武德九年六月初四（626 年 7 月 2 日），玄武门一场惊心动魄的政变刚刚落下帷幕，宿卫军和秦王府的兵马与东宫和齐王府的亲信之间的激战仍在如火如荼地进行着，喊杀声震天，鲜血染红了地面。尉迟恭满脸血污，浑身散发着肃杀之气，他手持长矛，大步流星地来到李渊所在的船上。此时的李渊，早已被这突如其来的变故吓得六神无主，战战兢兢地坐在船中。
尉迟恭单膝跪地，双手高举，呈上一道奏章，请求李渊颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置。虽说是请求，但此刻尉迟恭的气势却丝毫容不得李渊拒绝，其中实则带有武力胁迫的性质。李渊看着眼前这如恶狼般的尉迟恭，惊恐万分，心中明白自己此刻的皇位已然摇摇欲坠，若不顺从，恐怕自身都难保。在尉迟恭灼灼目光的逼视下，李渊最终还是听从了他的建议，颤颤巍巍地拿起笔，在奏章上盖下了传国玉玺。
天策府司马宇文士及从东上阁门走出，高声宣读敕令。那威严而坚定的声音在空气中回荡，如同一道圣旨，瞬间让混乱的局势安定下来。众人听到敕令后，原本还在对峙的双方士兵，纷纷停止了打斗，各自收起了兵器。那些原本还心怀侥幸、企图反抗的人，在这如山般的敕令面前，也不得不低下了头，接受了秦王的处置。
李渊又让黄门侍郎裴寂前往东宫，开导原李建成麾下的诸将士。裴寂来到东宫，看着这些满脸悲戚、不知所措的将士，心中也是感慨万千。他深知此刻他们的前途未卜，生死未卜，于是一番晓之以理、动之以情的话语脱口而出。将士们听后，深知大势已去，曾经的东宫辉煌不再，于是纷纷扔下兵器，弃职而散。曾经辉煌一时的东宫，在这一刻彻底沦为一片废墟。
李渊又召李世民前来。当李世民踏入船舱，看到父亲那憔悴而又充满复杂神情的样子，心中五味杂陈。他扑通一声跪了下来，伏在李渊的胸前，放声号啕大哭，泪水如决堤的洪水般涌出。他哭诉道：“父皇啊，儿臣实非无情之人，斩杀兄弟实非己愿，奈何他们真的在造反围攻玄武门啊！” 说到激动处，他的身体不停地颤抖，声音也愈发悲痛。李渊听后，心中亦是悲痛万分。他虽不清楚具体情况，但看着眼前这个平日里威风凛凛的二儿子，此刻也满脸泪痕，伤心欲绝，心中明白现在算是这个二儿子强势归来了。只是，一下子死了两个儿子，李渊的心中如同被刀割一般，痛不欲生。他只能黯然地对李世民说道：“事已至此，你料理好他们的后事吧！我已老了，以后要靠你来打理好这江山了！只望你不要像隋炀帝那样！”
随后，按照律法，李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等人均伏诛，并除宗籍。一时之间，秦王府内腥风血雨，原本繁华的府邸此刻被一种压抑而又沉重的氛围所笼罩。
秦王府诸将领在胜利的喜悦与愤怒交织下，准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府。此时的秦王府，弥漫着一股浓烈的杀伐与掠夺的气息。
就在这时，李世积对李世民杀红了眼也有所不忍，他深知若将李建成与李元吉一派的亲信全部诛杀，必会留下恶名，不利于秦王日后治理天下。于是，他挺身而出，向李世民劝阻道：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！以后您治理天下，还是需要那些人才的呀！” 李世民听后，仔细思索，便有所省悟。他意识到李世积所言极是，若此时大肆诛杀李建成与李元吉的亲信，极有可能引发更大的动荡与民怨。于是，李世民果断地命令诸将领停止了追杀。
当天，李渊颁布诏书赦天下，明确表示叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项事务，都交由秦王处置。这道诏书犹如一颗定心丸，让原本惶恐不安的人心稍稍安定下来。
武德九年六月初五（626 年 7 月 3 日），冯立和谢叔方都自动出来负罪。他们深知自己的行为已经触犯了天威，也明白大势已去。薛万彻躲起来以后，李世民多次让人明示他，意思是只要他出来认罪，便不再追究其罪责。于是，薛万彻在权衡再三后，也无奈地走了出来。李世民看着眼前的这些人，感慨地说：“这些人都能够忠于自己所侍奉的人，是义士啊！便赦免了他们。” 他的这番话语，既展现了他的大度，也在一定程度上稳定了人心。
武德九年（626 年 7 月 10 日），李渊开始对政变功臣进行封赏。他任命政变功臣宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左卫率，程咬金为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子冼马。在论及政变的功劳时，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。李渊还特别嘉奖尉迟恭，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。” 于是把齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给了尉迟恭。
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