颁诏之后，萧燊即刻召刑部尚书郑衡、左都御史虞谦、大理寺卿卫诵三位司法重臣入御书房，商议冤狱平反的具体细则。御书房内，烛火摇曳，萧燊坐在御案之后，神色凝重地说道：“冤狱平反，关乎民心向背，关乎新政根基，容不得半分马虎。若流程混乱、标准不明，不仅难以还无辜者清白，反而可能滋生新的舞弊与冤情，届时更会失信于民，动摇国本。”三位重臣深知此事重大，皆躬身静听，不敢有半分懈怠。
“平反冤狱，首在严谨，次在公正，核心在于层层把关，确保每一起案件都经得起历史与民心的检验。”萧燊目光缓缓扫过三位司法重臣，语气坚定地说道，“朕意推行‘三审复核制’，通过三重审核，最大限度避免错漏，确保无一丝冤屈。”说着，他亲手拿起案头拟定的制度细则，逐一向三人阐释：“其一，地方有司初审，由各州府知府牵头，组织精干吏员详查案卷始末，提审案件相关人证，实地勘验物证，务必将案情的来龙去脉梳理清楚，形成初步审理结论后，连同完整案卷一并上报各省按察使；”
“其二，按察使复审，这是平反工作的关键一环。按察使需亲自审阅案卷，重点核查初审结论中的疑点与漏洞，亲自提审原审官员与涉案人员，对证据不足、逻辑不通的案件，要重新开展调查，纠正初审可能出现的偏差与错误。若经复审确认确系冤狱，需出具详细的复审意见，连同案卷一并上报刑部；”萧燊顿了顿，眼神变得愈发严厉，加重语气强调，“复审绝不可敷衍了事、走过场，若有按察使为顾全情面或畏惧权贵，遗漏冤情、包庇舞弊，一经查实，按察使与初审官员同罪论处，绝不姑息！”
“其三，刑部终审，由郑卿牵头，联合大理寺、都察院组建联合审案团队，共同定谳案件是非。凡涉及魏党构陷、官员枉法的重大案件，终审结束后需将审理结果与完整案卷呈朕亲览；若遇案情复杂、影响重大、涉及人员众多的冤狱，朕将亲自召集三法司官员共同审理，以示朝廷对平冤之事的慎重，也确保审理结果的公正无误。”萧燊的话语掷地有声，既划定了三法司的职责，也彰显了自己亲力亲为的决心。
听完萧燊拟定的“三审复核制”，郑衡、虞谦、卫诵三人皆是眼前一亮，纷纷躬身领命。刑部尚书郑衡率先开口，语气坚定：“陛下此制，层层递进、权责分明，既确保了审理的严谨性，又明确了各方职责，臣必率刑部上下同仁，逐案细致核查，绝不放过一个奸佞之徒，绝不冤枉一个清白之人！”左都御史虞谦也随即表态：“都察院将全程跟进监督平反过程，对各地审理中的徇私舞弊、推诿扯皮行为，臣必亲自弹劾，一查到底，为平反之路扫清障碍！”大理寺卿卫诵亦沉声说道：“大理寺将严格履行复核职责，确保每一起案件的审理都符合律法规定，量刑精准，维护司法公正。”
“三审复核制”既定，平反工作的关键便落在了巡按御史的选派之上。萧燊心中清楚，巡按御史是平反工作的一线执行者，直接面对地方的复杂局势与各种阻力，若所选御史贪赃枉法、畏惧权贵，或是能力不足、敷衍了事，那么整场冤狱平反之举都可能沦为空谈，不仅无法安抚民心，反而会加剧百姓的不满。因此，他对巡按御史的人选极为重视，亲自拟定选拔标准，要求吏部与都察院严格筛选，宁缺毋滥。
萧燊拟定的选拔标准清晰而严苛，主要涵盖三个方面：其一，品行端方，出身清白，无任何贪腐劣迹与不良记录，需经玄夜卫暗中核查确认，确保其心术纯正；其二，精通律法，具备丰富的地方司法办案经验，能够准确判断案件疑点，擅长从复杂的案卷与口供中梳理出真相，有过平反冤假错案经历者优先考量；其三，不畏权贵，敢于直言进谏，在面对压力与诱惑时能够坚守本心，曾因弹劾奸佞官员被贬谪却依然刚正不阿者，将作为重点选拔对象。
按照萧燊的要求，吏部尚书沈敬之与左都御史虞谦亲自牵头选拔工作，两人从全国各州府、各部院的官员中，初步筛选出二十五名符合基本条件的候选人。为进一步考察候选人的真实能力与政治立场，萧燊特意亲自主持殿试，以“如何高效推进冤狱平反”“面对地方官员阻挠该如何应对”“如何平衡平反效率与审理公正”等实际问题为题，让候选人当场作答，同时观察他们的言行举止与应对态度，全面考察其见识、决心与应变能力。
经过层层筛选与严格考察，最终十三名优秀官员脱颖而出，成为此次分赴十三省的巡按御史。这十三人中，既有像江西按察使江涛这样，曾因弹劾魏党权贵而被贬至西南烟瘴之地，复职后依然敢言不讳、刚正不阿的资深官员；也有一些在地方任职时，凭借公正办案、为民做主而深得民心的年轻官员，他们充满干劲，对平反冤狱充满热情。选定人选后，萧燊在御书房亲自召见十三名御史，亲手将“尚方宝剑”赐予每位御史，训话道：“尔等持此剑，上可纠弹不法官员，下可昭雪民间冤情，凡有官员阻挠平反、销毁证据、串通舞弊者，尔等可先斩后奏，无需事事禀报！朕望尔等不负圣命，不负百姓期盼，深入地方，细致核查，还天下一个朗朗乾坤！”
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