奖惩机制上，明确“重奖严惩”原则，做到奖惩分明：凡主动申报隐匿田产、补缴赋税者，可减免50%处罚；清丈人员查实隐匿田产的，按追缴税额的一成给予奖励，鼓励主动履职；地方官配合得力、整治成效显着的，优先纳入升迁候选名单，予以重用。对隐匿不报、抗拒清丈者，一律没收隐匿田产的半数，补缴历年欠税并加罚三倍；勾结舞弊的官员、豪强，革职查办或抄没家产，情节严重者斩立决；清丈人员徇私舞弊的，与舞弊者同罪论处，绝不轻饶。
方案拟定后，谢明亲自呈递萧燊御览。萧燊逐字逐句仔细审阅，对方案的严密性表示认可，随即提笔批注：“此次整治，既要严惩舞弊，亦要体恤民生。对贫苦百姓因灾荒欠税的，可酌情减免；对主动配合清丈的农户，可给予少量粮食补贴。务必做到‘惩恶而不扰民，均税而安民心’。”批注完毕，萧燊降旨，将方案颁行全国，令各地严格遵照执行，不得有丝毫懈怠。
按照整治方案，全国先选取河南、浙江、广东三省作为试点，积累经验后再全面铺开。之所以选定这三省，皆有深意：河南巡抚柳恒清廉干练，推行农桑新政成效显着，群众基础深厚，便于推进工作；浙江布政使秦仲熟悉江南漕运与民生，能妥善协调解决清丈中的复杂问题；广东布政使韩瑾擅长安抚地方势力，可从容应对南疆土司区域的特殊情况。
河南试点率先启动，柳恒接到诏令后，第一时间召开全省动员大会，声言：“清丈整治乃均税安民之举，关乎百姓福祉与新政推进，各级官员务必全力配合，谁敢敷衍塞责、勾结舞弊，本抚定不饶！”随后抽调全省精干力量，组建河南清丈分专班，制定“先易后难”推进策略，先在开封、洛阳等吏治相对清明的地区开展清丈，积累经验后，再逐步推进到偏远地区。
清丈小组进村入户后，严格按统一标准丈量田亩、定级备案，同时张贴告示，用通俗易懂的语言宣讲整治政策与奖惩措施。起初，部分农户因担心增税心存抵触，不愿配合。清丈人员耐心细致解释：“此次清丈不是为了增加百姓赋税，而是为了核清隐匿田产，让豪强承担应尽税负，贫苦农户不仅不会增税，反而会因均税减轻负担。”柳恒也亲自深入乡村，与农户面对面座谈，承诺“绝不因清丈加重百姓负担”，并当场解决了几户农户的实际困难，逐渐打消了农户的顾虑，农户们纷纷主动配合清丈工作。
试点过程中，清丈小组很快查实一起豪强隐匿田产大案：河南当地一豪强依仗势力，勾结乡绅，隐匿上等田三百余亩，多年逃避赋税，百姓敢怒不敢言。清丈小组固定证据后，按规定没收其半数隐匿田产，追缴欠税并加罚三倍。此案的查处震动全省，不少隐匿田产的豪强心生畏惧，纷纷主动向清丈专班申报补税。仅一月时间，河南试点便清查出隐匿田产两千余亩，追缴欠税白银数万两，同时为贫苦农户减免赋税近千两，试点成效显着。
谢明专程赶赴河南巡查试点情况，看到清丈工作有序推进、百姓积极配合，对柳恒的工作大加赞赏：“柳巡抚推行有力，方法得当，为全国试点树立了样板。下一步可将河南的‘宣讲动员+精准核查+奖惩激励’模式推广到其他试点省份。”萧燊得知河南试点成效后，龙颜大悦，下旨嘉奖河南清丈分专班，令浙江、广东加快试点进度，务必如期完成试点任务，为全国全面铺开做好准备。
河南等三省试点圆满完成，积累了丰富经验，为全国全面铺开奠定了坚实基础。萧燊当即下旨，全国范围内启动清丈税收整治，要求各省严格按试点模式推进，半年内完成全部清丈与税收核定工作。整治全面铺开后，多数地区进展顺利，但在江南、西北等魏党余孽与豪强势力盘根错节的地区，却遭遇了顽固阻力，整治工作举步维艰。
江南苏州府，一批魏党余孽与地方豪强相互勾结，公然对抗清丈整治。他们一方面散布谣言，称“清丈是为了增加百姓赋税，朝廷要搜刮民脂民膏”，煽动农户抵制清丈；另一方面，试图贿赂清丈小组官员，被拒绝后便恼羞成怒，派打手威胁清丈人员，甚至在夜间焚烧清丈小组的驻地，销毁已丈量的田亩档案，手段极其恶劣。苏州知府李董虽全力协调，但因豪强势力盘根错节、根基深厚，整治工作一度陷入停滞，清丈人员人人自危。
西北某县，当地豪强与离任魏党官员的亲属相互勾结，利用西北边地偏远、信息不畅的特点，伪造田亩档案，将上等田谎报为下等田，逃避高额赋税，同时组织家丁手持棍棒，阻挠清丈工作。清丈小组多次上门丈量，均被家丁拦在村外，有两名清丈人员甚至被打成重伤。当地知县畏惧豪强势力，不敢得罪，一味敷衍塞责，迟迟不配合清丈小组开展工作，导致该县清丈工作毫无进展。
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