沈敬之领命退回吏部，三日后带着新拟的标准再入宫中。萧燊逐字审阅，看到“寒门士子可免缴报名费”时，提笔改为“凡应试者，无论出身，一律免缴报名费，沿途驿站供食宿”；看到“考官需从世家勋贵中选拔”时，又改为“考官从无党无派、政绩卓着的官员中选，朕亲自圈定”。“要让寒门士子无后顾之忧，也要让考官断了徇私的念想。”萧燊对沈敬之道。
标准拟定期间，有三名世家勋贵联名上疏，称“寒门子弟见识浅薄，不堪大用”，请求恢复“家世考核”。萧燊看完疏折，未交吏部议处，直接在疏折上批复：“张勇出身行伍，却守野狼谷退鞑靼；谢太保出身寒门，却成一代忠良。见识不在出身，在心怀天下。”他命人将批复抄录后贴在吏部衙外，百姓看后纷纷称赞，世家勋贵再不敢公开反对。
最终的选贤标准共十条，由萧燊亲自审定颁布，核心包括“品行优先、实务为重、出身不问、舞弊重罚”。标准末尾，他特意加上一句：“朕设恩科，为求治国之才，非为世家立牌坊。”这十条标准，既打破了百年门阀垄断的旧俗，又为恩科划定了清晰的方向，朝堂上下都明白，这位新君是铁了心要通过恩科选拔实干人才，稳固新政根基。
恩科考官名单确定后，礼部尚书吴鼎牵头拟定考题，最初的考题多为“诗经释义”“礼记论述”等传统题目。萧燊审阅时，将这些题目尽数驳回：“如今北疆未平，江南有涝，百姓缺粮，考这些空谈之题，如何选出能安边、能治水、能赈灾的人才？”他命吴鼎召集户部、兵部、工部尚书，共同拟定实务考题。
三日后，考题初稿呈至御书房，共分三场：第一场策论“如何革除军饷克扣之弊”，第二场实务“江南治水之法”，第三场口试“地方吏治整顿之策”。萧燊看后仍不满意，提笔修改策论题：“结合谢太保《安边策》，论述‘肃奸与固边的关系’”；将治水题改为“以苏州为例，详述河道疏浚与新麦种推广的协同之法”——这两道题，正是当下新政的核心难题。
为确保考题保密，萧燊命吴鼎将最终考题写在密纸上，由玄夜卫校尉护送，直接封存于贡院密室，钥匙由他亲自保管。开考前一日，他带着吴鼎、陆冰亲赴贡院，当众打开密室验题，确认无泄漏后，才命考官连夜刻印。“考题是恩科的根本，若有泄漏，不仅选不出真才，还会寒了天下士子的心。”萧燊对陆冰道，“你派百人卫队驻守贡院，寸步不离。”
开考当日，士子们看到考题后，反应各不相同：世家子弟多面露难色，他们自幼研习经义，对实务问题知之甚少；寒门士子却大多精神振奋，李董看到治水题时，提笔便写，将自己在苏州治水的经验逐条列出；沈修看到肃奸与固边的策论题，联想到自己因抗魏被贬的经历，字字泣血，痛陈奸佞之害。
萧燊得知考题反响后，微服来到贡院外的茶馆，听到两名士子议论：“往年考题都是死记硬背，今年的题，真要懂实事才能答。”“天子是要选真能办事的人啊！”他心中欣慰，对随行的孟承绪道：“考题革新，就是要让那些只会空谈的世家子弟无处遁形，让实干的寒门士子脱颖而出。这才是‘安民心、稳朝局’的关键——百姓要的是能解决问题的官，不是只会掉书袋的官。”
恩科开考前十日，萧燊召来陆冰，当面部署科场安防：“每个考棚都要搜检，士子入场时，需解衣验身，不许带笔墨纸砚外的任何物品；考官入贡院后，直至阅卷结束方能出宫，不许与外界通信；贡院内外，分三层布防，玄夜卫、京营禁军、顺天府衙役各司其职，若有擅闯者，格杀勿论。”
陆冰领命后，立即着手布置。他将玄夜卫精锐分成两队，一队负责搜检士子，一队负责监控考官；京营禁军则在外围巡逻，封锁贡院周边街道；顺天府衙役负责维持秩序，防止无关人员靠近。为杜绝“代考”，他还命人将士子报名时的画像张贴在考棚外，逐一核对入场士子的容貌。
开考当日，萧燊微服扮成书生，混入入场的士子中。他看到一名玄夜卫校尉正仔细搜检一名世家子弟，对方随身带的一块刻有“世家标识”的玉佩被没收，校尉直言：“贡院内只认考题不认标识，若有不满，可找天子理论。”那名世家子弟虽面露愠色，却不敢多言。萧燊暗自点头，对陆冰的执行力愈发认可。
考至中场，有一名监考御史被发现私藏纸条，上面写着某世家子弟的姓名与考题答案。陆冰当即带人将其拿下，按萧燊定下的规矩，当场革职，押入天牢。萧燊得知后，下旨严查背后指使，最终查出是吏部一名主事暗中勾结，意图帮世家子弟舞弊。他不仅斩了那名主事，还将其罪名昭告天下，震慑了所有心怀不轨者。
考试期间，萧燊每日都会派孟承绪去贡院巡查，带回安防情况的汇报。当得知“无一人成功舞弊”时，他才稍感放心。“科场舞弊，是最伤民心的事。”他对孟承绪道，“百姓盼着恩科能选出清官、好官，若有人徇私舞弊，选出来的还是贪官、庸官，百姓就会对朝廷失望，朝局就会不稳。朕亲布这些铁规，不是不信任大臣，是要给天下人一个交代——朕的恩科，是干净的，是公平的。”
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