但是朱聿键可悲在他没有一只完全听命于自己的军队，当时福建所有军队都是郑家的，湖广江西的明军都听何腾蛟的，朱聿键很多命令到他们手上都变成一纸空文，这样还想中兴大明？实在可笑。
在七月份浙东被清军攻克，鲁王政权灭亡，鲁王朱以海不知所终，当消息传到福州的时候朱聿键第一时间找到郑芝龙，让他带兵北上抗清。可是郑芝龙害怕自己的实力受损失，竟然放弃闽浙咽喉仙霞关，带领军队逃回自己的老巢安平。这个时候满清已经看到南明各支军队没有什么抵抗意志，在洪承畴的建议下，派出了多路劝降使节，分别赶往湖广、江西、福建，准备和平解决南明各势力。
派到福建的是招抚福建御史黄熙胤，算是郑芝龙的老乡。唐王朱聿键已经发现郑芝龙不听使唤，知道再留在福州不安全，带领一些心腹文人连夜逃往延平。
郑芝龙发现皇帝跑了更加坚定他投降满清的决心，在自己儿子郑森苦劝无果下，郑芝龙只带了十几个人北上仙霞关，投降了满清，在十二年后，郑芝龙及其子孙家眷十一人被清廷杀于北京菜市口，郑氏在北京老少无遗。
唐王朱聿键逃到延平后，给各省下诏书调兵来勤王，可是现在湖广和江西都在和满清打仗，四川和云贵在张献忠手上，广东朱宏三那能听他的，广西的丁魁楚也阳奉阴违，各方势力那有功夫管这个空架子皇帝。
看到外无援兵内无粮草，大学士黄道周毅然站出来要变卖家产募兵北上抗清。可是黄道周一个书生，那里懂什么军事，黄道周弄了几千人马，九月十九日北上仙霞关，与清兵抗击。十月初一抵达广信，募得三个月兵粮，分兵三路，向清兵发起进攻（几千人马还要分三路，书生果然不会打仗），一路向西攻抚州，另两路北上分攻婺源、休宁，不久三路皆败。十月六日，黄道周率队向婺源出发，至童家坊，得知乐平已陷，二十四日，抵明堂里时遇伏，参将高万容逃队，于是全军崩溃。黄道周被徽州守将张天禄俘获，送至南京。
黄道周再囚车里想起来当年自己的学生陈子龙和自己说过，楚王朱宏三有大才，应该是中兴之主，南京城破的时候陈子龙来找过黄道周，让他也一起去投楚王。但是黄道周当时哪看得上那个破落奉国中尉，拒绝了陈子龙的提议。
想到这里黄道周心中说道：“人中，天下崩坏如此，希望你说的那个朱宏三真是中兴之主！”
黄道周到了南京后，清廷派使洪承畴劝降，黄道周写下这样一副对联：“史笔流芳，虽未成功终可法；洪恩浩『荡』，不能报国反成仇。”将史可法与洪承畴对比。洪承畴又羞又愧，上疏请求免道周死刑，清廷不准。转过年去，黄道周在南京就义，其门人蔡春落、赖继谨、赵士超和『毛』玉洁同日被杀，人称“黄门四君子”。
十月二十八日，前面黄道周失败的消息传到延平，朱聿键立刻逃出延平，到汀州城外时被清军追上，他带着曾皇后和忠诚伯周之藩等躲入关帝庙。清兵在门前厉声呼喝：“朱聿键出来。”忽然，一个人手持钢刀跳出庙门，高喝“我就是隆武帝也”，挥刀杀向清兵，清兵急忙发『乱』箭将他『射』死，原来此人是周之藩，他舍身想掩护朱聿键脱险。清兵也怀疑他不是隆武帝，进庙搜查，只见后门洞开，庙内空无一人，知朱聿键和曾皇后已从后门逃入汀州城内。清军前锋统领努山命令几百个兵士穿上明军服装，打着明军旗号，直奔城门。汀州守军以为是败退下来的明军，让清军一拥而入，俘获了朱聿键和曾皇后，并将他俩分别押入轿子送往福州。到闽江支流九溪边停下休息时，曾皇后猛然窜出轿子，哭喊一声，陛下宜殉国，妾先去了，纵身跳崖身死。朱聿键也几次想自尽，都因清兵的严密监守而未成，于是绝食而死在福州囚处。福州陷落后，阳曲王朱敏渡、松滋王朱演汉、翼城王朱弘橺、奉新王朱常涟遇害。
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