他曾召李定国会师，但在刘文秀之子刘震的提醒下李定国并未会师（有人说孙可望要除掉李定国），其中未必是要除掉他（这件事很复杂说不清楚），但战后将北伐失败的原因全部归咎于李定国，最终导致二人关系不可挽回，也彻底失去了一员极为优秀的将领和一支经验丰富的军队。
对刘文秀，先借助保宁之败彻底剥夺他的兵权，也导致后续岔路口之战缺了一员参谋，后续不得不起复刘文秀，但两人之间的信任已荡然无存。
同时，他和原明朝官吏的关系也彻底恶化，尤其是迎接永历到安龙后，这位天下各拥明势力公认的正牌天子，本该发挥出如历史上曹操“挟天子以令诸侯”的作用，然而由于封秦王风波等原因，以及迷信”二龙不相见“等谚语，他既不愿意给与永历名义上的尊崇，又不想完全接到贵阳彻底控制，结果就是永历本人本是随遇而安的性格，他当傀儡早已习惯，却为了求生不断联络各势力发衣带诏。
汉家当然不一定要姓朱的当皇帝，但在当年那个环境下，明朝或者说永历朝廷是各路反清势力的最大公约数。孙连大西军内部都整合不了，却要搞掉永历这个旗帜，失败是必然的。
孙可望称帝不仅是李定国和刘文秀不服，被孙可望收编的马进忠、马宝等旧南明军不服，被文安之控制的夔东军、东南郑家更不会服，真以为当时明朝无人了吗？
到了此时，清醒的人或许能够放弃幻想，脚踏实地，期待转机，但很遗憾，感觉被所有人背叛、所有人都想让他死的孙可望，还是走向了那条疯魔的道路。
不再保持冷静，只靠玩弄不入流的政治手腕，制造祥瑞、劝进，乃至大肆封赏部下伺机夺权，孙可望最后还是走向那条众叛亲离的道路。
也正是此时，在广东屡败屡战，两蹶名王的英雄李定国率师迎驾后，人心向背可想而知。
可即使如此，他依然未尝没有东山再起的机会，永历等人也不愿在清军强敌环绕之际再打内战，还是希望哪怕暂时维持和谐也好，为此还做了不少修复关系的举动，包括放走孙可望家眷等，面对这种示好，孙可望的选择是悍然发动内战，然后被反杀……
诚然，如顾诚所言，内战由于孙军快速崩溃，并未造成极为严重的军事后果，但其在政治上的影响却极为恶劣。孙可望发起内战及出逃，向清廷清晰传达了明朝内部不稳，政治混乱的信号，这一局势下，不仅丧失信心的洪承畴重新精神抖擞，在汉中观望形势，几度拒绝攻打四川的吴三桂也力主出兵。明朝基本没什么喘息时间就赢来了清军主力的围攻，不仅如此，在内政上由于孙可望长期执掌中央政权，其旧部依然遍布整个永历政权，指望李定国能在短期内理顺朝局本就不现实，面对孙可望背靠清廷的招降草木皆兵、举措失当也是可以预见的。孙可望本人虽未前往战场，但将部分亲信派往军中作向导，后续战争中清军几乎轻易绕开了明军布防的不少天险很难说与此没有关系。
到了这个地步，已经无话可说。无论是英雄、枭雄还是奸雄，只要有一个“雄”字，就要有自己的底线。晋安之乱时，面对卢循十万大军，刘裕手上不过五千余人，众将纷纷劝他避其锋芒，而刘裕之后的话，则为“雄”到底该是什么样，做了充分的注解：“今兵士虽少，自足以一战。若其克济，则臣主同休；苟厄运必至，我当以死卫社稷，横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能远窜于草间求活也。”不成功便成仁！
同样，这段话也可以留给历史上的李自成，远窜于草间求活，是求不来活的，李自成的人生结局，就成了被农民打死的可笑，甚至不如轰轰烈烈死在抗清的战场上。
所以刘裕成了宋武帝，孙可望成了所谓的“义王”，说出“今为李定国辱孤至此，孤不惜此数茎头毛，行当投清师以报不世之仇耳”，他最后的历史作用，就是证明李定国的正确，证明他确实不是开国之君这个料，证明“可望之肉足可食乎”。
卿本佳人，奈何为贼！
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