此时，胥门义军发起攻击，因为清军只部署了少量兵力，很快鲁之玙率领的义军先锋攻占了胥门城楼，由于轻敌，义军进城后便遭到埋伏的清军重兵包围。陈子龙、鲁之玙的义军虽有千人之众，但军饷不足，且多数是渔民，又是临时组建的，没有经历巷战的训练，面对气焰嚣张的满清八旗精锐，死伤惨重，四散溃败。黄蜚、吴志葵率领的水师，听说先锋队已被清军围歼消灭，便犹豫不前，准备登舟撤退。夏允彝父子泪流满面，遍拜各支义军将士，才勉强发兵救援，但终因军纪松散，士气低落，不堪一击，四散溃败。
陈子龙、沈犹龙率领残部拼命突出重围，向盘门方向撤退。天赐、罗成和顾炎武他们闻讯后，立即率领义军赶往胥门救援，拼命掩护从胥门溃败的残部撤退。清军见有一支义军前来支援，还有水师炮击，掩护撤退，也就没有再穷追猛打。黄蜚不听陈子龙的劝阻，将二万水师移营黄浦江，因沿途水道狭窄，单行延绵数十里，不利回转，首尾无法呼应，勉强支撑两个月，就被清军各个击破，溃败逃遁。
陈子龙残部退守松江县城，英勇抗敌，遭遇满清八旗军的激烈围攻。七月十日，终因敌我力量悬殊，又无外援，南门和东门先后被清军攻破，守城门的将士宁死不降，二万人被清军残酷屠杀，沈犹龙等将士皆阵亡。陈子龙、夏允彝和夏完淳分别率领残部，在城西浴血奋战，突出重围。
再说义军攻打苏州失败后，天赐、罗成、罗山伯率领舰队和顾炎武、归庄、吴其沆他们的义军残部从苏州撤退到昆山，与原昆山县令杨永言的旧部一起守城拒敌。天赐建议道：“我和顾炎武带领部分舰队和义军前往常熟守城抗敌。这样昆山和和常熟成犄角之势，可以相互救援。”清军从苏州、松江调动八旗精锐首先围攻昆山，并切断了常熟与昆山水陆联系。因为敌众我寡，又没有外援，没几天，昆山失守。城破后，清军大肆屠杀，死难者多达四万余人。顾炎武的挚友吴其沆战死，顾炎武的两个弟弟被杀，生母何氏右臂被砍断。
九天后，常熟也相继陷落，天赐和罗成、罗山伯率领义勇军舰队残部撤退到长江吴淞口的芦苇荡里隐藏蛰伏，等待时机再战。顾炎武潜往在常熟语濂径的秘密住所，见到他的嗣母因为常熟沦陷，山河破碎，绝食十五天而殉国。她临终嘱咐炎武：“汝无为异国臣子，无负世世国恩，无忘先祖遗训，则吾可以瞑目于地下。”炎武悲痛欲绝，谨记嗣母遗训，安葬了嗣母的遗体后在家守孝。天赐和罗成找到顾炎武的秘密住所，商议今后如何坚持抗清复明的斗争。顾炎武对天赐说：“唐王在福州称帝，年号隆武，经大学士路振飞推荐，隆武帝遥授我为兵部职方司主事。他们派使者前来催我前往福州，现在嗣母绝食殉国，我也难以赴任，只能梦在行朝执戟班了。”
天赐和罗成率义勇军舰队残部退回太湖湖心秘密据点，同谷宪政、罗山伯和留守的弟兄一起，暂且蛰伏小岛。他们并不因为暂时的失败而气馁，决心学习越王勾践精神，十年卧薪尝胆，积聚力量，作长期的抗清复明斗争的准备。
坏消息不断传来，清军调集了二十四万八旗精锐围攻江阴城，江阴全城动员，与凶残的八旗兵激战，典史陈遇明和主将邵康公固守江阴城，都司周瑞龙率水师御敌于长江口，成犄角之势。周瑞龙的水师在江边激战失利，败退而去，清军直逼江阴城下，邵康公的左翼守军几次溃败，陈遇明右翼守军伤亡严重，后来阎应元陆续调集几支援兵入城，军民继续坚持浴血奋战。江阴军民苦战八十一天，清军死伤惨重，被击毙三王十八将，以及士卒七万五千多人。江阴军民终因粮尽粮绝，清兵从祥符寺后门攻入城中，城破后男女老幼无一人投降。
疯狂的满清八旗攻城首领下令屠城：“满城杀尽，然后封刀”，清军在江阴城内大屠杀三天，杀戮城内男妇老小共十七万二千多人，幸免者仅老小五十三人，城内尸横遍地，血流成河，淹没足胫，真是惨绝人寰。
嘉定百姓在侯峒曾和黄淳耀的带领下，组织城防民兵，前后三次举起义旗抗清。他们占领城楼，拒不投降，参加战斗的百姓前后共十八万人，男女老少前仆后继，抗清战斗一浪接着一浪。七月初四五更，大雨如注，嘉定城上军民露天战斗三昼夜，两眼红肿，遍体鳞伤，饮食断绝，领队的将领侯峒曾、黄淳耀也杖剑挺立雨中，已经坚守两月的军民皆疲惫不堪，但仍然坚持不懈。清军用大炮轰城，墙垣坍塌，清军接着用云梯登城，以冲车上缺口，涌进城内。嘉定城中上自地方士绅，下至黎民百姓，无一人投降，皆不幸惨遭清军杀戮，鲜血淋漓，尸横遍地，三次屠城，总共牺牲二万多人。清兵见大家闺秀和民间有姿色的女子都活生生的将其俘掳，在光天化日之下强奸淫乐，不从者将其双手钉于板上，强逼着奸淫之，有不堪强暴者，惨死无数。清军将掠夺来的财物美妇，用无数大船装载，运往北方老窝，连岸上行走的骆驼和车子也满载着玉帛美女，满清贵族还得意洋洋的吹着胡笳。仅大汉奸、原明朝徐州总兵李成栋一人，就用了三百只大船才运走他从江南苏杭一带抢劫来的金银珠宝、绸缎美女。真是一幅亡国后的悲惨图景，腥风血雨，欲哭无泪，史称“嘉定三屠”。
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