屋恩帖木儿继续说道：“然后直下江淮，形成围堵之势，何愁江淮不平。”扩廓帖木儿道：“此时也许不错，然朝廷并非如你所想。”屋恩帖木儿这才知道，原来扩廓帖木儿面对的不仅是叛贼，还有朝廷的压力。
扩廓帖木儿最终没有采取屋恩帖木儿的建议，而是先遵从朝廷的命令，肃清江淮地区然而以朱元璋为首的集团的实力实在是过于强大，扩廓帖木儿尽管用尽心思调度兵马，也一时间也无法奈何江淮地区的反叛势力。
扩廓帖木儿思前想后，开是决定在全力肃清江淮地区之前，要先把其他反叛的小集团剿灭，再对朱元璋，这样一来便违背了朝廷的旨意，朝廷里一些反对扩廓帖木儿的人开始向元顺帝进言，其中多是扩廓帖木儿意欲谋反、意欲其他如何等等。
三人成虎，原本十分相信扩廓帖木儿的元顺帝开始心生怀疑，然而朝廷之内再无人能够与扩廓帖木儿相比，元顺帝在朝廷里商议扩廓帖木儿之事，大臣分为两派，一些大臣主张擒杀扩廓帖木儿，因为其屡次不听皇帝的号令。
而一些了解扩廓帖木儿的大臣则不赞成，说眼下天下大乱，朝廷却残杀名臣猛将，这是在自乱阵脚，自古以来都是亡国之举。元顺帝便折中而行，立刻派人前去催促扩廓帖木儿，要求其尽快与朱元璋决战，元顺帝如此数达屡屡。
扩廓帖木儿却不听从号令，反而向元顺帝说了自己的想法，但仍没有说动元顺帝。这一来，元顺帝开始觉得扩廓帖木儿为臣有二心，下了剥扩廓帖木儿兵权的决心。不久后，扩廓帖木儿的兵权就被朝廷夺去了大部分。
这个时候，屋恩帖木儿再次建议扩廓帖木儿，以手中仅有的兵力，迅速占据西川，成为朝廷的一支力量，他日也可以相助朝廷东山再起，或者是自立为帝。扩廓帖木儿没有采取第一宗办法，也并没有选择反叛朝廷。
一日其对屋恩帖木儿道：“我的一切，来自于朝廷，自当忠诚于大元朝廷，万万不可丢下朝廷于不顾。”元顺帝离开大都后，北疆故土再次被汉人收复，不过扩廓帖木儿一直在与明军交战，朱元璋对此十分头疼。
元顺帝去世后，昭宗即位，扩廓帖木儿仍一直在为保护北元而战斗沙场。朱元璋集结力量，于洪武五年派出三路北伐大军，此次北伐，朱元璋意在一举消灭北元势力，不过这一次朱元璋失算了，因为扩廓帖木儿的一长大战。
北伐军中的左副将军李文忠，一路上被扩廓帖木儿打得损失惨重，这一战将李文忠打得心惊胆战，扩廓帖木儿彻底挫败了明军的锐气。此战，扩廓帖木儿想北元朝廷证明了自己的忠诚，昭宗亲自奖赏了扩廓帖木儿。
而当时还是真金教教主屋的恩帖木儿前往寻找看看他们，这是他们第三次相见。屋恩帖木儿见到扩廓帖木儿之后，两人多年未见，此时再见，感慨良多，便结为兄弟，然后两人在酒桌上谈论了相助北元重新夺取天下的办法。
扩廓帖木儿道：“眼下是争夺天下，你的计策自然可取。”屋恩帖木儿道：“皇上可会同意。”扩廓帖木儿道：“只要我力主，皇上是会同意的。”
其后两人一道面见昭宗，说出了二人商量出来的一个计策，这个计策便是要将北元大军全部出动，南下攻打明朝，而真金教则从西川起兵，响应北方战事的这一策略，两路进攻，一定可以将明朝打败。
这个办法招致了很多大臣的不赞同，他们的理由很简单，说朱元璋已经夺取了天下，而且民心思定，归心明朝，若是大元的大军南下，汉人一定会大举抗击，想要恢复元朝的大业，根本不可能成功，况且有长城险要，想要突破都很艰难。
扩廓帖木儿听了不战派的大臣直言，登时大怒，道：“尔等不过是贪图享乐之徒，我们怎么能够与尔等共谋大事。”
其后扩廓帖木儿对昭宗道：“皇上，此事还请皇上定夺啊！”昭宗听了觉得这个办法不错，便同意了屋恩帖木儿的建议，道：“自成吉思汗起兵的时候，大元从来没有遭受到这般打击，惠宗（元顺帝）北狩，是为奇耻大辱，今日有真金教在西川，当是上天安排，
是真金太子冥冥之中的护佑，我等怎能不放手一搏。”建议得到了皇帝的赞成，其后扩廓帖木儿便整顿兵马，打算不久后就立刻带领着大军南下，与明军展开一场大战。而屋恩帖木儿则返回了西川，准备起兵之事。
然而明军虽然被扩廓帖木儿打败一路，却没有伤筋动骨，其拼死堵死了扩廓帖木儿大军南下之路，让扩廓帖木儿的大军折戟于长城一线。其后明军便一直死守长城，而扩廓帖木儿连续带领大军进攻，却久攻不下，时间一久，如之前一般，又遭到了猜忌。
而屋恩帖木儿回到西川之后，本要组织真金教之人起兵造反，却遭到了官兵的强力镇压，原来当朝皇帝朱元璋也遭到西川的重要，他早已经安排好大将重兵把守着西川，就是害怕元朝的参与势力盘踞在此。
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