黑衣组织的剧情大略介绍：第01卷至第03卷
第01卷：
动画第1集云霄飞车杀人事件，本书是第01卷第
0013-0017章，这就不说了。
事件后续：第01卷第0205章。
雪莉为了调查工藤新一是不是真的死了带部下前往工藤家，不过在山崎的安排下，工藤家没有任何异常。
雪莉的三个部下用监视这个笨办法，但正好美好心情财团的水曜部部长浅井香在阿笠博士家对面建房子，于是石峰保全误会他们是在窥视，就拿到了三个部下的体征并安装了跟踪窃听仪器。
雪莉不知情之下带三人回基地，以千叶县富津市富津岬的企业掩护，企业带自营码头（方便进出口私货）。
琴酒发现问题，当着雪莉的面，毫不留情的杀了她的三个部下，在给石峰保全一个交代的同时，反过来让石峰保全欠了人情。
雪莉吓坏了，浑浑噩噩的回房间，最后提葫芦灌顶般醒悟了组织的无情，醒悟自己不该相信组织，帮助组织，也发现有很多人可以算是间接是被她害死的，她应该听姐姐的话离开组织。
雪莉为了不再因为她而增加死亡人数，在工藤新一的调查报告上写下了已死。
动画第13集奇怪的寻亲事件，本书第01卷第0113章。
宫野明美由于妹妹雪莉的心思转变，开始想办法营救雪莉出组织，而最好的营救就是利益交换。
宫野明美为了积累犯罪经验，化名广田雅美参加了一个小团体去打劫银行，最后在山崎个人的帮助下全身而退，同时展现了一些特工经验，虽然不足，但有经过训练。
（宫本美子想到了广野明美的身份，也知道了宫野夫『妇』这一条线，但是没说。）
动画第29集计算机事件，本书第01卷第0205章。
石峰保全为了给琴酒一个交代，分了个任务给琴酒，是大木企业的任务，抹除证据（任务内容事先不知道），好让大木企业上市（这是没说的目的）。
琴酒做到了，然后想把大木企业拉下水，慢慢吸干即将上市的大木企业，大木琉璃识破，毅然决然的切断了与组织的联系，琴酒没有强求。
柯南与琴酒的爱车迎面而过，柯南还不知道那是琴酒的车子，琴酒更没有在意路边的小孩。
……
第02卷：
动画第56集电玩公司事件，本书第02卷第0375章开始。
关西大汉龙舌兰被炸死了，死于琴酒故意安排的巧合，琴酒在完成获取计算机人才名单这个任务的同时，顺便铲除了皮斯可的势力。
动画第57-58集福尔摩斯『迷』事件，本书是第02卷第0401章开始。
根据赤井秀一的报告，因为组织喜欢用与福尔摩斯相关的暗语密码（这一点还没说，接下来的红与黑中会提到），朱蒂化装成胖女人参加了福尔摩斯旅行团，后来成为老师的时候，被山崎认了出来。
剧场1计时引爆摩天楼，本书第02卷第0391章初始，第0413章开始，第0433章开始，妃英理打官司为女儿讨公道。
贝尔摩德参与了森谷帝二的事件，从中获得了大量爆炸物，并获得一笔灾难财，森谷帝二的犯罪致使金融市场调整。（这个目前没说，暂时也没有机会说。）
动画第68-70集暗夜男爵事件，本书第02卷第0489章开始。
暗夜公爵的计算机病毒只是虚惊一场，而后来真正的暗夜公爵病毒，在阴错阳差之下，进入了警视厅的计算机里。（这一点目前没说，第13剧场中会不会说，我也不知道，看推演。）
……
第03卷：
动画第87集白鹤报恩事件和动画第97集离别美酒事件，本书第03卷第0534章前后，第0556章等。
雪莉为了敷衍组织，开发了一款降压效果的『药』物，结果组织发现其特殊效果，就是使用后，如果情绪激动容易发生脑溢血，于是拿去改进并进行人体实验。
本书中对应动画第87集的白鹤事件，第97集的美酒事件的剧情，死者都是因此而死，而雪莉因此越发的讨厌组织。
（另外，后来岛国首相在任期中突然脑溢血死了，这是真实的，计划是以这个『药』进行二次元打击，然后用过就废了，免得被人怀疑，具体情况书中没说，没想好什么时候什么剧情『插』入。）
动画第95集小五郎约会事件，本书第03卷第0545章等。
做进出口贸易的女犯人岛村佐知子，与黑衣组织有关，帮忙运输私货，最后在监狱里被杀了，表面上意外的跌倒死了。
这是雪莉向石峰保全暴『露』了基地的后续，是琴酒在清理痕迹，转移业务。
剧场2第14个目标，本书第03卷第580章开始。
贝尔摩德『插』手，实际上后来都是贝尔摩德在做，还制造了大爆炸打招呼，只是众人不明白。
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