弗格森在球队中遇到的第一个困难，就是来自更衣室的抵制。
他与球员们的相处一开始并不融洽，中后卫威利-米勒作为队长，对新主帅颇多疑虑，在弗格森的队内第一次演讲时就发出了反对声音。
弗格森的演讲主要是激励球员争取成功，向冠军冲刺，但他将圣米伦的球员作为模板，处处都认为圣米伦的东西比阿伯丁更加好，还要求阿伯丁球员无条件听从，不能有任何意见，这些言论显然激怒了米勒。
米勒说：“弗格森刚到阿伯丁的时候显得很鲁莽，不知道哪里来的自信。他提到了很多在圣米伦执教的往事，意思是想继续用那一套。我并不同意这些，我不希望别人拿什么乱七八糟的球队或者球员来和我们比较。老实说他在圣米伦也没有做得多好。这对于我们来说是不合适的，这不是我们的传统。”
弗格森遭遇了当面顶撞，他只能忍了下来。
弗格森深知这时候不能与资深队长闹翻，而且事后阿伯丁董事会主席和他进行了沟通，也让他知道米勒的质疑是有一定的道理。
圣米伦不是阿伯丁，甚至圣米伦远远不如阿伯丁，这个事情上他自己过于冲动了。
弗格森遭遇的第二个挑战，是战术风格问题。弗格森希望球队改踢攻势足球，换掉球队之前的保守打法。他坚持认为球队低位防守，过度收缩的防守反击战术在漫长的联赛争夺中没有主动权，决定把球队改造为防线前提，积极进攻的战术风格。
阿伯丁新锐队之前拥有联赛最好的防守数据，但弗格森的改变带来严重冲击。速度不快的中后卫威利-米勒和威利-加尔纳受到的影响非常大，整个球队的中场球员，甚至包括两个边路都要进行大改动。
后卫之外，首当其冲的就是前锋乔-哈珀。
这位阿伯丁新锐队史最佳射手在球迷中有着“国王乔伊”的美誉，进球能力不错，身体强壮，但弗格森对他酗酒的问题难以容忍，也不满意他的跑动与站位——他几乎不怎么回撤防守。弗格森对待不符合自己理念的球员，从来都是不留情面，更何况哈珀还有拒绝训练和酒后驾车的恶劣记录。
哈珀就这样上了弗格森的“黑名单”，开始被冷处理。
至于后防核心米勒，弗格森是另外一套做法。
他接受了队长的顶撞，这也让对方刮目相看。弗格森后来频频找这位队长谈心，帮助他打开思路，认识到全队在攻防中的节奏和空间问题，扭转了他对球队打法的认识。
米勒很快就有了改变，他在更衣室的影响力更是帮助了弗格森推进打法的改革，取得了很好的效果。
弗格森致力于年轻球员的发掘培养，给球队注入青春与锐气。阿伯丁新锐队的青训体系在当时已经运作良好，像威利-米勒、阿列克斯-麦克利什、约翰-麦克马斯特、道格-拉格维已经从梯队里脱颖而出，但弗格森认为还不够。他强化了球队的球探体系，将目光瞄向了全国各地。为了与豪强分庭抗礼，弗格森特地在格拉斯哥建立一所卫星足球学院，自然也有向“老帮派”示威的意味。
弗格森和首席球探博比-卡尔德密切合作，大力发掘和重用了尼埃尔-库珀、尼尔-辛普森、埃里克-布莱克、约翰-休伊特、道吉-贝尔、布莱恩-甘等优秀的年轻球员。
弗格森对球队的改造措施看上去十分激进，而且整个阵容和体系都彻底变化。
弗格森的改革到底行不行？
球队整体的改变非常困难，球员们对他一些非常严苛的细节要求非常反感，也不是很愿意付出极大的消耗去力拼一场胜利。阿伯丁新锐队里面一些球员已经是苏格兰国脚，比如前锋哈珀、后卫斯图尔特-肯尼迪、门将博比-克拉克和后防领袖威利-米勒，还有一些球员已经名声鹊起，比如戈登-斯特拉坎、阿列克斯-麦克利什以及斯蒂夫-阿奇巴尔德，他们深得球迷热爱，但并不完全同意弗格森的急攻冒进。
激进战术，严格训练，阵容年轻化……一切都在艰难地磨合。
弗格森的理念与球员的思想在激烈碰撞，让球队变得不太稳定。尽管阿伯丁新锐队在978-79赛季的开局颇为顺利，前5轮3胜2平不败，但弗格森在第6轮遭遇了赛季首败，随后很快又迎来一波三连败，球队稳固的防守完全失去了踪影，主帅自然备受责难。
一波难以接受的三连败之后，弗格森罕见地召集球员在球场上开会。
这是一次不同寻常的会议，弗格森希望球员们大胆说出自己的意见，公开表达不满。
会议一开始就很开放，讨论变得很激烈。一些球员们希望回到之前的踢球方式，但有更多的球员认为应该坚持现在的激进打法。
队长米勒提出，“球队不能仅仅依赖年轻球员，出场比赛的球员必须要老幼结合，保持平衡，在危险的时刻必须依赖老队员的经验。”
弗格森采纳了这个建议。
队长米勒与弗格森的矛盾多多，公开的冲突也不止一次。但随着球队逐渐适应弗格森的战术要求，两人也逐渐建立起信任。米勒开始接受弗格森坚持的风格改变，他的防守不再小心翼翼，而是积极出击，因此提升了职业生涯的成就，成为苏格兰历史上最杰出的球员之一，他后来对此充满感激。
新星斯特拉坎提出，球队需要在由攻转守时减少失误，减少那种漫无目的的长距离传球，增加更多的前场穿插跑动的战术套路，打出更多的小组配合推进。
这一番话令弗格森刮目相看，也得到了整个球队的认可。
更多的建议和意见纷纷被球员们提了出来，之前三连败过程中的一些问题也成为了球员之间激烈讨论的话题。正是通过了这一次开诚布公的讨论会，弗格森统一了全队的思想，放下了包袱，坚定了打法，也吸收了球员们的宝贵建议，重新开始新的征途。
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