更令路正言忧心者，玄夜卫指挥使陆冰亲呈之密报有云：海外倭寇奸细，借宗教交流之名，潜伏于沿海多座寺院之中，暗探沿海水师布防、军粮转运路线等核心军情，再通过寺院与海外商船之隐秘联络渠道，将情报传递于倭寇，为其劫掠行动指引方向。路正言不敢有丝毫耽搁，将所有奏报、密报分类整理妥帖，亲送御书房呈交萧燊。
萧燊端坐御案之后，逐一审阅各地奏报与玄夜卫密探报告，神色随阅读渐趋凝重，眉宇间戾气日浓。及见倭寇奸细借宗教之名刺探军情之密报，他猛地将密报掷于御案之上，沉声道：“战时民心为本，粮草为要！此等宗教势力，不思感戴朝廷恩遇、护国济民，反趁国之危难趁火打劫、蛊惑民心，甚者勾结外敌出卖军情！此等行径若不及时遏制，必乱我大吴后方根基，坏我北伐抗倭大业！”
旁立之太子太师陆敬修，深知皇帝此刻怒火中烧，亦明宗教事务之繁杂。他上前躬身进言：“陛下明鉴，宗教本为劝人向善、教化民心之途，此次作乱者，仅为部分不良势力借教作恶，切不可因噎废食，将所有宗教场所一概而论。若处置过严，恐引发广大信众反弹，酿成政教冲突；若放任不管，则乱象丛生，后患无穷。当以‘适度’为要，精准甄别良莠，打击不法之徒，规范正当教务活动，方能两全其美。”
萧燊深吸一口气，压下心中怒火，颔首认同陆敬修之议。他知陆敬修所言极是，宗教治理需刚柔并济，《左传》有云：“政宽则民慢，慢则纠之以猛；猛则民残，残则施之以宽。宽以济猛，猛以济宽，政是以和。”当即传旨内侍：“着通政使司路正言牵头，即刻梳理各地奏报，汇总成详细清单，列明各地乱象、涉及宗教场所及地方官员处置情状；令玄夜卫指挥使陆冰加大侦查力度，彻查宗教势力与倭寇、地方劣绅之勾结网络，务必揪出幕后主使；明日清晨卯时，召集内阁、六部及宗教管理司所有核心官员，于太和殿共商处置之策。”内侍领旨，即刻退下传达。御书房内复归平静，萧燊却仍伫立窗前，凝望窗外沉沉夜色，心中已开始构划整肃宗教乱象之整体方略。
次日清晨，卯时刚至，太和殿内灯火通明，烛影摇曳。内阁阁老、六部尚书侍郎及宗教管理司核心官员已悉数到场，分列两侧，垂手静候圣驾。萧燊身着龙袍，神情威严，缓步步入大殿，端坐龙椅之上。他不循常例，开门见山便将各地宗教势力作乱之乱象与玄夜卫查获之密探情报公之于众。
及闻有宗教势力勾结倭寇刺探军情，殿内群臣顿时哗然，不少官员怒不可遏，纷纷出列请旨严惩。尚书令楚崇澜率先出列，躬身奏道：“陛下，宗教不良势力如此作乱，关乎军心民心稳固，关乎北伐抗倭大业成败，需速速处置，不可延误。臣提议三策并行：其一，规范宗教活动边界，严禁任何宗教势力在公共场所散布谣言、蛊惑民心；其二，全面核查宗教场所资产，严厉清缴非法囤积之战备物资，充作赈灾与军需；其三，积极引导宗教界向善，号召其参与赈灾抗倭事业，以正教务导向。”楚崇澜之议条理清晰，直击要害，众臣多颔首附和。
宗教管理司司长温彦随后起身奏曰：“楚尚书所言极是，切中要害。臣愿在此基础上补充二议：其一，需明确划定宗教活动之合法边界，核定合法宗教活动场所名录，严禁宗教势力擅自扩张规模、私设非法据点，从根源上遏制其作乱空间；其二，应建立完善之宗教事务报备制度，凡大型宗教活动、跨区域宗教交流等，均需提前十日向地方官府与宗教管理司双重报备，详列活动内容、参与人员、活动地点等信息，便于官府全程监管。如此，则既能精准打击不法行径，又能保障正当宗教活动之顺利开展，有效避免激化矛盾。”温彦久掌宗教管理事务，深谙各类教务情状，其补充之议兼顾治理力度与灵活性，获萧燊颔首认可。
都察院左都御史虞谦，素以铁面无私闻名，此时亦出列进言：“陛下，臣以为，各地宗教乱象之所以蔓延，除宗教势力自身作祟外，部分地方官员履职不力亦是重要缘由。有官员对宗教乱象视而不见、放任不管，甚者收受宗教势力贿赂，对其不法行径包庇纵容。此次整肃，需同步督查吏治。臣恳请陛下恩准，由都察院牵头组建监察专班，分赴各地督查宗教整肃工作落实情状，对失职渎职、包庇纵容之官员坚决弹劾，从严惩处，以儆效尤。”
户部尚书谢明随即补充：“陛下，若清缴非法囤积物资，需明确物资调配方案。建议将没收之战备物资与粮食，统一由户部统筹调配：一部分运往灾区赈灾，缓解灾民困境；另一部分直补前线军需，保障战事所需。整个调配过程，需严格执行‘三重核查制’，即收缴、转运、发放三环节均遣专人核查登记，确保物资尽用实处，杜绝贪墨挪用之弊。”
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