崇祯九年，白莲教起义军在洪承畴，孙传庭的联合镇压之下，最终被压缩到东昌府一隅之地。仍旧负隅顽抗的首领于弘志遭到手下背刺，走上了和徐鸿儒一样的道路，死于亲信之手。随后东昌府城门大开，起义军向洪承畴投降。
然而洪承畴并未接受起义军的投降，而是在进入东昌府后挥军屠城。全城近十万白莲教众被屠杀殆尽，其心之狠，手段之辣可见一斑。然而事后洪承畴却开心不起来，曾私下抱怨说：
“他杀了那么多人，为啥屠夫的称号不是他而是孙传庭…”
孙传庭也开心不起来，曾私下抱怨说：
“洪承畴杀了那么多人，为啥屠夫的称号不是他而是自己…”
…
随着时间的推移，在朱由检的铁血手段之下，山西，河南，山东，顺天，淮扬等地相继完成摊丁入亩，新政终于成功，开始全境推广高产粮种。
同年五月，朱由检下发诏令，宣布取消辽饷，百姓无不欢呼雀跃，高呼万岁。
而相对于外面的一片欢呼之声，此时袁府之中则是满园缟素，呜咽声一片。礼部的人已经来了，就等着袁可立咽气他们就开工。
说来也惨，现在的礼部，不但成了清的不能再清的清水衙门，地位也是一落千丈，婚丧嫁娶，迎来送往成了礼部官员的主要工作。这几年下来，以梁廷栋为首的礼部官员做的都是殡葬一条龙服务，不过好在他们服务的对象都是大户人家，事后多少会塞一点红包给他们，总算是让礼部一众人有了点心里安慰…
房间之内，袁枢身着孝服，跪在袁可立床前，低声呜咽：
“爹啊…您再坚持一下，陛下他马上就到了。”
袁可立满脸皱纹，行将就木，看着跪在床前的袁枢，呢喃道：
“人都有这么一天，爹恐怕是等不到陛下了…”
袁可立膝行几步，眼泪不争气的流了下来，说道：
“爹啊，您别这么说，人定胜天，您一定能坚持住的…”
然而，此时的袁可立，已然来到了生命尽头。只见袁可立脸色逐渐变的红润起来，人仿佛又有了力气，坐了起来说道：
“儿啊，爹到时候了。爹死后，袁家门楣就要靠你撑起来了，望你能侍候好你母亲，善待妻儿仆役…陛下乃是中兴之主，你要忠心辅佐他…”
袁可立此时就像一个唠叨的长舌妇，不断地安排着家中琐事，场中众人心知这是老爷子回光返照了，一个个都拼命的点头，却不敢出声打扰。忽然，就见袁可立遥望辽东方向叹息道：
“鞑虏未灭，半道崩殂，于心不甘啊…不甘啊…”
说到这里，声音戛然而止，只见其双眼圆睁，仍旧遥望北方。崇祯九年五月，军部大都督，上柱国，帝师袁可立卒。
朱由检紧赶慢赶，还是没有见到袁可立最后一面。到达袁府的时候，整个袁府哭声一片，礼部的人已经将老爷子入了棺，设了灵堂。朱由检见状扶棺痛哭，悲痛欲绝。
袁可立的身后事与徐光启一样，朱由检执弟子礼为其送葬，在英烈祠外塑袁可立像，树碑立传，随后入英烈祠，配享太庙，并在袁府前街衢之中修东西过街二石坊，左曰“三世司马”，右曰“国之柱石”。
后来，大明逐渐流传出一句话，文不过徐，武不过袁。由此可见，袁可立，徐光启在文武官之中的地位之崇高。
随后，朱由检按照袁可立遗愿，晋升李信为军部首席大都督，掌军部事，上柱国秦良玉辅之。晋升赵率教为昭武将军，孙传庭为建威将军，张晓为龙虎将军，郑芝龙为定国将军，孙国祯为昭勇将军，满桂为昭毅将军，至此，朱由检彻底将军部三品以上武职补全，其余职位皆按军功由各军之中提拔补足。
至于成国公，朱由检则在系统之外给他另外起了一个名号安置，名为奋威将军（无品级），就让他在陕西慢慢玩去。
崇祯九年十月，军部调洪承畴率部入河南，协同马祥麟，张世泽，唐王三部镇压河南，到崇祯十年三月，河南全境实现摊丁入亩，随后朱由检于各地皇庄学院抽调精干力量入豫，全力推行新政，推广高产粮种。
至七月秋收，虽然这一时期受到小冰河时期的影响，粮食受到不同程度的减产，但由于工部大力进行基础设施建设，翻修水利，疏通河道等，山西，山东，蓟州，顺天，河南，淮扬比之从前还是获得了相对意义上的“丰收”，台湾由于刚刚开发不久，更是年年获得丰收。大明北方第一次获得了真正意义上的粮食自给自足…
另一方面，由于工商业和海贸的兴起，北方商业逐渐兴盛，大沽口成为了北方第一大贸易港口，商旅往来不绝。
工部尚书范景文在朱由检的修路指标压迫之下，无奈求到了新晋内阁大学士宋应星那里。宋应星将收录在《天工开物》中的三合土的制作方法拿了出来，（灰一分入河砂，黄土二分，用糯米、羊桃藤汁和匀）并研究改善，制作出了功能更强大的糯米灰浆作为粘合剂，仍旧称三合土。
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