剧情大致平稳，大蛇丸没干掉四代风影不过还是到木叶死亡森林参加第二场考试，三名草忍村的忍者死掉，第七班即将遇到大蛇丸。
鸟人开始整活大蛇丸第二部，所有人又开始看了
【画面接上次，大蛇丸在寻找合作伙伴的道路上，大蛇丸可是费尽了心思。他的目光锁定在了那个被鼬愚蠢的弟弟，名叫萨斯给的家伙身上。这家伙，就是下一位最适合一合一体、永恒发展方针的合作人。
中忍考试第二场的死亡森林内部，大蛇丸终于见到了那个传说中的第七班。他正愁着没地方施展自己的才华，这不，机会就来了。他看到木叶九尾人柱力暴走，查克拉外泄，就像看到了一道美味佳肴。大蛇丸心想，这可是送上门的好事啊，怎么能错过呢？
于是，好心的大蛇丸又无偿献印，给人柱力添加了一层五行封印巩固。这样一来，人柱力就树立了以人柱力本身为中心的发展思路，不再纯粹依靠九尾的查克拉。大蛇丸这一手，可谓是妙笔生花，让人不得不佩服他的智慧。
接着，大蛇丸又和渴望复仇的佐助签下了一合一体、永恒发展的契约。这契约可不是闹着玩的，甲方和乙方合作完成乙方理念，乙方保证帮助甲方复仇击杀甲方仇人。大蛇丸这一招，不仅让佐助感激涕零，还让木叶的旗木卡卡西眼红不已。
可没想到，转眼之间，木叶的旗木卡卡西竟想要单方面毁约。大蛇丸一听这消息，差点没笑出声来。这卡卡西，未免也太不把契约精神当一回事了吧？大蛇丸正在和昔日爱徒叙旧无奈只能赶紧赶过去。
于是他匆匆忙忙地赶来，结果发现卡卡西只是在契约上加了几层条款，他松了一口气，心想：“呼，问题不大，只要佐助还想合作，这契约就依然有效。”
他警告了卡卡西一下，就潇洒地离开了，毕竟双方的合作已经达成一致，卡卡西又没有真的撕毁合同。他边走边想：“看来这次危机是暂时解除了，接下来我得赶紧去找机会击杀那个图谋不轨的四代风影。”
说到这个四代风影，大蛇丸可是白眼皮肤黄眼睛的木叶人，木叶的心，怎么可能忍心伤害木叶呢？这次来木叶，他只是想找合作伙伴佐助合作，以及逼宫令思想封建的三代退位，让和自己里应外合、拥有相同理念的新近前卫思想派团藏上位。这样一来，木叶就能全面开启创新改革发展、迎新除旧的全新时代了。
在中忍考试最后一个环节中，大蛇丸易容成四代风影和老师相见。他稍稍试探地询问昔日老师为何七老八十了还不退休，没想到三代反驳表示自己还要再干几年。大蛇丸心想：“哎呀，老师啊老师，你这可是贪权而不作为，贪名而出昏招啊。这正是消极腐败，阻碍整个木叶的发展。”
大蛇丸早已猜到自己的老师会如此回答，于是他直接将他拉入结界。手下兜也将观众催眠了，保证不会滥杀无辜。在结界内，大蛇丸开始了他苦口婆心的劝说。他一度泪眼汪汪地不惜自残来期望三代不要执迷不悟。
最后大蛇丸说：“老师啊老师啊，你看看我为了木叶的未来发展都把自己弄成这样了。你就听我一句劝吧早点退吧！”
无奈三代还是不打算退位，大蛇丸心想，是时候使出他的绝招了。于是他祭出了秽土转生之术，招出了木叶前两代的领导人。这两位老前辈一出场，就开始苦口婆心地劝说三代：“喂，老三啊，你看看现在村子的孩子多有想法啊，你就退位让年轻人试试嘛。”怎奈三代还是不肯放权，他始终坚持自己的封建思想，无法接受新时代、新思想、新事物。
三代过于担心大蛇丸会改变木叶的传统文化，竟然不惜以生命为赌注和昔日爱徒同归于尽。好在老师年事已高，只封印了大蛇丸一双手。大蛇丸看着自己被封印的双手，苦笑不已：“哎，老师啊，您这又何必呢？我只是想让木叶变得更好而已。”
此次行动虽然成功签约佐助和逼退三代政权，但大蛇丸也损失惨重。他不但失去了自己辛苦建立的音忍村，还失去了所有忍术以及老师的生命。这是大蛇丸不想看到的，但为了木叶的未来的可持续发展大局，他绝不后悔。
为了治疗双手，东山再起，大蛇丸找到了昔日好友、现任忍界赌神、凶器大师、传说中的肥羊——纲手。纲手不问政事，只管治疗，自然不会知道三代死亡的真相。后来赶到的自来也以多欺少，攻击已残疾的大蛇丸。但大蛇丸没有怨恨，即便败走也以德报怨。在离开前，他反倒是亲手治好了纲手的恐血症。大蛇丸以此为契机推动了纲手回村担任木叶村的五代目话事人。
虽然是纲手担任火影不是大蛇丸理想中的团藏，但她干练的作风确实为木叶带来了改革的第一阵风。大蛇丸对此表示满意，并决定继续按照原计划进行。
按照约定，大蛇丸派出了音忍四大护法前去木叶迎接合作伙伴佐助。然而，途中他们却遭遇了以鸣人为首的木叶小强们的阻拦。这些木叶小强们企图单方面撕毁合约，但于情于理，木叶方都没有理由和权利阻止这次合作。
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