根部的基地。
这里阴暗，干燥，有着繁多的密道，平时会有根部的忍者从密道之中进出和加以看守，封印。
但今天，根部的成员直接死了一半，加上外派的，在暗部部署的，现在根部整个基地都空旷了起来，很多地方都没有人值守。
“发生了什么事情？”年轻的药师兜穿着长宽黑色兜帽风衣，兜帽盖着他脸部，只露出一个瘦削的下巴，从一条隐秘的密道中走了出来，并没有发现根部有人。
根部的空旷，并不正常。
药师兜隐藏在兜帽下的眼神闪烁出冷冽。
药师兜幼年时因受伤而失忆，被孤儿院院长药师野乃宇收留，视药师野乃宇为母，后来因为团藏要挟野乃宇，于是自愿为野乃宇以及孤儿院去投靠团藏，被团藏利用，作为一个根部忍者活跃。
药师兜从小被团藏当做间谍而游历各国，最后为了解决药师兜和药师野乃宇，安排药师兜与药师野乃宇自相残杀，误杀自己视为母亲的药师野乃宇后，药师兜认为自己失去了生存意义。
与此同时，大蛇丸找到了兜，告诉他一切的真相，邀请药师兜加入自己的音隐村。
成为大蛇丸的手底下的人以后，却又被大蛇丸派到晓组织蝎的手底下当间谍，巧的是药师兜的间谍天资又被蝎看上，在被蝎在头部下了咒印以后，蝎又让药师兜去跟随大蛇丸。
大蛇丸消除了蝎的咒印以后，又让药师兜在和蝎虚以委蛇的与此同时，把兜再次派回了木叶村当上间谍。
根部基地的一切有关的密道和所有设施，都是大蛇丸告诉药师兜的。
药师兜回到来木叶后，隐秘的成为了一名木叶的下忍，为大蛇丸收集着情报。
而前来根部的基地，倒不是要为大蛇丸收集志村团藏的情报，志村团藏的情报大蛇丸比任何人都要知道得多。
而是兜发现根部的基地出现异常，主动过来入侵查探。
“人少了很多！”兜隐藏在阴影之中，几乎是通行无阻的去过空无一人的根部基地训练场所有一些比较重要的办公室场所，就连团藏的办公室，也没有人驻守。
“根部出事了。”兜藏在一个角落的阴影中，视线扫视走廊和房间，寥寥几个经过的，还只是中忍，似乎是根部的上忍都已经不在了。
“快点，团藏大人需要进行手术。”有经过的根部中忍拿着大批的药品和纱布，神色严重的经过兜隐藏的位置。
“我们行吗？团藏大人的伤势需要医疗上忍，才可以把他胸骨碎片取出来。”另一名根部中忍忍不住的质疑道。
他们只是根部的后备训练生，经过惨无人道的训练，原本的作用就是学习了部分的医疗忍术，给众多上忍前辈进行治疗的。
而今天不知道为什么，他们熟悉的上忍都不在，并且团藏大人还要求他们对团藏大人进行手术。
他们第一眼看到团藏的伤势都有点凛然，胸骨插入内脏，并且还有一股生机不停的维持着志村团藏的生机。
在志村团藏的命令下，他们只能够快速的帮助志村团藏先接上万花筒写轮眼，然后再慢慢处理志村团藏的伤势。
“应该没事，团藏大人身体里的生机造血复肌功能很强大，团藏大人也在配合我们把骨头碎片挤出来，我们只要小心一点接驳上团藏大人的胸骨就可以了。”为首的中忍沉稳并心有余悸的说道：
“幸好团藏大人吃下具备强效稳定维持人体的药，不然身体的细胞·······”
另一个中忍也庆幸的点点头，心有戚戚，又问道：“不知道团藏大人遇上了怎样的敌人···很多上忍都没出现了·······”
“这不该是我们注意的事情。”为首的中忍提醒道。
两名中忍一路朝着生物研究间一路过去。
隐藏在阴影的兜，兜帽下的目光闪烁出几丝冷冽的杀意。
他永远无法忘记当自己得知道亲手杀药师野乃宇的崩溃心情，世界一切意义都没有了。
如果不是大蛇丸，兜感觉自己没有办法活下来。
而主导这一切的，就是根部的首领志村团藏。
兜心中冷静，理智，却仍然没有办法忘记这一切。
从小时候开始，兜被根部培训成最精锐的忍者间谍，在云、雾、砂、岩等其余国家的忍者村搜集情报，非常擅长伪装自己的行踪及气息。
在一次岩忍者村待命的兜因为失误遭遇袭击，与他交战重伤的敌方忍者他视作母亲的药师野乃宇，兜认出了她，在惨痛中试着呼叫她，但濒临死亡的院长不认得他，随后兜被其他支援的敌方忍者逼退，药师野乃宇也由此死亡。
那时候的兜很迷惘，独自一人到了河边思考着自己为何会被最重要的人给遗忘，他渴望的相见，没有想到根本就不认识自己。
就是在这个时候遇见大蛇丸，被带至大蛇丸的基地作为第一位访客，从大蛇丸口中得知团藏在他一离开孤儿院就向药师野乃宇说出其实兜是为了他们的补助金而自我牺牲，加入了“根”。
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