经过数日的追击与激战，大军终于在一处峡谷中追上了木骨朵的主力。木骨朵深知已是穷途末路，亲自率领叛军发起冲锋，欲与朝廷大军决一死战。于擎与赵烈亲自督战，将士们士气高涨，奋勇杀敌。
峡谷之中，喊杀声震天动地。赵烈一马当先，冲入叛军阵中，与木骨朵展开激战。几个回合下来，赵烈凭借精湛的武艺，将木骨朵击落马下，叛军见状，彻底失去了抵抗的意志，纷纷放下武器投降。
至此，四川蛮乱彻底平定。于擎下令将木骨朵押解回京，交由刑部处置，对投降的叛军将士予以宽大处理，愿意返乡的发放路费与粮食，愿意参军的编入地方守军。随后，他命将士们清理战场、安抚周边部族民众，川蜀局势逐渐稳定下来。
平定叛乱的捷报传回京城，萧燊龙颜大悦，下旨嘉奖于擎、赵烈等有功将士。但他深知，平定叛乱只是第一步，如何做好善后工作、防止叛乱复燃，才是长治久安的关键。他召集内阁阁老与六部尚书，召开善后专题议事。
“川蜀之乱，根源在于地方官治理失当，无视蛮族习俗、欺压百姓。”萧燊开门见山，“若不建立长效监管机制，日后必再生祸乱。诸卿以为，当如何制定善后之策？”
沈敬之出列奏道：“陛下圣明。边地部族治理，不可照搬内地制度。谢渊生前曾提出，对边地蛮族可设立土司进行监管，由部族首领担任土司，世袭罔替，朝廷授予印信，负责管理部族事务，同时服从朝廷管辖。如此既能尊重部族习俗，又能加强朝廷对边地的控制。”
兵部尚书秦昭附和道：“沈公所言极是。设立土司制，可借助部族首领的威望稳定地方，减少朝廷治理成本。同时，需在土司辖区周边设立卫所，驻扎军队，形成威慑，防止土司叛乱。”
萧燊颔首认同，随即下令：“准奏！命于擎在四川蛮族聚居地推行土司监管制，由投降的六个部族首领担任土司，授予印信，明确管辖范围与职责；户部拨款在土司辖区周边修建三座卫所，驻扎兵力五千，由赵烈负责统筹；礼部制定土司朝贡制度，规范土司与朝廷的往来。”
圣旨传到川蜀，于擎即刻着手推行土司建制。他没有贸然召见部族首领，而是先派官员前往各部族，了解当地习俗与诉求，随后才在成都府衙设下宴席，邀请六位部族首领赴会。席间，于擎亲自为各位首领斟酒，开门见山：“朝廷设立土司，并非要束缚诸位，而是为了让各部族安居乐业。”他取出早已拟定好的土司职责文书，逐条为首领们讲解：“土司世袭罔替，管辖本部族事务，朝廷不干预；但需按时朝贡、服从朝廷调遣，若部族内部有纷争，需上报朝廷裁决，不可擅自开战。”见首领们面露疑虑，于擎补充道：“我已奏请陛下，减免各部族三年赋税，还将派工匠前来，协助各部族修建水利、改进耕作。”说罢，他将雕刻精美的印信一一放在首领们面前，“这印信是朝廷的承诺，也是各部族的荣耀，愿与诸位共守川蜀安宁。”
为确保土司制顺利推行，于擎与各位土司签订了正式的盟约，一式两份，一份交由土司保管，一份上报朝廷存档。同时，他派官员协助土司制定部族管理章程，规范内部事务，减少部族之间的纷争。
赵烈则按照朝廷旨意，在土司辖区周边选址修建卫所。他亲自勘查地形，选择交通要道与战略要地，调集工匠与民夫，开工修建卫所。谢明特意从国库调拨白银三十万两，作为卫所修建的经费，并派户部官员现场督查，确保经费专款专用、工程质量合格。
礼部尚书吴鼎则牵头制定了土司朝贡制度，规定每年春秋两季，土司需亲自或派使者前往京城朝贡，贡品以当地特产为主，朝廷则根据贡品的价值予以回赠，赏赐金银、绸缎等物品。同时，规范了朝贡的礼仪与流程，彰显朝廷的威严。
经过数月的努力，四川土司制正式落实，三座卫所也顺利建成并驻扎军队。土司们纷纷表示将效忠朝廷，维护川蜀稳定。周边的蛮族部族见朝廷恩威并施、治理有方，也纷纷归附，川疆局势彻底稳定下来。
在推行土司制的同时，都察院派往四川的御史也完成了对地方官失责事宜的核查。核查结果显示，此次四川蛮乱的直接起因，是前任四川按察使张彪与雅州知府李仁无视蛮族习俗，强征赋税、圈占山林，且纵容胥吏欺压蛮族部众，甚至滥杀无辜，激起民愤。此外，还有十余位地方官员存在贪腐、不作为等问题。
核查结果上报朝廷，萧燊震怒不已。他当即下旨：将张彪、李仁押解回京，交由刑部审理，依法严惩；其余涉案官员根据情节轻重，分别予以革职、降职、流放等处分；同时，要求吏部对四川全省官员进行全面考核，清除不合格官员，选拔实干人才填补空缺。
刑部尚书郑衡接到旨意后，立即对张彪、李仁进行审理。二人对所犯罪行供认不讳，最终被判处死刑，押赴四川当众斩首，以儆效尤。其余涉案官员也都得到了相应的惩处，四川官场震动极大。
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