日军渡江的消息不但引起了唐生智的警觉，战报传到一直关注南京战况每天电报来往不断的，已经搬迁到武汉的军方大本营更是紧张万分。
鉴于战况的急转直下，为避免南京守军被围歼，11日中午，蒋介石在统帅部的建议下考虑撤退。并通过在扬州的第三战区副司令长官顾祝同向南京城的守军下达撤退命令。
顾祝同在电话里直截了当的通知唐生智：“委员长已经下令，要南京守军撤退。你现在马上到浦口来，我现在派胡宗南第一军第一师到浦口等你。”
但是唐生智觉得自己是坚定固守南京城的，现在顾祝同要他先行撤离，这让他无法跟各路守军的将领交代。所以他向顾祝同表示：“顾司令，事情要跟各路的将领交代清楚才能撤离。不然以后的责任由谁负责？”
“情况十分危急，可由参谋人员代为命令各部就地撤退，万万不要推辞。”顾祝同还是希望唐生智先行撤离，其他部队由各路将领就地突围。
“顾司令，我不能只顾个人而不管部队，最迟明晚才能撤离。”唐生智依然坚持要部署好各部撤退事宜才能离开。
唐生智和顾祝同通完话后，开始考虑撤退事宜，而在他还没来得及召集两位卫戍副司令长官罗卓英和刘兴商议时，又收到了蒋介石发来的命令：“如不能久持时，可相机撤退，以图整理而期反攻。”
蒋介石这道命令看似也是要求撤退，却带有再坚持的意思。这就和前面顾祝同转达的立刻撤离明显有些不一样的意思。
现在有两个选择放到了唐生智面前，一，按第三战区顾祝同的命令立刻安排撤退。二，按蒋介石的命令要再坚持数天，布置守军逐次撤退，同时撤离疏散南京城里的民众。
两个选择唐生智都不好专权独断，于是找来罗卓英和刘兴商量。他们首先面对的问题是立刻疏散民众的话，可能会引起军心动摇，甚至造成混乱。
混乱一旦形成，整个南京现存的防线将会立刻崩盘。到时候守军和民众会争夺路而逃，不说能跑出去多少，但是混乱中相互踩踏甚至开枪相残的绝对不会少。
现在的情形是南京守军依然还有差不多十万人，而且半数阵地还在守军的手里。完全可以死守三到五天时间。卫戍司令部的任务是如何合理的安排好民众和守军撤离的顺序。
在三个卫戍司令还没有商量出结果来，蒋介石的第三道命令又到了，内容居然和第二道命令完全一样，一字不差。
这让三位卫戍司令长官面面相觑，这不就是和淞沪会战时一样想撤又想坚守一个意思吗？其中还有一个隐晦的意思三人虽然都懂，但是都不好明言。那就是中央军先撤，留下地方部队断后再坚持一下。
蒋介石和顾祝同前后不一致的再三命令，让他们动摇了坚守的决心，本来全军死守几天问题不大。但是作为坚守阵地的主力，中央军的87师，88师和36师三个德械师加上教导总队一旦先撤，防线绝对会立刻出现漏洞，其他守军部队也不可能继续坚守。那还不如直接各自突围好了。
时间一直到深夜，三位卫戍司令长官召集了参谋长周斓，参谋处长廖肯等商讨撤退商议，并连夜起草撤退命令。
12月12日激战任然继续。
中华门战斗在上午就进入了白热化，日军在中华门和水西门炸垮了一段城墙。在炮火的掩护下，日军步兵利用梯子沿着垮塌形成的斜坡攀登，想一举突破城墙。
驻守此段防线的第51师第306团的邱维达团长立刻组织了敢死队，由第三营营长胡豪和团副刘历濨带领，向城墙缺口进行反突击。在集中了全团炮火的掩护下，只用了一个小时就全歼了登城的日军。可惜的是胡豪营长和团副刘历濨少校皆中弹殉国。
而中华门西南城角和相邻塞公桥也同时发生激烈战斗。这两处地方也是由74军51师黄耀武部坚守。日军的攻击从拂晓开始，日军出动了20余架飞机，十多辆坦克参与进攻。
经过三个多小时的激战和反复争夺，守军击毁多辆坦克，击毙日军五百多人，缴获日军十多挺轻重机枪，终于迫使日军暂时撤退，74军51师牢牢地守住了赛公桥。
当然守军51师也付出了沉重代价：302团团长程智阵亡，数名营长受伤，连长以下官兵牺牲1700多人。
雨花台方向，日军攻击同猛烈。守军88师顽强抵抗，在伤亡过半后不得不退守核心阵地。进攻的日军继而突入光华门加入围攻。
光华门方向战况愈加惨烈，87师和宪兵教导团伤亡惨重。先前增援的粤军83军156师同样死伤三分之一，卫戍司令部不得不在大挖战壕构建防御工事，准备打巷战的66军抽调出159师增援光华门。
紫金山阵地在下午时分被日军第16师团攻占，既而又攻入中华门，但是被退守的教导总队和守军强力阻挡。
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