咸康元年（335 年），司马衍十五岁，行了冠礼，正式亲政。可朝堂上，庾亮的亲信把控着尚书台，王导的门生占据着中书省，他这个皇帝，更像个摆设。有次，庾亮送来加急军报，说石虎的大军已到历阳，他刚要开口问对策，庾冰就递来早已拟好的诏书：“命太尉亮节度诸军，便宜行事。” 他捏着诏书，突然想起苏峻之乱时，庾亮弃他而逃，现在却成了 “便宜行事” 的太尉。
他也有倔强的时候。咸康五年（339 年），王导去世，他坚持要亲往吊唁。丞相府的门客穿着素衣哭丧，他看见王导的棺木竟用的是普通楠木，想起苏峻之乱时，王导把自己的玉佩送给叛军首领，只为换他半日平安。他当场下诏追封王导为太傅，配享太庙，却被庾亮的亲信弹劾 “逾制”。他拍着御案上的竹简：“没有王丞相，朕早死在石头城了，何谈逾制！” 声音震得殿中烛火直晃，庾氏党羽这才不敢再言。
晚年的司马衍，最大的心愿是重建太学。他省下饭钱，把后宫的胭脂水粉钱都充作学费，甚至卖掉了太后留给他的翡翠屏风。咸康八年（342 年），太学终于在秦淮河边开学，他穿着素色衣袍，看着学生们诵读《论语》，突然想起在石头城的破仓库里，老宦官用树枝在地上教他认字的场景。学生们不知道，他们的皇帝陛下，为了这朗朗书声，曾在龙案前算计了三年的宫廷用度。
这年夏天，司马衍突然病倒。病榻前，庾冰和何充为了立储争执不下，他看着窗外的梧桐，想起父亲明帝去世那天，也是这样的树影斑驳。他拉着弟弟司马岳的手，声音轻得像片落叶：“别学舅舅们争权，多看看王丞相的《陈时务疏》……” 话没说完，就看见庾冰给何充使眼色，突然明白，自己终究是门阀棋盘上的一枚棋子，连遗诏都写不圆满。
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