随着中枢核心地位的日益稳固，朝局逐渐明朗，彭时开始将工作重心转向肃清魏党遗留的政务弊端。他深知，魏党掌权多年，在朝廷各部门与地方官府中培植了大量势力，留下了诸多政务隐患，如财政亏空、吏治混乱、律法松弛等，这些弊端若不彻底清除，将始终是朝局稳定与新政推进的绊脚石，甚至可能影响中兴大业的根基。为此，彭时在征得萧燊帝同意后，联合尚书令楚崇澜、都察院左都御史虞谦，成立了魏党遗留事务清算专项小组，由彭时亲自担任组长，全面负责梳理魏党掌权时期的各类遗留问题，重点整治财政旧账混乱与官吏任免乱象两大核心问题。
在财政旧账梳理工作中，户部左侍郎王砚凭借其精于财赋核算的专业优势，成为专项小组的核心骨干。他带领户部数十名资深会计官员，耗时三个月，夜以继日地梳理魏党掌权时期的财政账目，从盐务、漕运、军工制造等多个关键领域入手，逐一核查收支凭证，深挖贪腐线索。期间，他们发现魏党官员通过虚报开支、截留税款、官商勾结等多种方式，侵吞国库银两达数百万两，且有多名隐匿在地方的魏党余孽仍在利用职务之便谋取私利。王砚将核查结果详细上报给彭时，彭时见状怒不可遏，当即下令：“对于核查出的贪腐官员，无论职位高低，一律交由刑部从严查办，绝不姑息；追缴的赃款与非法所得，全部上缴国库，专项用于前线军需补给与地方民生工程，让这些不义之财真正用之于民。”在彭时的坚决态度下，数十名魏党余孽被绳之以法，国库得以充实，财政秩序逐渐恢复正常。
在官吏任免乱象的整治工作中，彭时坚持“以才取人、以德为先”的原则，延续选贤令的核心标准，对魏党时期提拔的所有官员进行全面考核。为确保考核公平公正，他特意制定了详细的考核细则，从政务能力、品行操守、民生政绩等多个维度进行评估，考核小组由内阁、吏部、都察院官员共同组成，交叉考核，避免徇私舞弊。对于考核中发现的能力不足、品行不端、民怨极大的官员，彭时坚决予以罢免，甚至追究其相关责任；而对于那些虽由魏党提拔，但在任期间清廉干练、务实为民、政绩突出的官员，彭时则力排众议，保留其职位，继续任用。这一“区别对待”的举措，既有效肃清了吏治乱象，剔除了官员队伍中的害群之马，又避免了因大规模罢免官员导致的政务中断，稳定了地方治理秩序，得到了各级官员的广泛认同。
在肃清魏党遗留弊端的同时，彭时继续推进沈敬之与谢渊的新政理念，推动新政向更深层次发展。在盐铁改革领域，他全力支持王砚进一步规范盐的生产、运输与销售流程，废除魏党时期的垄断经营模式，引入公平竞争机制，同时加强盐课税收征管，严厉打击私盐贩卖行为，有效扩大了盐课收入，为朝廷增加了稳定的财政来源。在律法修订方面，他协助阁臣杨璞，结合战时政务需求，对《大吴律》进行补充修订，新增“战时扰乱军心”“延误军需补给”“赈灾期间贪墨舞弊”等多项罪名，明确了相应的惩处标准，加大了对战时违法行为的惩处力度，为战时政务的顺利推进提供了坚实的法律保障。此外，彭时还推动了地方治理改革，要求地方官员将民生事务放在首位，加强农田水利建设，推广新的耕作技术，提升粮食产量，切实改善百姓生活。
新政的持续深入推进，取得了显着成效。一方面，进一步巩固了大吴的统治根基，朝廷的公信力大幅提升，百姓切实感受到了新政带来的红利，如赋税减轻、生活改善、社会安定等，对朝廷的认同感与归属感大幅提升；另一方面，新政也为前线战事提供了更坚实的财资支撑与制度保障，充足的财政收入确保了军需补给的及时供应，完善的制度规范则提升了政务运转效率。各级官员在清晰的制度规范与明确的职责要求下，更加高效地履职尽责，推诿扯皮现象大幅减少，中枢与地方的政务运转愈发顺畅，形成了“上下同心、共促中兴”的良好局面。
经过近半年的精心整顿与优化提升，彭时主导的内阁新核心彻底稳固，中枢政务体系进入高效运转的良性轨道。从内阁内部来看，阁臣之间经过多次协同处置危机、商议政务，已形成了默契的协作关系，以往的分歧与推诿现象彻底消失，凝聚起了强大的决策共识；从内阁与六部的衔接来看，六部职责清晰明确，政令执行顺畅高效，形成了“内阁决策、六部执行、都察院监督”的完整政务链条；从中枢与前线的沟通来看，“前线将领直达内阁”的沟通渠道畅通无阻，战略调整精准及时，前线战事得以顺利推进。整个中枢体系如同一台精密运转的机器，为大吴中兴大业提供了坚实的核心支撑。
就在中枢体系稳固成型之际，西北战场率先传来振奋人心的捷报。蒙傲率领的北伐军，在得到中枢持续、精准的军需支援后，士气大振，抓住鞑靼残部立足未稳的时机，发动突袭，经过数日激战，彻底击溃鞑靼主力部队。鞑靼可汗脱脱不花见大势已去，率领残余部众远遁漠北深处，从此不敢再轻易南下袭扰。西北边防得以彻底稳固，困扰大吴多年的北方边患暂时解除。蒙傲在胜利后的第一时间，写下捷报送往中枢，密信中特意提及：“此次战事大捷，固然离不开将士们的浴血奋战，更得益于中枢决策高效、军需补给及时精准。彭首辅统筹有方，居中调度，功不可没，此乃中兴之幸也！”
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