郭靖、黄蓉参与华山论剑之后，由黄药师主持成婚，在桃花岛归隐，黄药师性情怪僻，不喜热闹，与女儿女婿同处数月，不觉厌烦起来，留下一封书信，要另寻清静之地闲居，径自飘然离岛。
经过江南陆家庄时，黄药师使用“弹指神通”压倒性的力量轻松制服“赤练仙子”李莫愁，并破了她的“冰魄银针”，顺道救走了程英，将她收作关门弟子。
后来程英、杨过、陆无双遭遇李莫愁，黄药师便帮助解围。与杨过一见如故，并愿意收杨过为徒，好让杨过与小龙女在一起，杨过却不愿屈服于礼法，使黄药师对其更加另眼相看。后来李莫愁说以多欺少，黄药师不愿与她相争，后来便传授杨过能克制李莫愁武功的“弹指神通”和玉箫剑法后离去。
在郭襄16岁生日之际，运用弹指神通击杀霍都，并与杨过一同来到英雄大会比武台。随后杨过使用“黯然销魂掌”与黄药师一同赶跑潇湘子、尹克西等人，并随后得知世上并无”南海神尼“。
蒙古大军围困襄阳、郭襄被金轮法王所抓，黄药师、一灯、周伯通相助郭靖黄蓉守城。黄药师摆下奇门术数二十八宿大阵与蒙古大军周旋，后来杨过赶到击败金轮法王射杀蒙哥，从而解了襄阳之围。
后黄药师与众人准备去华山祭拜洪七公、欧阳锋，恰逢一群庸人争夺天下第一，赶跑他们之后黄药师等人重新确立天下五绝，黄药师仍为“东邪”
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