1547年12月2日，他因患胸膜炎在塞维利亚省的卡斯蒂列哈·德·拉·克斯塔（Castilleja de la Cuesta）去世，享年62岁。
他在遗嘱中妥善照顾了他的许多混血和白人子女，以及每位母亲。
他在遗嘱中请求将他的遗体最终安葬在墨西哥。
在去世前，他要求教皇解除他四个孩子的“私生子”身份，其中包括他与多娜·玛丽娜（Do?a Marina，也就是 La Malinche）所生的马丁，据说是他最喜欢的孩子。
然而，他的女儿多娜·卡塔利娜（Do?a Catalina）在父亲去世后不久去世。
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他去世后，因多种原因，他的遗体被转移了超过八次。
1547年12月4日，他被埋葬在塞维利亚圣伊西多罗·德尔·坎波教堂（San Isidoro del Campo）的梅迪纳公爵（Duke of Medina）陵墓中。
三年后（1550年），由于公爵需要空间，他的遗体被移至同一教堂的圣卡塔琳娜祭坛。
在遗嘱中，科尔特斯请求将他的遗体安葬在他命令建立的墨西哥科约阿坎（Coyoacan）修道院中，但该修道院从未建成。
因此在1566年，他的遗体被送往新西班牙，并安葬在德特克斯科科（Texcoco）圣弗朗西斯科教堂（San Francisco de Texcoco），他的母亲和其中一位姐妹也被安葬在那里。
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