老弱病残以及不愿意继续从军的官兵，遣返原籍或就地安置为民。根据从军年限，一次性发放不低于一年饷银的退伍费。从军年限每增加一年增加一个月饷银的退伍费，不足一年按照一年计算。为奖励这些人对大明朝廷的贡献，特赦其军户改民户。
其它人员全部整编为工程兵，军户改民户，加入中华建筑的建设大军，为大明的基础建设再立新功。待遇同中华建筑民工。
百户以上的军官，年龄40岁以上的，予以转业，由籍贯所在地相关单位安置工作。年龄60岁以上的，光荣退休，每月按照在职时工资标准的50%发放退休金，直至终老。对于年龄超限，又特别优秀、军队特别需要的，经皇家卫队总参谋部批准后留用。
四卫营和勇士营经过整肃，花名册编制4800人，实际人数基本一致。
按照军队整肃整编整训条例，约300名违法犯罪人员被严厉惩处，以镇远侯顾大礼、安远侯柳祚昌、阳武侯薛濂、怀宁侯孙承荫为首的约30人被判处绞刑。
通过四卫营和勇士营的整肃，抄没家产现银约120万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约60万银元，土地约5万亩。大部分抄没来自2名勋贵。
锦衣卫和东厂经过整肃，锦衣卫南镇抚司全体锦衣卫以及外派的所有锦衣卫回京，花名册编制约6万人，实际人数约4万人。
按照军队整肃整编整训条例，约2万名违法犯罪人员被严厉惩处，骆思恭、许浩然、周应乾、王应元、杨汝敏、许浚祥、杨光夔、侯昌国、王应元、张懋忠、陈居恭、万邦孚、田尔耕、叶世、周显祚、覃恩、王世盛、陈承顺、陈焕章、史世载、邢元吉、沈光裕、徐本高、吴尧年、周显祚、刘侨、崔应元、梁慈、李世忠、李不矜、许显纯、孙云鹤、杨寰、赵泗洲、王鹏翀、乔可用、孙光、刘应袭、马国瑊、齐昌国、梁清宏、吴邦辅等约4000人被判处绞刑。
锦衣卫和东厂一半官兵涉案，真是烂到根子里去了。
大部分情节严重，巧取豪夺、贪赃枉法、草菅人命，触目惊心，吃空饷与这些违法案件相比已经不值一提，必须处以极刑。
通过锦衣卫和东厂的整肃，抄没家产现银约1000万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约500万银元，土地约200万亩。
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