数月后朝中传来消息：皇上驾崩，新君朱由检继位。他根本不将皇兄遗训放在眼里,“忠贤恪谨忠贞，可计大事”。在东林党撺掇下他迅速拿下九千岁魏忠贤，将他赐死。朝中一片圣明之声，无数阉党自知时日不多哀鸿遍野。
崇祯帝并不知道他在不久的将来会被东林党撺掇着向北方农民收重税，搞得饥民遍地纷纷举旗造反。他在头疼无比之时，身边太监提醒道：“忠贤若在，事必不至此。”崇祯帝这才想起皇兄遗言，懊悔之极，专门派人将魏忠贤遗骨寻回，厚葬于京西碧云寺，以此给魏公公平反。
毛文龙受世俗影响，一向同魏公公不对付，大喜对左右道：“我早就说不要把魏忠贤那狗东西放在眼里，咱们该干吗干吗。现在如何？阉党的狗贼们正在被新君清算，当年不可一世的家伙们不但官位没了，家产没收，自己人头落地，子孙为奴，大小老婆亲干闺女都要得用皮肉赎罪，典型的家破人亡。咱们皮岛跟魏忠贤毫无干系，株连的再厉害也株不到皮岛来。”
很快噩耗传来：
毛文龙因为与东林党不睦，得到过阉党人士提拔，被东林党按到阉党的黑名单上。特别是曾有一个被毛文龙断了走私通道的东林党高官进谏先皇，要求撤销东江镇，另一个有远见的阉党党员力挺毛文龙，将那官员驳倒治罪，整死在大牢中。如今东林党得势准备反攻倒算。
东林党党魁钱龙锡召见袁崇焕问他屠龙手段。
袁崇焕道：“入其军，斩其帅。”
钱龙锡曰:“大善。”
毛文龙不知道袁崇焕要来杀他，但他知道人正也怕影子斜，朝中无人难当官。对左右道：“我赶紧上书效忠，赶紧辩解，不能让党争牵涉到皮岛，影响汉满大决战。”
崇祯元年三月毛文龙上书说：
“臣实为受国厚恩，不忍卸担，自矢戮力，以完辽事。观今三月将尽，粮未来一粒，饷未到一分，啼号疾病，白骨满沟，而朝中哓哓污臣者不止，臣亦何苦恋此绝岛，而招人污蔑之毁也。
在崇祯元年五月的奏疏中说
“辽人素无定性，奴一旦以计来诱，臣解衣推食而招抚之众，忍令其兽奔鸟散也耶？夫至于溃散，料言者必定更加臣一番罪案（真个料事如神）！
崇祯二年四月的塘报中，毛文龙又说
“切思卑职九年以来，夷情战守，屡屡无言不尽，无言不恳，部案可查，奈何庙堂□之空言，毫不相关，致令清军填壑，逆虏猖獗。职之死战死守，必尽厥职，唯恐东江破，属国叛，而逆虏长驱，封疆岂忍言哉””
这都是沥血擦泪之语，然而在一些明朝官员，尤其是袁崇焕看来，毛文龙是在危言耸听夸大自己的作用。
毛文龙将上次游击所得牛羊马匹变卖到中原，再加上做生意获得一些利润，东江镇练兵数月开始恢复元气，游击队再次活跃起来。
皇太极继位至今不到两年，后金先在朝鲜败于东江镇折兵二三万，后在宁锦无功而返折兵近万，实力大损（后金兵力总共十万出头），已经不复先前之勇，面对更加狡诈的东江镇游击队感觉力不从心。
后金变弱，东江镇就显得更强，战果更大，每天都有人头、马匹、牛羊送回皮岛，这些都可以换钱。有钱就可以到中原采购皮岛所需，壮大抗战力量，使游击队越战越强。
满洲四面张网围剿东江镇游击队，虽然有所斩获，但那只是皮岛毫发，难以伤其根本。庞大漫长的战争既消耗大量粮食补给，又减少各个牛录的生产活动，满洲没有任何收获，这般耗下去最先撑不住的肯定是满洲。
一想到自己即将为大明清除边患荡平辽东，毛文龙忍不住激情涌动放声狂笑，笑过之后想道: “经过一连串战斗满洲狗物资必定匮乏，通虏晋商一定会加倍要价。那些生意与其便宜卖国贼不如交给我。我赚得银子都会投入军中，军队强大自会加大攻击满洲狗的力度。满洲狗受损越大越需要物资补充，向我采购的规模也就越大，我赚得银子就会越多，军队就会越强大。如此循环此消彼长，满洲狗崩溃得更快。
很多事情迟则生变不宜久拖。当年孔有德何尝没有将满洲狗逼入绝境，我一定要速战速决以免重蹈复辙。以前皮岛本钱有限，现在我帐上已有两万两白银，我要尽皮岛之可能加大同满洲狗的交易力度，粮食、铁锭、盐巴、布匹、草药……，满洲狗要什么我卖什么，一定要从满洲狗那里赚取足够多的银子消灭满洲狗。”
皇太极看着皮岛使者递交的《东满友好经济合作备忘录》，气冲牛斗险些破口骂道：“毛文龙，没有见过你这么不要脸的。一面同我们打仗，一面同我们作生意也就算了，居然声称打仗是为公，交易是为私。今以私人身份急朋友之所急，想朋友之所想，愿意鼎力相助满洲朋友发展国家经济，打破汉人朝廷的经济封锁，出售满洲朋友所需的一切的一切。操你个奶奶，与公与私你他妈都是好人，你收兵回岛就是对我最大的好。”
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