真相大白后，萧燊怒不可遏，当即拍案而起，下旨：“即刻释放赵毅，恢复其总兵官职，加封为西北参将，赐黄金百两、绸缎千匹，安抚其多年冤屈，令其即刻重返边关，统领军队抵御鞑靼入侵；当年参与构陷赵毅的原审官员、魏党余孽，一律押赴闹市斩首示众，以儆效尤；查抄所有涉案人员家产，部分用于补偿赵毅的损失，剩余部分纳入国库，用于西北边防建设。”此案的平反，震动朝野上下，各地官员无不警醒，深知萧燊平冤的决心，再无人敢轻易阻挠平反工作，也无人再敢轻视司法公正。
除了赵毅案，萧燊还亲自主持审理了另外三起重大冤案——“山东巡抚李明德贪腐案”“浙江按察使王彦谋反案”“江南盐运使张世诚通敌案”，这三起案件均为魏党构陷忠良的典型案例，涉案官员均因拒绝附逆而被罗织重罪。每起案件审结后，萧燊都下令将案情始末、审理过程与判决结果通过告示、邸报等形式公示天下，让全国百姓都知晓朝廷平反冤狱的决心与公正。百姓们看到朝廷如此重视冤狱平反，纷纷称赞萧燊的圣明，有百姓感慨道：“陛下亲断冤案，不避权贵，可见圣心清明，我等百姓再无冤屈无处诉之虞！”
在萧燊的亲自督办与三法司的协同配合下，原本被发回地方重审的三十起案件，也很快有了明确结果。各地按察使接到督办旨意后，不敢有丝毫拖延，重新组织力量深入调查，补充关键证据，最终二十五起案件被正式认定为冤狱，予以平反；剩余五起案件因证据确凿，确认原判无误，维持原判。此次重审，既确保了无一丝冤屈遗漏，也避免了盲目平反导致的司法混乱，真正做到了“不冤枉一个好人，不放纵一个坏人”。
冤狱平反工作有条不紊推进的同时，对制造冤狱、阻挠平反之举的官员的追责工作也同步展开。按照萧燊的旨意，都察院左都御史虞谦亲自牵头，组建追责专项团队，依据《十三省冤狱平反总录》中列明的涉案官员信息，以及审理过程中查明的线索，对全国范围内制造冤狱、销毁证据、串通包庇、阻挠平反的官员展开全面调查，绝不放过任何一个涉案人员。
经过一段时间的深入调查，追责专项团队发现，制造冤狱的官员主要分为两类：一类是魏党核心成员及其亲信，这类官员为巩固魏党的权势，主动罗织罪名、构陷忠良，是制造冤狱的主谋，罪行最为严重；另一类是地方酷吏，这类官员为了向上爬、邀功请赏，或是收受他人贿赂，主动迎合魏党意图，滥施刑罚、制造冤假错案，是冤狱的直接执行者。针对不同类型的涉案官员，虞谦按照“情节轻重、罪责大小”拟定了详细的惩处方案：核心主犯，尤其是魏党核心成员及其主要亲信，一律判处斩首之刑，家产全部查抄；从犯或协从制造冤狱者，根据情节轻重，或流放三千里苦寒之地，或革职永不录用；对虽未直接制造冤狱，但在平反过程中推诿扯皮、阻挠调查、包庇涉案人员的官员，一律降职查办，调离司法或行政核心岗位。
江南松江府知县钱坤，便是典型的地方酷吏。他曾收受魏党亲信的巨额贿赂，诬陷当地富商赵六“偷税漏税、囤积居奇”，将赵六下狱，同时查抄了赵六的全部家产，中饱私囊。此次追责中，追责专项团队通过深入调查，不仅查实了钱坤诬陷赵六的罪行，还发现他在任职期间，利用职权制造了另外三起类似的冤狱，受害者多达十余人，民愤极大。虞谦得知后，当即上书弹劾钱坤，列举其全部罪行与相关证据。萧燊阅后大怒，即刻下旨：“将钱坤押赴松江府斩首示众，查抄其全部家产，除用于补偿各位受害者的损失外，剩余部分用于当地民生工程建设！”
追责过程中，也有部分涉案官员心存侥幸，试图通过行贿追责团队成员、向虞谦送礼等方式脱罪。但虞谦早已严令追责团队成员恪守本分，严禁收受任何礼品、贿赂，同时亲自带头抵制各种诱惑。对于那些试图行贿的官员，虞谦不仅严词拒绝，还将他们的名单与行贿行为一并上报萧燊。萧燊得知后，怒而下旨：“凡在追责期间试图行贿脱罪者，罪加一等！不仅要追究其原有罪行，还要额外追究其行贿之罪，严惩不贷！”这一旨意彻底断绝了相关官员的侥幸心理，确保了追责工作的公正、严谨。
经过整整三个月的全面追责，全国范围内制造冤狱、阻挠平反的官员被彻底清查，共有一百二十余名官员受到相应惩处。其中，罪行最为严重的核心主犯三十余人被判处斩首之刑，五十余名从犯被流放边疆，四十余名阻挠平反、包庇舞弊的官员被革职或降职。此次追责力度之大、范围之广，震动整个官场，官场风气为之一清，各地官员无不敬畏律法、心存忌惮，再也不敢肆意妄为，为后续新政的推进扫清了官场障碍。
从萧燊颁诏启动冤狱平反，到全面完成追责工作，历时整整半年。这场覆盖十三省的冤狱平反运动，取得了显着成效：共平反各类冤狱两百零三起，释放被冤关押者三百余人，为五十余名含冤而死的受害者平反昭雪、恢复名誉；累计退还被查抄的百姓与官员家产一千余件，价值白银数百万两；为因冤狱致残者发放医药补贴共计白银十万两，为含冤死者家属发放抚恤金七十万两，切实保障了被冤者及其家属的权益。
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