价，没看到给你的四本书里有两本道经？谁第一还非要问出来？初级班至少让你多学几年。
光这么说可不行，到底三教怎么个平等法啊？王重阳是通过“道”自圆其说的，三教都尊这个道字，同时他从心性学说方面进一步解释三教合一。王重阳传承自钟吕一脉，自然就传承了钟吕的内丹道，继承了内丹的心性学理论。这方面的内容，前面也涉及一些，比如唐代的王玄览的“心灭则法灭”，“无心即是道”，司马承祯的坐忘论，吴筠的养心而性全等，但是从理论体系上来说，王重阳总感觉前辈们的理论层次比佛儒总是差了那么一点。
比如佛教早在南北朝时期就开始了佛性的研究，随后有天台、华严的心性理论的研究成果，然后是禅宗的心性说的大成，人家早就把心性的理论提高到了哲学本体论的高度了，诸如“心即真如”、“本性是佛”、顿悟而明心见性等理论，听着就那么有道理，而且还从而客观上带动着儒、道的哲学体系不得不跟着人家前进。
再看儒家，虽然以前也和道家一样弱，但是从理学出现以后，特别是那着名的“五子”、“六先生”为代表，就是周敦颐、邵雍、二程、张载这五子，加上司马光就是六先生，邵雍后面还会详细讲，其他几位都是如雷贯耳的大儒，不再多说。理学提出了诸如“去人欲，存天理”等，听听，多么深刻，多么……都不知道怎么评价了，总之，儒家在孟子的心性说的基础上改造成了心性理论，开始从道德上讨论心性，从此可以达到内圣而外王、独善其身而兼济天下，听起来就莫名觉厉。
和佛儒两家一比，王重阳深深地感觉道家的心性论还是有差距的，英雄所见略同，恰好南方的张伯端同样认识到了这一问题，二人不约而同地从内丹理论上来着手完善道教的心性理论，这才是真正的南北二宗。前面讲到南北二宗，是说的南方全真、北方正一两大道派二宗南北分立，而这里所说的南北二宗，则是全真一脉的南北思想的发展，理论还是有区别的。北宗主张性命双修，而南宗则只言性不修命，讲心就是本体，这个南宗后面也会详细再讲，暂且不多说。
王重阳在禅宗的基础上引入了仁、善思想，所以这又是研究王重阳的三教合一的一个方面。只有言行符合伦理道德，才谈得上修性修命，否则就不可能长生成仙，其他要求比如要忠君爱国，知礼守法，行善积德更是要严格遵守的，“为官清正同修道，忠孝仁慈胜出家，行尽这般功德路，定将步去归云霞”。
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