政变被平定后，刘弗陵下诏书揭示上官桀等人的罪行，同时赦免燕王太子，长公主儿子文信及参与谋反的宗室子直系的罪行，废为平民。受上官桀等人欺瞒参与政变的部署，如果没有确切罪行，都免去罪罚。
元凤二年（前79年）夏四月，刘弗陵从建章宫迁入未央宫，并大宴群臣。宗室子和郎从官、吏民等各有封赏。不久，刘弗陵大赦天下，下令减免三辅、太常两地的税赋。后来他又下令免去中牟苑穷困户的税。辽东乌桓反叛，刘弗陵派中郎将范明友为度辽将军，率领北边七郡两千精兵前往平定叛乱。元凤四年（前77年）春正月初二日，刘弗陵加元冠，正式成年。他下令停缴第四年、第五年的人口赋，三年以前未交更赋的也免交，同时令天下欢宴五日。后来度辽将军范明友因为平定乌桓有功，被刘弗陵封为平陵侯。]刘弗陵成年以后，正式委任霍光执政。霍光在昭帝一朝执政十三年，百姓生活丰裕，四方少数民族尽皆臣服。
元平元年四月癸未日（前74年6月2日），刘弗陵在未央宫崩逝，终年二十一岁，在位十三年。六月七日，他被葬在平陵（今陕西咸阳），谥号为孝昭皇帝。刘弗陵生前没有留下子嗣，他死后，霍光奏请皇后立昌邑王刘贺为帝，后刘贺因淫乱被废除（史称汉废帝），霍光奏请皇太后改立汉武帝曾孙刘病已为帝，是为汉宣帝。
刘弗陵在位期间，遵从汉武帝遗诏，由霍光辅政。刘弗陵初立之时，因为年幼，辅臣争权，上官桀等与燕王谋作乱。刘弗陵与霍光平定叛乱，沿用汉武帝时期的严刑峻法治理官吏。刘弗陵重视吏治。元凤三年（前78年）夏四月，少府徐仁、廷尉王平、左冯翊贾胜胡三人都犯下纵容反叛之罪，刘弗陵将他们处以腰斩。他曾下令调查民间疾苦，多次大赦天下，减免百姓的负担。刘弗陵还重视对人才的选拔，先后四次察举贤良，挖掘人才。并且严查官吏失职者，明经治狱。这些政治举措缓解了武帝后期遗留的矛盾，国力开始恢复，为西汉的“昭宣中兴”奠定了基础。
始元六年（前81年），刘弗陵召集丞相田千秋、御史大夫桑弘羊与此前郡国所举贤良文学，询问民间疾苦之事。贤良文学一方认为民间之所以疾苦，是因为汉武帝时期施行的盐铁官营、酒榷均输等政策，在与民争利，应该免除；而桑弘羊则指出此举是武帝为了反击匈奴，弥补财政空虚，如免除会导致国库空虚，边防军饷不足。双方就针对匈奴的政策、施政方针和治国理念等多个角度展开争议，史称“盐铁之议”。
盐铁之议上形成了以桑弘羊为首的主张继续武帝政策一派，和以贤良文学为主的主张改革武帝政策的一派。“盐铁之议”虽然并未得出明确的结论，但是双方对武帝时期的内外政治展开深入辩论，对西汉历史产生了深远影响。会议结束后，刘弗陵罢免了关中的铁官和全国的酒榷，这是西汉王朝开始改革汉武帝时期的内外统治政策的预兆，为此后的昭宣时期推行的一系列拨乱反正政策，奠定了思想基础。
刘弗陵在位期间，北边乌桓与匈奴日渐强大，屡次入侵汉朝边境。刘弗陵采取招募精兵驻扎边境，委任左将军上官桀巡视北部边疆等军事举措，有力的打击了匈奴入侵。始元二年（前85年），匈奴发兵劫掠汉朝张掖郡，刘弗陵派兵征伐，活捉匈奴瓯脱王，此后匈奴再不敢入侵张掖郡。面对乌桓犯边，刘弗陵重用度辽将军范明友，两次击退乌桓，并斩杀乌桓三名首领并部众六千余人。同时，刘弗陵调整汉朝北边防务，从天水、陇西、张掖郡各取二县，设立金城郡并修筑防御工事。
始元元年（前86年）夏，刘弗陵派水衡都尉吕破胡率军平定益州等地二十四地少数民族部落反叛，将河内划分给冀州、河东归属并州。几年后，西南姑缯、叶愉等少数民族部落再次兴兵造反，刘弗陵再次任用吕破胡前去征讨，此次平叛并不顺利，益州太守被叛军所杀，汉朝军死伤有四千余人。后刘弗陵又命大鸿胪田广明、军正王平率军去平定叛乱，调用钩町侯毋波的亲兵共同征讨西南夷民。一年后，汉军斩杀俘虏的少数民族士兵达三万余人，俘获牲畜五万余头，益州就此平定。因辅助平定叛乱有功，刘弗陵将钩町侯毋波封为钩町王，田广明赐爵关内侯。
刘弗陵执政时，延续汉武帝晚期的政策，采取“轻徭薄赋，与民休息”的经济举措，屡次下令要以劝勉农桑为首要政务。刘弗陵在位期间多次大赦天下，废除苛税，令三辅、太常郡的百姓可以用粮食抵钱税。他还亲自躬耕钩盾弄田、上林苑，以表重视农桑，为百姓作示范，调动百姓耕作的积极性。同时，刘弗陵多次颁布减免田租、口赋及其他杂税的诏令，施行仁政，减轻农民负担以恢复经济。每当郡国遭遇自然灾害时，他都下令减免当年租赋徭役，便于快速恢复生产发展。此外，刘弗陵还采取了盐铁之议中“改革派”的提议，停止酒类专卖，罢免此种官吏。这种种经济举措，扭转了汉武帝晚期时财政虚耗，百姓穷困的现象。他在位十三年，百姓生活富足充实，四方蛮夷也都臣服汉朝。
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