林一陈从灵蕴心湖归来后，将地脉异常的发现告知虎娃与神秘人。三人在万象蜂巢的密室中展开推演，虎娃用银蝶之力模拟地脉走向，神秘人则以玉笛探测灵域各处的灵能波动，而林一陈将收集到的黑暗符文碎片嵌入特制的灵纹盘，试图解析其与地脉侵蚀的关联。密室的墙壁上，投影出灵域地脉网络的全息影像，那些本该散发着生机的金色脉络，在西南边境处出现了蛛网般的黑色裂痕。
“这些裂痕在以极快的速度蔓延。”林一陈指着影像，声音凝重，“黑袍人残党只是幌子，真正的危机是有人在利用灵域的古老力量从内部瓦解防御。”神秘人轻抚玉笛，笛身突然发出刺耳的嗡鸣：“地脉深处的共鸣告诉我，这股力量与灵域最初的创世秘辛有关。”
为了追溯真相，林一陈决定前往灵域的“古籍圣殿”——那里封存着从远古时期流传至今的所有灵纹典籍。圣殿位于灵域最北端的冰山中，入口处由十二道灵纹机关守护，每一道都对应着灵域历史上的重大事件。林一陈带领小队抵达时，却发现第一道机关的灵纹已被篡改，本该象征守护的蜂形图案，竟扭曲成了吞噬的黑洞。
“小心，有人先我们一步。”林一陈施展星砂灵纹，在众人周身布下防护结界。进入圣殿后，内部一片狼藉，古籍散落满地，空气中残留着黑袍人特有的黑暗符文气息。林一陈在废墟中翻找出一本布满尘埃的古老羊皮卷，上面记载着灵域诞生初期的秘辛：创世之初，灵域由光明与黑暗两股力量共同塑造，为维持平衡，初代灵纹大师将黑暗本源封印在地脉深处，并设立十二道“守界灵纹”。
“原来黑袍人想唤醒的，是被封印的黑暗本源！”林一陈恍然大悟。羊皮卷中还提到，若十二道守界灵纹全部被破解，黑暗本源将冲破封印，灵域将重归混沌。而此刻，圣殿内的灵纹机关已有三道失效，危机迫在眉睫。
与此同时，灵域西南边境的异常加剧。驻守的灵纹师们发现，原本温顺的灵兽突然变得狂暴，它们的眼睛里闪烁着与黑袍人相同的紫光。虎娃带领的支援小队刚抵达，便遭遇了一群被黑暗力量操控的巨型蜘蛛。这些蜘蛛的蛛丝不仅能腐蚀灵纹护盾，还能编织成诡异的符文阵，将众人困在其中。
“大家别慌，集中灵纹之力攻击它们的腹部！”虎娃一边指挥，一边驱使银蝶释放净化波动。但随着战斗持续，他发现这些蜘蛛的数量越打越多，地下不断涌出黑色雾气为其补充力量。更糟糕的是，队员们的灵纹力量在接触雾气后，竟出现了紊乱的迹象。
危机时刻，神秘人及时赶到。他吹奏起古老的镇魂曲，笛声化作金色锁链缠绕住蜘蛛，同时驱散了部分黑色雾气。“这些雾气里掺杂着对灵纹的诅咒，”神秘人喘息着解释，“我们必须找到雾气的源头。”
林一陈在古籍圣殿的研究也有了突破。他发现，破解守界灵纹的关键，在于找到对应的“平衡灵纹”——每道守界灵纹都有与之相生相克的存在，只有同时激活两者，才能阻止黑暗本源的苏醒。而平衡灵纹的线索，藏在灵域各处的远古遗迹中。
林一陈将小队分成三组，分别前往雷音岩穴、炽焰熔窟和息壤泽国。他自己则带着青羽和赤霄，重返幽荧石林。这里的封印裂痕比之前更深，黑色雾气几乎将整个石林笼罩。林一陈让赤霄用新学的灵纹知识分析雾气的组成，同时与青羽一起寻找平衡灵纹的蛛丝马迹。
“院长！这些雾气的波动频率，和古籍中记载的黑暗本源气息一致！”赤霄突然喊道。林一陈心中一凛，立即施展灵蕴灵纹进行净化。然而，当灵纹光芒触及雾气时，竟在虚空中勾勒出一幅巨大的星图——那正是幽荧石林平衡灵纹的线索。
在其他遗迹，虎娃和神秘人也遭遇了重重考验。虎娃在炽焰熔窟面对被黑暗力量强化的熔岩巨人，他巧妙地将银蝶之力与炽焰灵纹融合，创造出能克制高温的“寒焰”攻击；神秘人在息壤泽国则陷入了由息壤蜂变异而成的“噬灵蜂群”的包围，他利用玉笛模仿蜂群的振翅频率，暂时平息了蜂群的暴动，并找到了平衡灵纹的关键图腾。
当三组人马带着线索返回万象蜂巢时，灵域的地脉裂痕已蔓延至中部。林一陈将所有线索整合，在蜂巢的中央广场上，用灵纹之力复刻出完整的平衡灵纹阵图。但就在即将激活阵图的关键时刻，黑袍人再次现身。他身后跟着一群身着黑袍的神秘人，每个人手中都握着刻满黑暗符文的法器。
“林一陈，你以为找到平衡灵纹就能阻止我？”黑袍人狂笑，“这些年来，我早已渗透灵纹学院。”他话音未落，广场上突然有半数学员瞳孔发紫，举起法器向林一陈等人发动攻击。原来，黑袍人利用学员对力量的渴望，暗中教授他们黑暗符文，将其转化为傀儡。
林一陈、虎娃和神秘人立刻结成三角战阵，抵御来自四面八方的攻击。林一陈的灵纹归一之力与黑袍人的黑暗力量激烈碰撞，虎娃则用银蝶之力寻找被控制学员的弱点，神秘人的笛声化作防护罩，暂时隔绝了黑暗符文的侵蚀。然而，黑袍人手中的断刃突然暴涨，释放出能吞噬灵纹的黑色漩涡，将众人的攻击尽数吸收。
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