在火影世界中，查克拉是一种神秘的力量，具有增强肉体功能、释放忍术等多种功能。对于普通忍者来说，查克拉是上天赐予的强大力量，而对于那些了解“神话时代”信息的有心人来说，查克拉则是“卯之女神”从遥远的外太空带来的“礼物”。
追溯查克拉的起源，都可以追溯到上古时期，也就是六道仙人大筒木羽衣的时候，对上帝视角的穿越者来说。大筒木辉夜与大筒木一式被派遣到忍界种植神树，大筒木辉夜不想成为神树的活祭品，于是偷袭了大筒木一式并最终获胜。随后，大筒木辉夜将身受重伤的大筒木一式献祭给十尾，并吞食了神树果实，从而获得了强大的查克拉。
大筒木辉夜生下了长子大筒木羽衣和次子大筒木羽村。在她准备抵抗大筒木可能随时派遣过来的追兵时，却被自己的两个儿子成功背叛，查克拉也被大筒木羽衣分配给了自己创建的忍宗众人，也就是后续能够使用各类忍术的忍界忍者。
然而，这其中有一个非常严重的问题被所有人忽略了：在大筒木辉夜来到忍界之前，这个星球上是否就已经存在查克拉？忍界的查克拉是否因为大筒木辉夜的到来才与自然能量有所关联？实际上，忍界只是大筒木一族众多植树目标之一，查克拉的起源自然是到那不知在何处的大筒木一族。
尽管现在的忍者收到了这份“礼物”，甚至能够自行合成出查克拉这种本不应该存在于世界的东西。但如迈特戴、陈老师的弟子和洛克李这样的忍者可以证明，查克拉并没有完全取代星球的自然之力。
区别之处，在于，大筒木一族以神树科技为自己一族，专门创造了查克拉，本身就像带了主人的指纹锁、智能科技，并不是所谓的普通人的修行体系。要不是忍界这里出了一点“小意外”，导致了查克拉作为礼物被“分享”给整个忍界。大筒木本应该将整个星球的自然能量，用神树全部榨取成查克拉，然而在吞噬了一半的大筒木一式后虽然依旧凝聚出了一枚查克拉果实，但却并没有能够将这个世界的所有自然能量彻底抽干。因此，所谓的查克拉其实已经实锤了，是神树汲取自然能量转化而来的东西，连破星都没有，用吞噬星空说根本算不得恒星级、行星级，最多就是个地表级玩意儿。
这个故事告诉秦幸博，查克拉是神树转化自然的过程，但它并非是绝对主宰。忍者世界中的查克拉只是世界、星球的一部分，其他自然能量如身体能量和精神能量同样值得尊重和发掘，应该学会利用和掌控自然能量，不能忽视自然能量的价值。
查克拉的秘密其实秦幸博很清楚，外星人的智能科技罢了，只不过加工程度还不清楚，不过从后来忍者的纳米研究、重粒子看，查克拉恐怕更深入微观，有可能是皮米或者亚原子又或者一种以量子为核心制作的人造能量加工打印机。也许是通过量子、亚原子，把自然能量感染、加工成查克拉的。
总的来说，查克拉虽然现在是忍界不可或缺的一部分，但绝不是全部。特别是秦幸博想要离开忍界的最终目标的话，就更应该做好必要的器具，去研究自然能量，努力发掘各种查克拉的微观、宏观结构，以实现真正的探查到大筒木科技的核心科技，以图可以仿制山寨后，研发自己的核心人造能量加工器，在这个过程中，首先就面临忍界还没有进化的研究器具，科研器具的缺陷，只能通过不断地尝试和嘛索，才能找到问题的答案。
所以现在忍界人类与原本的自然能量下人类的存在，有某种本质上面的不同，或者说缺少了查克拉融入的过程。
也就是阴遁、阳遁何时代表了精神与身体？”
“毕竟对现在的忍者来说，如果查克拉消耗过大，又不通过外界方式来补偿，整个人都有性命之危。
身体能量和精神能量本质上也是自然之力，正如没有查克拉之前，人类是被包含进自然的。所谓查克拉，其实就是对自然能量的加工和利用。查克拉的融入，神树的植入或者说曾经忍界古人类被白绝化。
哪怕减少查克拉或没有查克拉，强大的身体确实有助于支撑强大的精神，但强大的精神并不一定总能支撑起强大的身体。然而，这并不意味着精神无法对身体产生影响。事实上，精神可以通过多种方式对身体产生正面或负面的影响。
就我所知穿越前，心理上一些问题确实会促使生理上激素发生变化，生理上面的变化也会导致心理上，就如精神病与神经病，生理与心理，况且穿越后这具孩童的激素，总会让他有冲动、蹦蹦跳跳的感觉。
而且查克拉是无法储存的，几乎随取随用只有少数可以做到存储，从雷影们的雷遁查克拉模式对肉体的反馈，可以看出来查克拉的阴遁、阳遁实际上就是把精神和身体加工了，真像是穿越前看过的魔教功法，自己把自己炼成什么东西。
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