在浙闽沿海卫所整顿过程中，郑毅龙发现部分卫所官员此前曾与宦官有过轻微往来，虽未涉及违规事宜，但仍存在潜在风险。他当即依据《宦权规制》要求，责令相关官员开展自查自纠，深刻反思，并将相关情况如实上报内监监察司。宋廉接到报告后，亲自率领核查组赶赴浙闽，核实情况后，对情节轻微、未造成不良影响的官员予以警告处分，对其中敷衍整改、态度不端的官员予以调离岗位处理。此次处置，进一步强化了前线官员的规制意识，肃清了前线风气。
与此同时，戚承光在浙闽沿海组织乡勇抗倭，也真切感受到了《宦权规制》带来的积极变化。此前，曾有宦官借巡查之名，向地方卫所索要财物，如今这类行径已彻底绝迹。戚承光随即向萧燊上奏，直言：“《宦权规制》颁布实施后，内廷干扰彻底消除，地方卫所与乡勇的训练工作、军需筹备事宜皆顺利推进，军心民心稳定，为后续抗倭作战奠定了坚实基础。”
萧燊接到郑毅龙与戚承光的奏报后，深感欣慰。他当即下旨，嘉奖宋廉与内监监察司全体官员，鼓励他们继续坚守岗位，严格落实规制要求，守护内廷稳定。萧燊心中清楚，唯有内廷稳定、朝纲清明，前线将士才能专心备战抗倭，江南工商革新的成果才能充分发挥作用，为后续应对“南倭北虏”双线危机筑牢根基。
《宦权规制》的严格落实，不可避免地触动了部分势力的既得利益，暗地阻力悄然滋生。一些与宦官有旧交或利益关联的官员，开始暗中抵制规制落实，散布“规制过严、影响宫廷正常运转”的谣言；少数被清除的违规宦官的残余势力，也试图勾结外部官员，伺机反扑，扰乱朝纲。玄夜卫指挥使陆冰察觉到异常后，第一时间将相关情况密报萧燊。
萧燊对此早有预料，神色平静却语气坚定地下令：“对暗中抵制规制、散布谣言的官员，一经查实，从严惩处，绝不姑息；对试图反扑的宦官残余势力，命玄夜卫与内监监察司联手清查，务必斩草除根，不留后患。如今抗倭备战在即，绝不容许任何势力破坏朝纲稳定，干扰备战大局。”大将军蒙傲主动请缨：“陛下，臣愿率领京营禁军配合清查行动，严密布防，确保宫廷与京城安全无虞。”
清查行动迅速展开，玄夜卫与内监监察司联手出击，凭借精准情报，很快锁定了一批暗中抵制规制的官员，其中不乏身居高位者——一名从二品的中书省官员赫然在列。经查，该官员曾接受宦官巨额贿赂，担心被清查组查出，便暗中散布谣言，妄图动摇规制的执行根基。萧燊怒不可遏，当即下令将其革职查办，移交刑部审讯。在确凿证据面前，该官员对罪行供认不讳，最终被按律处死，家产充公。这一处置雷霆万钧，迅速震慑了所有暗中抵制势力。
针对宦官残余势力的反扑，陆冰率领玄夜卫深入侦查，精准摸排，抓获多名涉案人员。经审讯查明，这些人试图勾结魏党余孽，策划在宫廷制造混乱，干扰《宦权规制》落实，破坏抗倭备战大局。萧燊下令，将涉案人员全部处死，并进一步扩大清查范围，彻底清除所有与魏党余孽、违规宦官有牵连的潜在隐患。蒙傲则率领京营禁军加强京城巡逻，严密防范各类突发事件，确保京城社会稳定。
清查行动持续半月，成效显着：共查处暗中抵制规制的官员二十五名，清除宦官残余势力三十余人，彻底粉碎了暗地阻力。萧燊下旨，将清查结果公之于众，向朝野上下表明落实《宦权规制》、维护朝纲稳定的坚定决心：“任何试图破坏朝纲、干扰新政实施与抗倭备战的势力，都将受到最严厉的打击。朝廷将以铁腕手段，守护内廷稳定与朝堂清明，为抗倭备战保驾护航。”
暗地阻力被彻底粉碎后，《宦权规制》的落实更加顺畅，成效日益凸显。内廷之中，宦官各司其职、依规履职，宫廷事务运转得井井有条，再也没有出现干预军政、勾结地方官员的现象；外朝之上，官员们得以摆脱内廷干扰，专心投入到新政推进与抗倭备战工作中，行政效率大幅提升，朝堂风气焕然一新。
江南工商革新在无内廷干扰的良好环境下，持续深化推进：民营手工业蓬勃发展，丝绸、瓷器等特产产量激增，贸易流通愈发顺畅；运河支流疏浚工程全面竣工，物资转运效率大幅提升；抗倭军需筹备工作有序推进，粮草、器械等战略物资源源不断地运往浙闽沿海与西北边境。户部尚书谢明向萧燊呈交奏报，欣喜之情溢于言表：“如今朝廷财政收入稳步增长，足以支撑双线防御的军需需求，为抗倭备战提供了坚实的财力保障。”
军事层面，前线军令传达畅通无阻，备战工作进展神速。郑毅龙在浙闽沿海的抗倭筹备成效显着，战船打造完成过半，乡勇训练成果斐然，沿海预警防线进一步完善加固；戚承光组织的乡勇队伍不断发展壮大，“鸳鸯阵”战术雏形训练初见成效，战斗力稳步提升；西北边军的烽火台修建与堡寨增设工作全部完成，边防防御体系更加稳固。大将军蒙傲与兵部尚书秦昭联名向萧燊奏报：“全国军事防御体系建设有序推进，目前已具备应对小规模外敌入侵的能力，可从容应对初期战事。”
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