福建按察使司副使方仲平分巡闽南沿海，始终坚守在海防一线。他督导地方州县全力配合水师与炮台防御工作，协调解决地方州县与水师、炮台之间的协作问题；组织当地乡绅成立海防互助会，募集物资支援海防建设，为联防队伍捐赠粮食、衣物与兵器；宁波直隶州知州郑明远则创新“港口联防”模式，组织港口商户、船主组建护卫队，配备简易武器，配合水师巡查港口周边海域，保障港口商贸安全。在各方努力下，沿海商路逐步恢复，商户们重新开始出海贸易，江南沿海的经济活力逐渐复苏。
地方官府的协同发力，为江南海防构建提供了坚实的地方支撑，推动各项工作顺利推进。萧燊通过奏报得知地方推进情况后，对秦仲、李董、沈明远等地方官员的工作成效十分满意，下旨嘉奖他们：“江南海防构建，地方协同功不可没。诸卿亲民务实、统筹得力，主动担当作为，为海防建设提供了坚实保障。望继续坚守职责，与中枢同心协力，共筑东南海疆坚固屏障。”
为确保江南海防构建各项举措落地见效，杜绝敷衍塞责、推诿扯皮之风，保障海防建设按进度推进，内阁阁老杨启主动向萧燊请旨，牵头启动“贤才跟踪簿”专项考核机制。萧燊准奏后，杨启立即组织制定详细的考核方案，将所有参与海防建设的中枢官员、地方官员及军中将领全部纳入重点考核范围，明确考核指标与评分标准，考核结果直接与官员的升迁、奖惩挂钩。他令都察院协同参与考核工作，抽调公正严明的御史组成考核小组，重点核查官员在炮台修建、民勇训练、水师巡查、物资保障等工作中的实绩，以实绩论优劣，不搞形式主义，不看表面文章。
考核小组深入江南各地，采取实地核查、走访调研、查阅卷宗、询问百姓与将士等多种方式，全面、细致地核查官员履职情况。他们先后来到宁波、泉州、台州等海防建设重点区域，查看炮台修建质量与进度，检查民勇训练成效，核实水师巡查记录，核查经费使用与物资发放情况。经一个多月的细致考核，考核小组发现，浙闽沿海副总兵郑毅龙训练民勇成效显着，所组建的联防队伍战斗力强，多次成功抵御倭寇袭扰；水师参将海正刚巡查海域、御敌有功，制定的巡查方案科学合理，保障了海域安宁；工部营缮清吏司郎中徐策改良火器、修建炮台功绩突出，新式火炮性能优异，炮台修建质量高、进度快，三人被评定为“优等”；另有部分地方官员推进工作迟缓、敷衍了事，对海防建设任务重视不足，被评定为“劣等”，责令限期整改。
萧燊根据考核结果，当即召开朝会，做出奖惩决定。他下旨：晋升郑毅龙为正三品总兵，仍统管浙闽沿海海防事务，赏赐金带一条、绸缎百匹；海正刚加太子少保衔，赏赐金银百两、御制战袍一件；徐策晋升为工部右侍郎，继续负责海防工程技术指导，赏赐御书“精工报国”匾额一块。对于考核“劣等”的官员，萧燊毫不姑息，下令扣除他们半年俸禄，由吏部右侍郎沈从之亲自督导整改。萧燊强调：“整改期间，若能幡然醒悟，全力推进工作，补齐短板，可既往不咎；若仍敷衍了事，整改不力，将予以撤职查办，绝不姑息！”
吏部文选清吏司郎中李敬之根据考核结果，结合江南沿海海防建设的实际需求，精准调整江南沿海部分官职任免。他将一批务实肯干、实绩突出的官员调配到海防关键岗位，充分发挥他们的才能；同时令吏部左侍郎宋景初牵头，组织海防官员专题培训，邀请中枢重臣、军中将领与治水、造船专家授课，提升官员们的军政协调能力、应急处置能力与专业技术水平。宋景初在培训开班仪式上对参训官员强调：“吏治清明方能保障海防建设顺利推进，诸位身为海防建设的中坚力量，需以实绩为导向，务实履职，真抓实干，切勿辜负朝廷与百姓的重托！”
考核奖惩机制的推行，极大激发了官员们的工作积极性与主动性。被嘉奖的官员备受鼓舞，更加全身心地投入到海防建设工作中；被责令整改的官员则深感压力，主动对标先进，查漏补缺，加快推进各项工作。各地官员之间形成了比学赶超的良好氛围，江南海防建设进度显着提升。杨启将考核后续推进情况详细奏报萧燊：“当前官员履职积极性高涨，各项工作推进顺畅高效，海防体系构建已完成七成，预计下月即可全面建成。”萧燊闻奏，心中甚慰，令杨启继续做好考核后续工作，确保海防建设圆满完成。
内阁阁老杨璞深知律法是海防建设的坚实后盾，只有完善相关律法，严厉惩处危害海防建设的违法犯罪行为，才能为海防建设营造良好的法治环境。他主动牵头，组织刑部、大理寺、都察院的律法官员，深入研究江南海防建设中出现的各类问题，修订《大吴律》相关条款。此次修订，新增“勾结倭寇”“阻挠海防建设”“贪墨海防经费”等重罪条款，明确了具体的量刑标准，对情节严重者判处死刑，以加大震慑力度。修订完成后，杨璞令刑部右侍郎邵文远前往江南，督导地方官员广泛宣讲新修订的律法条款，提升官员与百姓的守法意识，营造“违法必究、执法必严”的法治氛围。
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