到乾隆时期，对民间的宗教管理就更加严厉了，乾隆说：“邪教煽惑愚民，最为世道人心之害，不可不严切根查”，可以说从上到下认识相当统一。
乾隆三十九年，清水教王伦起义，几天就占领了寿张、阳谷、堂邑三个县，战斗力还挺强，打得大清八旗兵大爷们一点脾气都没有。一月以后，被重兵围杀起义失败，仅被抓后杀死的就1700多人。
乾隆四十二年，甘肃河州发生的王伏林的圆顿教起义，不久被陕甘总督勒尔谨扑灭，杀了444人，抓了522人，当然据说很多都是杀良冒功的，这也符合那时的光荣传统。乾隆却对此表示了肯定，还说以后不论哪里再有类似事情发生，都可以先过去剿灭了然后再上报。
还有伊斯兰教的事，比如乾隆四十八年的石峰堡起义的失败，清政府便开始支持老教打击新教，把那些新教统称为邪教。
还有就是天主教的礼仪之争，就是围绕着关于天主的译名和祭祖、祭孔等这些问题，根源就是罗马教廷和清政府的政治观点上的冲突，这段历史有点复杂，不多讲了。直到鸦片战争中英《南京条约》签订以后，天主教才逐渐驰禁，没办法，谁让洋人的大炮火力猛呢，你拳头硬就有理。
清初时的宗教关系非常复杂，有国内和西方的，有传统与现代的，还有民族的，而清政府闭关自守又是出了名的，并不是晚清才那样的，所以除了选择了正统的儒学以外，实际上其他的都是要打击的。顺治二年恢复了科举制，顺治十四年把孔子的“大成文宣”升格为“至圣先师”，顺治二十二年又加封孔子为“万世师表”，对儒家可谓抬高到了极高的地位。到康熙平定三藩和准噶尔之乱以后，满清在政治上已经形成了尊孔敬儒的基本国策，汉族读书人也给面子，很快就承认了满人的封建正统地位。
为了稳定，皇帝也不会采取过于激进的政策处理道教。宗教存在了千百年，肯定有其存在的理由，宗教自身也在不断地适应社会的发展，不是简单暴力的手段就可以消灭的。在满清政府统治下，任何宗教都只能定位在服务王道之上，只能接受“神道设教”，在大一统的政治下存在。
民间的那些众多的道派的出现，并不会考虑正统道教能否发展、出路在哪里的问题，也不会为道教事业的发展去搞什么科研、创新，所以，正统道教必须要有所改变，而“圣俗一体”和“圣贤仙佛无别”的道路就是一种选择和尝试。
正统道教希望通过对自己做了一次大手术，把一些不够传统的东西剔除掉，从儒家的角度来重新整理、定义自己的教义，发展出让皇权满意的教义，这就是王常月和娄近垣的努力。
最后还有一个原因，个人感觉就是龙虎山张天师没有在满清打进北京以后主动去当舔狗，整个道教界在满清入主中原的过程中，表现出一副事不关己的特别淡然的样子，既没有激烈反抗表示忠于大明朝，又没有主动来投效，奉一些异象、图谶什么的表示满清是天命所归，这种坐观局势发展做法不但没有一点人情味，还让人感觉就是站在墙头看风向，怎么能让满清对你有什么好感。
不过也可能是有点冤枉张天师了。崇祯死后，福王朱由崧马上在南京组建了南明政权，江西龙虎山自然不能投降满清，这个本来是理所应当的事情，但是满清人肯定会不高兴的。因为在他们看来，谁能阻挡大清的铁蹄，大军南下是多么简单的事情，如此明朗的局势，小小的龙虎山还不早早纳头就拜，反而端起架子来坐看云起云落、花谢花开，你哪来的那么大的优越感啊，明显是瞧不起我们北方异族嘛。这种情绪很自然地就会推而广之，对整个道教有了意见，因为龙虎山的确有资格代表正统道教嘛。
没有道教，没有佛教都可以啊，这不是还有儒家吗，离了你们好像更好，所以特别想学习汉人的满清开始尊孔敬儒，“黜异端以崇正学”。
其实要说道教界没人去捧满清的场也不是很准确，根据娄近垣在《龙虎山志》里说，五十二代天师张应京曾经打算去北方恭迎满人的，不过却被人家怀疑要去福建追南明皇帝，有点弄巧成拙了。好在从顺治开始张天师的地位虽然地位逐渐下降，总算是一直保留着一定的待遇。
顺治尚且有儒、释、道三教并重的意识，认为三教都是导人向善的，所以虽然采取了严厉的政策限制道教，甚至可以说离禁教也就一步之差了，但是对张天师还算不错。顺治六年，张应京来北京为生病的皇子祈福，顺治看在天师大老远地来了不容易，再遵照前朝的旧例，敕给他一个“正一嗣教大真人”的封号，而且还赐了枚一品银印，让他管理龙虎山及上清宫等本山的教务，不过剥夺了以前的掌天下教事的实权。
同时，顺治还很严肃地对张应京说，“兹特命尔袭职，掌理道录，统率族属，各使异端方术，不得惑乱愚民。……尔其中申饬教规，遵行正道，其附山本教族属，贤愚不同，悉听纠察，此外不得干预。尔尤宜法祖奉道，谨德修行，身立模范，禁约该管员役，俾之一守法纪，毋致生事”。总之你要管好自己，管好教内的弟子，不要试图蛊惑人心，不要把手伸到教外事务上来。
不知道张应京是怀着怎样的心情回山的，反正是还没到龙虎山就死在路上了。
1655年，五十三代天师张洪任来到北京，为的当然也是讨一个皇帝的敕封，这样才能名正言顺的当天师。顺治还算给面子，不但封了天师，还免了龙虎山的徭役，以后的张天师们虽然也数次进京表示出臣服，但却一直没有收获满清的崇信。
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