授职过程中，萧燊特意强调：“你们的官职，不是靠家世得来的，是靠自己的才华与品行挣来的。到任后，要多听百姓的意见，多办实事，少搞虚功。若有人贪墨舞弊，朕定斩不饶。”他还为每名新晋进士配备了一名老臣作为“导师”，如李董的导师是工部尚书冯衍，沈修的导师是都察院左都御史虞谦，确保他们能尽快熟悉政务。
授职结束后，萧燊命人将新晋进士的任职名单与专长张贴在九城门口，百姓看到“李董任苏州知府”时，纷纷称赞：“李大人在苏州治水时就为民办事，如今官复原职，是苏州百姓的福气！”这些新晋官员赴任时，萧燊亲自送至城外，赐每人一把“廉政剑”：“此剑可斩贪腐，可护百姓，你们要时刻牢记。”
新晋官员赴任后，萧燊并未放松对他们的管理，而是亲定了“三个月试用期”与“贤才跟踪簿”制度。他命沈敬之牵头，联合都察院，每月派御史到各地督查新官政绩，将“民生改善、赋税完成、治安状况”等实务指标记录在“贤才跟踪簿”上，每季度呈御书房审阅。
第一个月的督查结果呈上来时，萧燊看到李董已在苏州启动河道疏浚工程，百姓自愿参与劳作，工程进度远超预期；陈默在兵部清理军需旧账，查出三名克扣军饷的小吏，当场上报处理；沈修的《肃奸录》已完成初稿，记录了二十余名忠良的事迹。萧燊对此十分满意，下旨对三人进行嘉奖，赐黄金百两。
也有两名新官因“不善实务、只会空谈”被问责。一名被任命为县令的进士，到任后不搞民生，反而大修县衙，被御史弹劾。萧燊看过“贤才跟踪簿”后，当即下旨将其贬为县丞，命其“跟随老臣学习实务，若仍无改进，便革职为民”。这一举措震慑了所有新官，让他们明白“实干”才是立足之本。
为让新官尽快成长，萧燊还每月召他们回京城述职，亲自听取汇报。在一次述职中，李董提出“江南水利需与农桑结合，推广新麦种”，萧燊当即命户部拨款，支持他的计划；王砚提出“盐课改革需先厘清旧账”，他便命玄夜卫协助其查抄魏党遗留的盐务账册。“朕给你们权力，就是要你们大胆做事，只要是为百姓好、为新政好，朕就会支持你们。”萧燊对述职的新官们道。
三个月试用期结束后，七十名新官通过考核，正式任职；八名新官因政绩不佳被降级；两名新官因贪墨被革职查办。萧燊将考核结果公之于众，百姓看到“真才实学的留，空谈贪腐的走”，对朝廷更加信任。“考核不是目的，是要确保恩科选出的都是真才，是要让新政的根基越来越稳。”萧燊对沈敬之道，“只有官员实干，百姓才能安居乐业，朝局才能真正稳固。”
恩科引发的世家不满并未完全消除，部分勋贵虽不敢公开反对，却在暗中散布“寒门子弟夺权”“世家失势”的言论，甚至有江南世家拒绝配合新官开展工作。萧燊得知后，并未采取强硬手段，而是召来几名世家领袖，在御花园设宴，亲自疏导他们的疑虑。
宴会上，萧燊开门见山：“朕设恩科，不是要打压世家，是要为朝廷选拔人才。世家子弟中若有真才，朕同样重用，如大将军蒙傲，出身将门，朕委以重任；沈公历仕七朝，出身世家，朕仍以首辅待之。”他举起酒杯，“世家是大吴的重要组成部分，朕希望你们能与寒门士子同心协力，共兴新政，而不是相互对立。”
针对“新官年轻，经验不足”的质疑，萧燊解释道：“朕已为每名新官配备了老臣导师，且有‘贤才跟踪簿’考核，若真有不堪大用者，朕会及时调整。你们若发现新官有问题，可直接向朕上奏，朕定会公正处理。”他还承诺，“下次恩科，仍会保留世家子弟的合理名额，但前提是他们要有真才实学，不能仅凭家世入场。”
为打消世家的顾虑，萧燊任命两名世家出身、政绩卓着的官员为“恩科督导官”，负责监督新官工作，参与“贤才跟踪簿”的考核。这一举措让世家领袖们感受到了朝廷的诚意，一名老勋贵起身谢罪：“老臣之前误解了陛下的苦心，今后定全力配合新官工作，为新政出力。”
宴会结束后，萧燊命人将谈话内容整理成册，在世家子弟中传阅。同时，他还让新官主动拜访当地世家，听取他们的意见，如李董到苏州后，亲自拜访江南世家领袖，请教治水经验，赢得了世家的支持。在朝廷与新官的共同努力下，世家的不满逐渐平息，越来越多的世家子弟开始重视实务，主动参与到新政中来。
恩科结束半年后，其成效逐渐显现。李董在苏州主持的水利工程完工，江南十余县免受涝灾，新麦种推广后，粮食亩产增三成；陈默在兵部厘清了军需旧账，军饷发放效率提升五成，边军将士再无拖欠之苦；沈修的《肃奸录》编纂完成，颁行全国后，百姓争相阅读，忠君爱国之风盛行。
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