排查工作刚启动不久，巡查组便查出重大问题：两名宦官借宫廷采买之机，与地方官员私下交易，收受巨额财物；另有三名宦官妄图打探前线军情，触碰“不得接触军权”的红线。宋廉当机立断，下令将相关宦官扣押，移交刑部审讯。刑部尚书郑衡亲自审理此案，在确凿证据面前，涉案宦官无从抵赖。最终，依据《宦权规制》，两名私下交易的宦官被处以杖责流放，三名打探军情的宦官被判处绞刑，惩处结果迅速传开，震慑效果立竿见影。
内监总管深知自身监管不力，主动向萧燊请罪，并提出三项整顿措施：“臣愿率领内廷官员，重新梳理宦官岗位职责，明确分工、杜绝推诿；建立宦官考核机制，将合规履职情况纳入核心考核指标，考核不合格者一律逐出宫廷；加强宦官思想教化，定期宣讲前朝宦祸教训与本朝规制要求，从根源上杜绝违规念头。”萧燊准奏，责令其限期落实，务必见到实效。
为彻底肃清内廷隐患，宋廉率领监察司深入排查，竟发现部分宦官与魏党余孽仍有隐秘勾结。萧燊得知后，怒不可遏，当即下令玄夜卫全力配合监察司，展开全面清查。经过数日缜密侦查，最终抓获与魏党余孽勾结的宦官五名，以及涉案地方官员三名。刑部从严审理，涉案人员全部按律处死，家产充公，悉数用于抗倭军需。此次清查，彻底切断了宦官与外部势力勾结的渠道，内廷隐患得到根本性清除。
十日内，内廷整顿工作顺利收官：共清除违规宦官十七名，重新划定宦官岗位职责，建立起完善的考核与教化机制，内廷风气焕然一新。宋廉向萧燊呈交整顿报告：“如今内廷宦官皆已明晰规制边界，履职规范有序，未再发现任何违规苗头。内监监察司将持续开展常态化巡查，确保规制长期稳定落实。”萧燊满意颔首，内廷的稳定，为新政推进与抗倭备战消除了关键内部隐患。
中央内廷整顿工作推进的同时，地方层面的《宦权规制》落实检查也同步启动。沈敬之与虞谦亲自牵头，从吏部与都察院抽调骨干官员，组建十余个核查组，分赴全国各地，重点督查地方官员与宦官的往来情况，以及规制学习落实成效。萧燊特意叮嘱：“江南地区是工商革新的核心区域，更是抗倭军需筹备的关键枢纽，务必重点核查，确保没有宦官干预地方事务，扰乱革新与备战大局。”
浙江布政使秦仲接到核查通知后，不敢有丝毫怠慢，第一时间组织地方官员集中学习《宦权规制》，开展全面自查自纠，并全力配合核查组开展工作。核查组在浙江核查期间，重点抽查了江南工商革新相关的物资调配、抗倭军需筹备等关键事务，未发现任何宦官干预的痕迹。秦仲向核查组详细汇报：“自《宦权规制》颁布以来，地方官员皆严格恪守规制要求，未与宦官有任何违规往来，确保了革新与备战工作的顺利推进。”
西北边境，核查组将重点放在边军将领与宦官的接触情况上。西北副总兵赵烈向核查组郑重表态：“边军上下严格遵守《宦权规制》，从未允许任何宦官靠近军营，更不允许其查阅任何军事情报。目前边军防务工作有序推进，烽火台修建与堡寨增设工程按计划顺利开展，军令传达畅通无阻，绝无任何干扰。”核查组实地走访军营、查阅相关记录后，确认赵烈所言属实。
核查过程中，核查组也发现部分地方官员对《宦权规制》学习不够深入、理解存在偏差等问题。针对这一情况，核查组当即组织集中培训，由专业官员现场解读规制条款，答疑解惑，确保地方官员准确把握权责边界。对少数敷衍了事、落实不力的官员，核查组予以通报批评，责令限期整改；对涉嫌违规的官员，一经查实，立即移交刑部处理，绝不姑息。
经过一个月的全面核查，全国范围内的《宦权规制》落实情况总体良好：未查处重大违规案件，地方官员与宦官的往来得到有效规范，规制意识深入人心。核查组向萧燊呈交核查报告，并建议建立常态化核查机制，每半年开展一次全面检查，持续巩固整顿成果。萧燊准奏，要求吏部与都察院牵头落实，形成长效监督体系。
《宦权规制》的顺利落实，为前线抗倭筹备工作扫清了内部障碍。浙闽沿海副总兵郑毅龙得知规制颁布并严格执行的消息后，深受鼓舞，对麾下将领感慨道：“此前我还担忧内廷有人干预前线军令，如今《宦权规制》明令禁止宦官插手军政，我们终于可以心无旁骛地筹备抗倭事宜，无需再分心应对内廷干扰。”随即，他组织全体前线将领集中学习规制，确保每一位将士都知晓相关规定，坚守权责边界。
彼时，郑毅龙正全力推进战船打造与乡勇训练工作，军需物资的及时供应是重中之重。《宦权规制》明确禁止宦官干预军需调配，彻底打通了物资转运的堵点，确保江南工商革新所得物资能够顺利转运至浙闽沿海。苏州知府李董专门派人向郑毅龙通报情况：“如今宫廷采买与军需调配已实现严格分离，宦官不得插手任何军需相关事务，江南地区的物资转运通道畅通无阻，将全力保障抗倭筹备所需。”
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