李坤、张彪案审结后，二人被公开处斩，涉案的十余名官员也被革职查办。此案的严肃处置，震慑了漕运系统的贪腐势力，大部分官员收敛气焰，全力配合改革推进。
漕运改革推进过程中，萧燊继续安排太子萧佑参与历练，让他跟随谢明深入漕运沿线，了解改革细节与民生诉求。萧佑抵达江南后，并未局限于听取官员汇报，而是微服私访，与漕工、粮农、沿岸百姓深入交流。
在江南段漕运码头，萧佑看到漕工们正有序装粮，便上前与一位老漕工攀谈：“老丈，如今漕运改革，你们的日子有改善吗？”老漕工放下手中的活计，笑着答道：“殿下有所不知，以往我们船工，不仅俸禄被克扣，还要被官员逼着干私活，苦不堪言。现在好了，新的漕运同知王大人来了，俸禄足额发放，还不用干私活，干活也有劲头了！”
随后，萧佑跟随谢明前往河道疏浚工地，看到江澈正亲自指挥施工，民夫们干劲十足。江澈向萧佑详细介绍了河道疏浚的技术方案与工程进度，萧佑点头赞许：“江大人务实肯干，河道通畅不仅利于漕运，更能防范汛期洪涝，真是一举两得。”他还特意询问民夫工钱发放情况，得知民夫每日能领到足额工钱，且管饭，心中甚是欣慰。
在考察过程中，萧佑发现漕运沿线部分驿站设施陈旧，漕船停靠补给不便，便向谢明建议：“谢尚书，漕船长途航行，驿站补给至关重要。可从漕运改革节省的资金中，抽取一部分用于修缮沿线驿站，增设补给点，既方便漕船，也能提升运输效率。”
谢明采纳了萧佑的建议，即刻安排人手排查沿线驿站，制定修缮方案。萧佑将考察过程中收集的百姓诉求与改进建议整理成册，上报萧燊，其中“提升船工俸禄、增设驿站补给点、加强漕运安保”等建议，均被萧燊采纳并纳入漕运改革配套措施。通过此次历练，萧佑对“漕运乃民生之本”有了更深刻的认识，执政能力进一步提升。
除了贪腐问题，漕运沿线的劫掠隐患也不容忽视。以往漕运安保由地方官府负责，权责分散，遇有劫匪往往应对不力，导致漕粮损失、船工伤亡。为解决这一问题，谢明向萧燊建议，由兵部协调，组建专门的漕运安保队伍，负责漕运全程的安保工作。
萧燊准奏，下令于擎统筹此事。于擎结合边防安保经验，制定了“分段安保、协同联动”的策略：在漕运沿线每五十里设立一个安保哨所，配备十名士兵；每区段安排一支机动安保队，负责处理突发劫掠事件；同时协调河道巡检司，加强河道巡逻，形成“岸上哨所+机动队伍+河道巡检”的立体安保体系。
于擎还特意从西北边防抽调部分经验丰富的士兵，充实漕运安保队伍。这些士兵作战勇猛、纪律严明，很快适应了漕运安保工作。在河济段，一支刚组建的机动安保队便成功击退了一股盘踞在运河沿岸的劫匪，缴获赃粮百余石，抓获劫匪二十余人，极大地提振了漕运队伍的信心。
为提升安保效率，于擎还建立了“安保预警机制”：要求沿线哨所、驿站每日通报安保情况，遇有劫匪踪迹，第一时间上报并通知周边安保力量协同处置；同时鼓励百姓举报劫匪线索，查实后给予奖励。这一机制的建立，让漕运沿线的劫掠隐患得到有效遏制。
谢明则协调户部，为漕运安保队伍拨付足额的军费与装备经费，确保士兵们粮草充足、装备精良。经过一系列举措，漕运安保能力显着提升，改革推行以来，未再发生一起大规模漕粮劫掠事件，为漕运畅通提供了坚实保障。
随着试点经验的成熟与各项配套措施的完善，漕运分段管理制在全国范围内正式推广。四大区段漕运同知各司其职，交接核验规范有序，河道通畅无阻，安保措施到位，漕运效率大幅提升，损耗率显着下降。
数据显示，推广后漕运全程耗时从以往的四十日缩短至二十五日，效率提升三成；粮食损耗率从百分之八降至百分之二，每年可节省漕粮十万石；漕运沿线贪腐举报数较以往减少七成，官风民风显着改善。京师粮储司库存持续充盈，粮价回落至合理水平，百姓再也不用为粮食短缺担忧。
江南地区因漕运通畅，积压的粮食得以快速运往北方，粮农收入增加，种粮积极性高涨。河南巡抚柳恒借着漕运畅通的契机，将本地推广的“分段育苗法”产出的新麦种通过漕运运往江南、西北等地，进一步扩大了新麦种的种植面积，助力全国粮食增产。
西北边防也因漕运优化受益。以往西北军饷、粮草运输需绕道陆路，耗时久、损耗大。漕运通畅后，部分军饷、粮草可通过漕运转运至北方重镇，再转陆路运往边防，运输效率提升五成，损耗率降低四成，极大地减轻了西北边防的后勤压力。赵烈特意上书致谢：“漕运通畅，粮草充足，将士们士气倍增，鞑靼再不敢轻易窥伺边境！”
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