白世界——
从阿四馆主那得知漩涡列岛就是湛蓝市与浅葱市之间的小岛群。
漩涡列岛有很多传说，那里存在着神秘的宝可梦。
小智一行人搭乘漩涡列岛的乘船，但是一开始火箭队三人组就假扮成为服务生出来捣乱，就在小智一行人被漩涡吞噬，那神秘的宝可梦出来平息了海流。
就此救下了小智一行人。
......
【芙芦拉：洛奇亚？小智他们又遇见了洛奇亚了！】
【小智：呃呃，我那时候没怎么注意，而且洛奇亚也没有现身。】
【小霞：那时候的确是不知道是洛奇亚，速度很快，只是看到它的影子一闪而过，很难看清是不是洛奇亚，而且当时空木博士派宝可梦过来救我们，所以关乎一闪而过的影子宝可梦，我们也就抛之脑后。】
【空木博士：这样啊，我在船上也没有看到洛奇亚，可能是它跑了，你们看到那个影子可能就是这个岛屿的传说宝可梦吧。】
......
途中，空木博士路过，将小智一行人带上船，询问他们旅行的情况，而且还跟他们说漩涡列岛正在举行的大赛。
小智一行人来到青岩岛的库加市，这个时候发现岛上异常热闹，根据空木博士的说法是，现在正好在举办三年一次的漩涡列岛大赛，也被称为水属性宝可梦竞赛，这个比赛的规则其实很简单，其实就是普通的宝可梦对战，但是规定使用的宝可梦必须是水系。
跟水系有关系的事物，自然就引起了小霞的兴趣，小智则是比赛感兴趣，而他此时手上正有着小锯鳄这只水系宝可梦。
这个火箭队三人组再次出现，在宝可梦中心的上方用大网捕捉了不少的水系宝可梦。
这次就不是小智出手将宝可梦救下来，是空木博士的太阳珊瑚挺身而出，成功解救了皮卡丘以及被捉到的水系宝可梦。
小霞在一旁看得着迷，对太阳珊瑚非常喜欢，一直想要收服太阳珊瑚。
第二天小智一行人在路上看到了一群太阳珊瑚，小霞要收服它，便是跟着它们一起来到了大波波之岛。
路上还遇到了大波波之岛的管理员，还跟大木博士通了电话。
大木博士他们也不确定肥胖的波波是进化还是退化，最后的是过胖的波波，也不知道往后会出现什么情况，所以才设立保护所，让人在这里查看那群过胖的波波。
这个岛屿之所以会被叫做大波波之岛，是因为这里生活着体型比起其它地方的波波要大很多，而且由于体型过重，波波们都不会飞。
主要原因的是海面上的漩涡将大波波之岛隔离开来，使得在这里生活的波波们没有天敌，过着与世无争的生活。
正是因为这样的生活，波波们越吃越胖，渐渐地它们由于体重的问题，没办法飞起来，往后它们也没有特意训练，只是一味安逸生活，飞行对它们来说已经是难以做到的事情了。
但是，在大波波之岛众多的波波中，唯有一只小波波。
它才是正常的波波，无论是体型还是飞行，它都是正常的，而且它有着一个非常励志的梦想，那就是它想要朝着太阳，飞向未知的天空。
得知小波波这个梦想，飞太跟小波波一起努力，每天都训练。
火箭队就在外边偷听，他们也很欣赏小波波这样的精神，所以他们提供自己的热气球，大家可以跟小波波一样飞上天空。
想到了办法，火箭队立刻行动，喵喵跟波波谈话，还给了波波一个耳机，跟波波聊天，说说飞翔的情况。
在火箭队的助力下，小波波竭尽全力，不管众人的劝阻，飞到了前所未有的高度，达到了正常鸟类都无法达到的高空，见到了生活的星球，还有星星、太阳。
观影的众人看着为自己梦想拼搏的小波波，心里一阵动容。
随后小波波极速掉了下来，喵喵赶忙过去用热气球接住它。
小波波是醒了过来，但热气球却是因为小波波掉下来扎破了，于是他们就坠机了。
回到了地面上，那些肥胖的波波纷纷扑打着翅膀，跳动身体，它们看到了小波波直冲上天的行为，心里热血沸腾，它们也要像小波波那样飞翔。
大波波们现在看到了小波波飞行，想起了自己是有翅膀的宝可梦，想起了自己本来是什么，梦想着飞在空中的那一天。
.......
【喵喵：好拼的波波，为梦想努力的时候才是最幸福的，我也是这样喵！】
【小刚：这次还得谢谢你们火箭队！小波波也不知道什么时候才能飞上自己所憧憬的天空，还有那些大波波们也不知道什么时候想起自己是飞翔宝可梦！】
【空木博士：环境对宝可梦的影响很大，那些大波波们都是无忧无虑地生存在岛屿上，部分能力逐渐退化，估计长时间这样下去，它们还想要飞起来，很难！
还好有小波波飞翔激励了它们，都在梦想飞在空中，想必不久后那些大波波们一起飞翔！】
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