艾雅强行逆转方舟的航线，却发现自己陷入了一个时间循环。每次接近神秘存在，时间就会倒流回出发前的瞬间。在反复的循环中，她逐渐发现了规律：只有当她的信念之力与某个特定的文明频率产生共鸣时，才能突破循环。而这个频率，来自一个早已灭绝的远古文明——他们曾与熵魇正面交锋。
可能性之灵在与负面可能性怪物的战斗中，意外激活了概率罗盘的隐藏功能。罗盘投射出的不再是未来，而是过去：他看到观测者文明的科学家们在实验室里，将无数文明的绝望情绪注入一个巨大的容器，而那个容器，正是熵魇的胚胎。
混沌净化军团的旗舰炸弹爆炸的瞬间，银色液体中的大脑发出了响彻宇宙的尖啸。军团长在最后的意识中，看到大脑内部浮现出一幅星图，标记着十二个闪烁红光的位置——正是原初守望者十二神器的所在之处。
林深在冰封世界找到了第二件法则神器"时之沙漏"，当他握住沙漏的瞬间，停滞的时间开始流动。但随之而来的，是无数来自不同时间线的敌人：有未来的他被熵魇控制后的模样，有过去观测者文明的精锐部队，甚至还有来自平行宇宙的邪恶版反抗者联盟。
就在众人各自为战之时，神秘存在与秩序仲裁者的战斗达到了高潮。二者的能量碰撞产生的冲击波，使得熵魇的封印出现了致命的裂痕。从裂缝中溢出的黑暗能量所到之处，所有的法则都在失效：光不再直线传播，时间开始随机倒流或加速，物质与能量的界限变得模糊。
在混乱的核心，林深突然感受到一股强大的意志在呼唤他。当他看向熵魇封印的方向时，看到了一个模糊的面孔在黑暗中若隐若现——那是一个与他有七分相似的面容，正带着扭曲的笑容，向他伸出手："来吧，容器，是时候完成你的使命了......"而在宇宙的另一个角落，那颗黑色种子已经完全成熟，它轻轻抖动，释放出的孢子瞬间感染了三个星系，所到之处，一切都开始向着未知的形态变异。更远处的维度中，那些注视着一切的存在们，终于露出了期待已久的笑容......
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