败是败了，不过全真教依旧坚定不移地贯彻老赖的传统，一个拖字诀深得太极真谛，玩得那叫一个炉火纯青，但是迫于各方面的压力，也不可能一点好处不让，比如据各方面的史料记载，这座法兴寺在1258年以后归还给佛教一方了。1260年-1263年间，福裕派了一位叫巢云威的和尚去接手并主持法兴寺，不久又请求官方赐名为北少林禅寺，正式成为有身份证的正规旅游景点—嗯是正式的寺庙了，严格说是福裕和尚的曹洞宗的房产了。
1258年二月，在辩论开始之前，蒙哥已经带着大兵南下找南宋的麻烦去了，辩论期间，忽必烈就开始着手准备兵进鄂州，不久也出兵了，这段历史估计道友们也熟悉。1259年蒙哥死在了合州钓鱼山下，忽必烈也同意了南宋的求和，匆匆回军和弟弟阿里不哥争汗位，不但南宋大大滴松了一口气，全真教也因为没人顾得上他们和佛教的这点小事，干脆照样赖帐不执行宣判结果了。所以，第二次辩论虽然也惨败了，但全真教的损失也并不是很大，据说就连那十七位削发为僧的道士，也又重新留起了头发重新穿上了道袍，是不是全都这样没有仔细考证，至少李志全、申志贞、樊志应这三位是有记载回归道门了。
当然了，蒙哥时期的佛道之争，并不是表面上的两教为了那点利益之争，而是一次道教对抗佛儒两家合伙打压的斗争，不仅是宗教之争，还是政治和文化冲突的体现。长远来看，全真教逐渐没落，佛教地位得到了提升，八思巴成了最大的受益人，很快成为了国师，不但个人的地位和声望越来越高，藏传佛教也受益，最终取代了汉地禅宗成为国教。
1260年三月，忽必烈回到了开平，马上操持着称汗，阿里不哥也不含糊，四月在和林称帝，七月，忽必烈提兵就来打阿里不哥了。
兄弟两个的矛盾实际上早就有了，蒙哥、忽必烈和阿里不哥都是拖雷的儿子，阿里不哥是老七，非常看不起汉人，他代表了一大批蒙古贵族的态度，所以他对于重用汉人，推行汉化的忽必烈非常不感冒，这才有了在一帮子贵族支持下称帝的这一事件，当然，皇帝谁都想当。
蒙古人的这次内战持续的时间并不长，1261年十一月，忽必烈大败阿里不哥，1264年四月阿里不哥实在打不过了便投降当了俘虏，从此去唱铁窗泪。蒙古帝国时期的《史集》中详细记载了这段历史，包括当时审判阿里不哥时的各种细节。不久以后，1266年的秋天，正值盛年的阿里不哥病死了，有人认为是被忽必烈暗中害死的，真的假的就不管了。从此，蒙古帝国结束了内乱，1271年，忽必烈取《易经》“大哉乾元”之意，建国号为大元，史称元世祖。
上头在忙着军国大事，自然没有精力管全真教和佛教的争斗这些小事了，所以全真教只是归还了一小部分寺院，小日子照样一副红红火火的样子，直到……
话说1280年四月，大都长春宫与崇福寺发生了一次规模并不算很大的流血冲突，但是它却成为了彻底改变全真教地位的一个导 火 索。
在《至元辩伪录》中并没有说明这次的流血事件的起因，但是说长春宫的道士们“聚徒持挺，殴击僧众”，然后又自己烧了房子，诬告当时的僧録广渊，说是他派和尚们来放的火。当然了，经过一番调查取证，最后把这次闹事的甘志泉几个主要人物砍了脑袋，和尚们还是很不满意，接着又想起来第二次辩论胜利以后，全真教至今也没有执行还寺庙烧经书的判决，于是借此次事件，西蕃喇嘛瞻巴建议，接着去找皇帝告状，彻底清算全真教。
1281年十月，枢密副使张易等奏请忽必烈，说我们研究了一下道教的那些经书，除了道德经是老子亲笔写的以外，其他的都是后来的道士们伪撰的，应该全烧了。这个逻辑就有点过分了，难道佛经就全都是释迦牟尼写的了？这也表明了儒家的加入，共同开始对道教打压了。
忽必烈于是就派张易这帮人，组织佛道两界人士到长春宫无极殿组织了这次辩论，好好考证一下道藏的真伪问题。
参加的除了全真掌教祁志诚以外，还有正一教天师张宗演以及大道教掌教李德和、杜春福等人，李德和就是大道教的七祖，杜福春可能就是玉虚宫一脉的七祖，在前文中有过交代。
这次忽必烈的偏向就很明显了，原来大家还是辩论，相互可以指责，这次完全是一副评估道藏真伪了，这也是全真教一家不可能承担的责任，才有了正一、大道和太一等的参加。
即使是有了其他门派的相助，全真教一方也摆脱不掉接受质问的局面。这次主题除了再次辩论《老子化胡经》《老子八十一化图》以及其他道藏的真伪问题以外，还包括了符箓等方面。有人提出来说，你们道教总是说自己的符箓能捉鬼辟邪，还能水火不侵、刀剑不伤，那么你们几位门派大佬谁给我们演示演示？
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