后来元始和通天大打出手，引发一场神仙大战，仙界浩劫。通天门下水神共工，火神祝融失和争斗，共工因愤怒撞不周山。不周山本为撑天四柱之一，不周山一倒，其它柱子也开始倾斜，终于倒下。一时天摇地晃，灾难降临人间；大火遍野、土地变汪洋、野兽乘机伤害人们、凶暴鸷鸟抓走跑不动的老弱妇孺。人类陷入了绝境。那悲天悯人的女娲娘娘炼烧红、黄、蓝、白、黑五彩灵石，以无上道法补天，并从一只深海万年巨龟身上砍下四条腿，作为支撑天地的四柱，天地终于重归宁静。但在女娲娘娘补天之时，竟有一块顽石，似是不甘做平庸的补天石偷跑了出来，那就是后世之天产石猴齐天大圣孙悟空了。
之后如来势力佛教极速扩张，道法、声势直追三清，三清众多门人弟子在封神之义中也改投如来门下。这阶段修成佛门正果的神佛之中，很多为三清门下道家中人，却被如来招募而去，如元始天尊 “玉虚门下十二弟子”中的普贤真人，文殊广法天尊和慈航道人，惧留孙等均投奔如来而去，分别成为后来的普贤菩萨、文殊菩萨和观音菩萨。
三清颇觉心灰意冷。遂与如来达成协议：将天下九洲岛和天界重新划分为四洲，分别为东胜神洲、南儋部洲、西牛贺洲、北俱芦洲。东方东胜神洲由十洲三岛中的众多海外仙山仙岛组成，由三清管辖，上面居住着三清和一众诸天诸神、天界天仙、三界万神，后来三清交由那经三千二百劫，始证金仙，又经亿劫，始证玉帝的玉皇大帝打理；
西方西牛贺洲为如来的势力范围，以天竺灵鹫山雷音寺为中心，住着成千上万的佛、菩萨、罗汉、金刚等等，由如来佛祖自己管辖；
南儋部洲及北方北俱芦洲亦有专人分管，从此天下太平。
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