三日后，《内阁效能提升整顿细则》如期拟定完成，呈递御案。萧燊审阅完毕，提笔朱批“准行”，其中增设“战时统筹司”为整顿核心举措之一，备受重视。萧燊亲自敲定司内人员配置，务求专业高效：以李云岫大学士兼任司长，总揽全局，统筹协调各项事务；抽调玄夜卫指挥使陆冰麾下两名经验丰富之情报骨干，专职负责前线情报汇总、分析与破译；任命兵部职方清吏司郎中赵武入驻，整合西北、沿海边防舆图，梳理军情动态，形成精准军情简报；抽调户部江西清吏司郎中陈商，专司衔接海外战备物资引进与国内转运协调事宜；令兵部右侍郎裴衍派驻得力专员，负责战功统计核对与军需调度衔接工作。
战时统筹司正式成立之日，便迅速展现专业高效之能。赵武郎中即刻投入工作，将西北边防各哨所、烽火台最新布防图与玄夜卫侦得之鞑靼兵力部署情报逐一比对整合，耗时一日一夜，绘成详实精准之《西北边防态势图》，图中清晰标注出重点防御区域、兵力薄弱环节及鞑靼主力动向，为内阁审议兵力增派议案提供了坚实可靠之依据；陈商郎中则连夜梳理海外战备物资引进清单，与海外交流使团密切对接，明确南洋铁矿、西洋火器配件之到货时间、数量及转运路线，彻底解决了工部火器铸造之原料短缺顾虑；两名玄夜卫情报骨干则将近期收集之鞑靼与倭寇往来密信逐一破译，发现两军竟有“南北呼应、夹击大吴”之阴谋，当即呈报内阁，令萧燊与阁臣们提前做好应对准备。
此前令中枢头疼之战功统计混乱之弊，亦随之迎刃而解。此前战功统计分散于兵部与前线将领两处，缺乏统一标准与统筹协调，常出现统计重复、遗漏或延迟之失，部分将士浴血奋战所得战功迟迟未获核定，赏罚不明，严重动摇军心。战时统筹司接手后，迅速制定“前线申报—专员核查—司内复核—内阁确认”之标准化流程，裴衍侍郎派驻之专员每日与前线联络官对接，逐一审核战功细节，核对参战人员、作战时长、歼敌数量等关键信息，确保统计精准无误、高效及时。仅用两日时间，便完成了西北边防近期数次作战之战功核定，相关将士之封赏指令迅速拟就下发，受赏将士欢欣鼓舞，军心士气得以极大提振。
物资调度协调之梗阻亦被彻底打通。此前户部、工部、兵部在军需转运中各自为战，缺乏统筹协调，常出现“粮草已到前线却运力未到”“军备已造完成却交接延迟”“物资型号与前线需求不符”等混乱状况。战时统筹司成立后，即刻建立“战时物资调度台账”，安排专人实时更新粮草、军备之生产进度、储备数量、转运路线及交付状态，提前与户部方泽侍郎之漕运队伍、工部冯衍侍郎之军工工坊、兵部之运输驿马队伍沟通衔接，明确各环节时间节点与责任人员，形成“生产—储备—转运—交付”之闭环管理。西北守军急需之改良鸟铳，经统筹司精准协调，优化转运路线，调配加急驿马，较原计划提前三日送达前线，解了守军燃眉之急。
杨启阁老牵头之监察督查小组同步跟进，全程监督统筹司工作开展。督查过程中，发现司内一名负责情报整理之专员，因疏忽大意延误情报呈报近一个时辰，杨启当即上报萧燊，建议予以警告处分，以儆效尤。萧燊阅奏后，即刻准奏，并下旨严饬：“战时统筹司乃中枢要害部门，关乎双线御敌成败，容不得半点懈怠与疏忽。今后凡司内人员延误要务、推诿塞责者，无论官职大小，一律从严惩处，绝不姑息！”此旨下达后，统筹司官员皆心生敬畏，愈发勤勉尽责，专业效能得以充分释放。
依内阁整顿方略，“双线联络机制”迅速落地推行。北线联络专员、中书省左侍郎秦书言接旨后，不敢耽搁，即刻收拾行装，率领两名精干随从，快马加鞭启程前往西北军营。此行他肩负重任，随身携带内阁拟定之《西北边防强化方案（草案）》，旨在与大将军蒙傲、兵部尚书秦昭、西北副总兵赵烈等前线将领当面沟通，精准对接需求。抵达西北军营后，秦书言不顾旅途劳顿，即刻召集众将召开议事会，详细传达内阁对西北军情之研判、粮草军备保障计划及后续战略部署，同时耐心倾听众将诉求，逐一记录前线对兵力部署调整、火器改良、粮草补给等方面之具体建议，现场标注《西北边防强化方案（草案）》中与前线实际不符之不合理之处。
秦书言在西北军营停留三日，深入前线哨所考察，掌握第一手情况后，即刻启程返京。回京后，他第一时间前往内阁，提交详实之《西北军情与需求纪要》，并附上修改完善后之《西北边防强化方案》。内阁诸臣依据纪要与修改后的方案，快速召开议事会，结合前线实际需求逐项审议，当日便敲定最终方案，迅速下发兵部、户部执行。大将军蒙傲收到最终方案后，感慨万千：“此前与内阁沟通需经层层传递，耗时费力，信息常有偏差，方案落地需反复磨合。如今联络专员直达前线，面对面沟通，信息畅通无阻，方案精准适配前线需求，省去了诸多磨合时日，实乃战时良策！”
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